RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489318.1

C9orf3-220, Transcript of chromosome 9 open reading frame 3, humanhuman

TSL 3

Gene C9orf3, Length 682 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
C9orf3-220ENST00000489318 SMC1AQ14683 1233 aaKnown RBP11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 PDK2Q15119 407 aa11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 SHHQ15465 462 aa11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 SMTNL2Q2TAL5 461 aa11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 TFDP3Q5H9I0 405 aa11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 KCNT1Q5JUK3 1230 aa11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 TEX35Q5T0J7 233 aa11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 SNX30Q5VWJ9 437 aa11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 FAM109BQ6ICB4 259 aaPredicted RBP11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 LILRA6Q6PI73 481 aa11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 TAC4Q86UU9 113 aa11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 PRELID2Q8N945 189 aa11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 SPPL3Q8TCT6 385 aa11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 AUTS2Q8WXX7 1259 aa11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 TSC1Q92574 1164 aa11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 UBXN4Q92575 508 aa11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 FAF2Q96CS3 445 aa11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 ZNF670Q9BS34 389 aa11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 C17orf80Q9BSJ5 609 aa11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 OSBPL8Q9BZF1 889 aa11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 SLITRK6Q9H5Y7 841 aa11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 ZWILCHQ9H900 591 aa11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 PIGVQ9NUD9 493 aa11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 STAU2Q9NUL3 570 aaKnown RBP eCLIP11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 KLHL11Q9NVR0 708 aa11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 PCSK1NQ9UHG2 260 aa11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 FBXW11Q9UKB1 542 aa11.97□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 A0A1W2PQH9 124 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 TCRBV7S2A1N4TA0A589 114 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 TARSL2A2RTX5 802 aaKnown RBP11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 PHF2O75151 1096 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 ADH1AP07327 375 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 CNPP09543 421 aaKnown RBP11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 CSH1P0DML2 217 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 CSH2P0DML3 217 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 HMGA1P17096 107 aaKnown RBP11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 CXCR3P49682 368 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 PGFP49763 221 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 ATXN1P54253 815 aaKnown RBP11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 ERVK-21P61565 698 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 DEUP1Q05D60 604 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 DPYSL3Q14195 570 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 ERCC6LQ2NKX8 1250 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 GLE1Q53GS7 698 aaKnown RBP11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 ERMARDQ5T6L9 678 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 BTBD8Q5XKL5 378 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 CCDC50Q8IVM0 306 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 GPR161Q8N6U8 529 aaKnown RBP11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 CCDC185Q8N715 623 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 STKLD1Q8NE28 680 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 PDZD8Q8NEN9 1154 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 SLC7A14Q8TBB6 771 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 RUBCNQ92622 972 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 FBXO32Q969P5 355 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 RNF25Q96BH1 459 aaPredicted RBP11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 ACSF2Q96CM8 615 aaPredicted RBP11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 KLHL5Q96PQ7 755 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 TCF25Q9BQ70 676 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 UBE2OQ9C0C9 1292 aaKnown RBP11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 LRRC19Q9H756 370 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 ANKZF1Q9H8Y5 726 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 PCDH18Q9HCL0 1135 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 TLR9Q9NR96 1032 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 OSER1Q9NX31 292 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 MTMR10Q9NXD2 777 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 GMIPQ9P107 970 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 RCOR3Q9P2K3 495 aaPredicted RBP11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 FZD10Q9ULW2 581 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 AP4E1Q9UPM8 1137 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 NR2E1Q9Y466 385 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 INSL5Q9Y5Q6 135 aa11.96□□□□□ -0.49
C9orf3-220ENST00000489318 ZC3H11BA0A1B0GUI2 810 aaPredicted RBP11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 C2orf71A6NGG8 1288 aa11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 PI4K2BG5E9Z4 385 aa11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 TGM5O43548 720 aa11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 CA3P07451 260 aa11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 CD48P09326 243 aa11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 DNAJB1P25685 340 aa11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 CHRNA3P32297 505 aa11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 FNTAP49354 379 aa11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 ERVFC1P60507 584 aa11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 IFRD2Q12894 506 aaPredicted RBP11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 TAF10Q12962 218 aa11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 SEMA3BQ13214 749 aa11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 PLD1Q13393 1074 aa11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 MTMR3Q13615 1198 aa11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 CAMK1Q14012 370 aa11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 ELF2Q15723 593 aa11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 CA9Q16790 459 aa11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 BBS12Q6ZW61 710 aa11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 RTL10Q7L3V2 364 aa11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 TMC7Q7Z402 723 aa11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 SPRED2Q7Z698 418 aa11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 FAM131BQ86XD5 332 aa11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 MAP7D3Q8IWC1 876 aa11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 MRPL43Q8N983 215 aaKnown RBP11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 POF1BQ8WVV4 589 aa11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 HSPH1Q92598 858 aa11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 EDEM1Q92611 657 aa11.95□□□□□ -0.5
C9orf3-220ENST00000489318 SLCO2A1Q92959 643 aa11.95□□□□□ -0.5
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 37.6 ms