RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000491791.1

USP4-214, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, humanhuman

TSL 3

Gene USP4, Length 821 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4-214ENST00000491791 PTK7Q13308 1070 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 TPSAB1Q15661 275 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 CA9Q16790 459 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 UPP1Q16831 310 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 LRRC26Q2I0M4 334 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 CCDC38Q502W7 563 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 LACTB2Q53H82 288 aaPredicted RBP11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 RAB6CQ53S08 254 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 SLC45A4Q5BKX6 768 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 FNBP1LQ5T0N5 605 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 ZNF618Q5T7W0 954 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 GKAP1Q5VSY0 366 aaPredicted RBP11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 OTUD1Q5VV17 481 aaPredicted RBP11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 ANKRD22Q5VYY1 191 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 WSCD1Q658N2 575 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 FAM171BQ6P995 826 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 ADGRD1Q6QNK2 874 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 AGMOQ6ZNB7 445 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 ARHGEF18Q6ZSZ5 1173 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 CLEC20AQ6ZU45 233 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 ZBED8Q8IZ13 594 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 CYP4X1Q8N118 509 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 UHMK1Q8TAS1 419 aaKnown RBP11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 IRGQQ8WZA9 623 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 APBB2Q92870 758 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 SEC16BQ96JE7 1060 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 ADAM33Q9BZ11 813 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 RAB6CQ9H0N0 254 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 CNGB3Q9NQW8 809 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 FZD10Q9ULW2 581 aa11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 SMG5Q9UPR3 1016 aaKnown RBP11.15□□□□□ -0.62
USP4-214ENST00000491791 ARHGEF37A1IGU5 675 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 ARL5CA6NH57 179 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 M0QZQ0 153 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 DNM1LO00429 736 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 TRDMT1O14717 391 aaKnown RBP11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 HCRTO43612 131 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 GRAP2O75791 330 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 BRAFP15056 766 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 ATP2A2P16615 1042 aaKnown RBP11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 CYP2F1P24903 491 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 ADORA2BP29275 332 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 MAGEA9P43362 315 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 MPP2Q14168 576 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 TRIM71Q2Q1W2 868 aaKnown RBP11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 MSS51Q4VC12 460 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 KIAA0319Q5VV43 1072 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 CXCL17Q6UXB2 119 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 Q7L0L9 218 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 CACNA2D3Q8IZS8 1091 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 DEFB106AQ8N104 65 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 PCSK9Q8NBP7 692 aaKnown RBP11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 PYROXD1Q8WU10 500 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 MZB1Q8WU39 189 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 WNT8BQ93098 351 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 MAGEB18Q96M61 343 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 ZFP42Q96MM3 310 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 QKIQ96PU8 341 aaKnown RBP eCLIP11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 CSPG4P5Q96PW8 444 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 PKMYT1Q99640 499 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 SELENOSQ9BQE4 189 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 LPIN3Q9BQK8 851 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 ACBD6Q9BR61 282 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 WDR83Q9BRX9 315 aaKnown RBP11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 NSRP1Q9H0G5 558 aaKnown RBP11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 GOLGA2P5Q9HBQ8 144 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 CRTAC1Q9NQ79 661 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 PSMC3IPQ9P2W1 217 aaPredicted RBP11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 XPO7Q9UIA9 1087 aaKnown RBP11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 DSEQ9UL01 958 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 STAP1Q9ULZ2 295 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 AP4E1Q9UPM8 1137 aa11.14□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 TCRBV7S3A2A0A539 114 aa11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 FAM47DPA6NHR8 397 aa11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 SMIM23A6NLE4 172 aa11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 HHLA1C9JL84 531 aa11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 H7C0C1 242 aa11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 PIK3R2O00459 728 aa11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 FSBPO95073 299 aa11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 ZBED1O96006 694 aa11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 OAS1P00973 400 aaKnown RBP11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 C1QAP02745 245 aa11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 FAM200BP0CF97 657 aa11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 GHRP10912 638 aa11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 MLNP12872 115 aa11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 TFE3P19532 575 aaPredicted RBP11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 TYMPP19971 482 aa11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 PCSK1P29120 753 aa11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 ATP5OP48047 213 aa11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 DAOAP59103 153 aa11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 GRIK3Q13003 919 aa11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 SEMA3BQ13214 749 aa11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 SEMA5AQ13591 1074 aa11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 FASTKD3Q14CZ7 662 aaKnown RBP11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 PAFAH1B3Q15102 231 aaKnown RBP11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 QPCTQ16769 361 aa11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 CDO1Q16878 200 aa11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 INTS6LQ5JSJ4 861 aaKnown RBP11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 PM20D1Q6GTS8 502 aa11.13□□□□□ -0.63
USP4-214ENST00000491791 SCYL2Q6P3W7 929 aa11.13□□□□□ -0.63
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 18 ms