RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000466048.6

USP54-210, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

TSL 5

Gene USP54, Length 4,674 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-210ENST00000466048 KRT14P02533 472 aa7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 EIF2S1P05198 315 aaKnown RBP7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 MBL2P11226 248 aaPredicted RBP7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 YWHAQP27348 245 aa7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 HOXA11P31270 313 aaPredicted RBP7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 PPP3CCP48454 512 aa7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 CDH8P55286 799 aa7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 ADAM17P78536 824 aa7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 HIC1Q14526 733 aa7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 ATAT1Q5SQI0 421 aa7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 PGBD3Q8N328 593 aa7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 DBF4BQ8NFT6 615 aa7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 HASPINQ8TF76 798 aa7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 DACT3Q96B18 629 aaPredicted RBP7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 LENG1Q96BZ8 264 aaPredicted RBP7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 HINFPQ9BQA5 517 aa7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 ASAH2Q9NR71 780 aa7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 WBP1LQ9NX94 342 aa7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 FASTKD2Q9NYY8 710 aaKnown RBP eCLIP7.88□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 EVPLQ92817 2033 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 A0A0G2JND7 137 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 SMIM28A0A1B0GU29 152 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 RNASEH1O60930 286 aaKnown RBP7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 CXCL14O95715 111 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 CALCAP01258 141 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 PDGFRAP16234 1089 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 PECAM1P16284 738 aaPredicted RBP7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 SCTRP47872 440 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 NDUFV1P49821 464 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 TPI1P60174 286 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 PPP1R15BQ5SWA1 713 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 VSTM1Q6UX27 236 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 RGS9BPQ6ZS82 235 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 FLRT1Q9NZU1 646 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 WARS2Q9UGM6 360 aaKnown RBP7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 ZNF510Q9Y2H8 683 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 LRCH1Q9Y2L9 728 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 RALGAPA2Q2PPJ7 1873 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 MOCS2O96007 188 aaPredicted RBP7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 NUDT17P0C025 328 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 SYN1P17600 705 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 PAMP19021 973 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 WARSP23381 471 aaKnown RBP7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 AKAP5P24588 427 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 SSTR3P32745 418 aaPredicted RBP7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 CYP2C18P33260 490 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 DEFA1P59665 94 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 DEFA3P59666 94 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 SLC6A3Q01959 620 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 ZBTB6Q15916 424 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 TMCO4Q5TGY1 634 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 BSPRYQ5W0U4 402 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 LRRC8BQ6P9F7 803 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 ALKAL1Q6UXT8 129 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 SLC39A5Q6ZMH5 540 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 CROCCP3Q8IVE0 287 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 RIBC1Q8N443 379 aaPredicted RBP7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 ANKRD52Q8NB46 1076 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 MAML1Q92585 1016 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 TRAPPC9Q96Q05 1148 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 KCNK16Q96T55 309 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 TMBIM4Q9HC24 238 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 ERVK-5Q9HDB9 667 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 CNGB3Q9NQW8 809 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 ASB3Q9Y575 518 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 C16orf96A6NNT2 1141 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 PIRO00625 290 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 RB1P06400 928 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 FAM153BP0C7A2 387 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 LRPAP1P30533 357 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 GPD2P43304 727 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 BCAR1P56945 870 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 TAS2R40P59535 323 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 ZNF235Q14590 738 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 TBCCQ15814 346 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 CNGA3Q16281 694 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 CDO1Q16878 200 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 FAM153CQ494X1 144 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 XKR4Q5GH76 650 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 PPP2R2DQ66LE6 453 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 KAZNQ674X7 775 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 IRGCQ6NXR0 463 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 DARS2Q6PI48 645 aaKnown RBP7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 ARCQ7LC44 396 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 CHSY1Q86X52 802 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 CRYBG2Q8N1P7 616 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 TSEN2Q8NCE0 465 aaKnown RBP7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 GIPC2Q8TF65 315 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 HEMGNQ9BXL5 484 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 DDX28Q9NUL7 540 aaKnown RBP7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 FAM153AQ9UHL3 310 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 ATXN2Q99700 1313 aaKnown RBP7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 HSFX4A0A1B0GTS1 333 aaPredicted RBP7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 HSFX3A0A1B0GWH4 333 aaPredicted RBP7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 ZSCAN5CA6NGD5 496 aaPredicted RBP7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 NEMP1O14524 444 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 CDH16O75309 829 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 S100BP04271 92 aaPredicted RBP7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 SERPINB1P30740 379 aa7.87□□□□□ -1.15
USP54-210ENST00000466048 VCPP55072 806 aaKnown RBP7.87□□□□□ -1.15
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 25.5 ms