RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000359947.8

PTPRF-201, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRF, Length 7,727 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-201ENST00000359947 SLC20A1Q8WUM9 679 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 MIEF1Q9NQG6 463 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 GARTP22102 1010 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 C11orf63Q6NUN7 778 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 FBXO36Q8NEA4 188 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 SKA1Q96BD8 255 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 TSC22D3Q99576 134 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 ZNF229Q9UJW7 825 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 KIAA1257Q9ULG3 409 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 hCG_2014768A0A024R1R8 64 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 SDR42E2A6NKP2 422 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 SLC29A2Q14542 456 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 PACSIN1Q9BY11 444 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 KIAA1683Q9H0B3 1180 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 VTA1Q9NP79 307 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 FOXP2O15409 715 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 PSTPIP1O43586 416 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 RRM1P23921 792 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 CCNG1P51959 295 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 SMARCD1Q96GM5 515 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 CDY2AQ9Y6F7 541 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 CDY1Q9Y6F8 540 aa16.04■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 MARC1Q5VT66 337 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 ZNF720Q7Z2F6 126 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 VPS33BQ9H267 617 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 RAB23Q9ULC3 237 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 ARL2BPQ9Y2Y0 163 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 N6AMT1Q9Y5N5 214 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 TFE3P19532 575 aaPredicted RBP16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 TADA1Q96BN2 335 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 MICAL2O94851 1124 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 RPLP2P05387 115 aaKnown RBP16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 SLC2A14Q8TDB8 520 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 CNDP1Q96KN2 507 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 DMAP1Q9NPF5 467 aaPredicted RBP16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 KRT84Q9NSB2 600 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 MADDQ8WXG6 1647 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 TGFB3P10600 412 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 POU1F1P28069 291 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 PDK2Q15119 407 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 NFIL3Q16649 462 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 ALKBH2Q6NS38 261 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 ANKS1AQ92625 1134 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 ZBTB45Q96K62 511 aaPredicted RBP16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 RHBGQ9H310 441 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 DDX4Q9NQI0 724 aaKnown RBP16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 KRT16P08779 473 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 SERPINB4P48594 390 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 NDUFV1P49821 464 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 PPATQ06203 517 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 C4orf19Q8IY42 314 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 COLGALT1Q8NBJ5 622 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 DAGLBQ8NCG7 672 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 PURBQ96QR8 312 aaKnown RBP16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 ERP44Q9BS26 406 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 MRPL9Q9BYD2 267 aaKnown RBP16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 WDR41Q9HAD4 459 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 SPAG6O75602 509 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 MT-CO1P00395 513 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 PTPAQ15257 358 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 EHD4Q9H223 541 aa16.03■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 IRF6O14896 467 aa16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 NUDT2P50583 147 aa16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 DGKZQ13574 1117 aa16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 FBXL19Q6PCT2 694 aa16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 KCNB2Q92953 911 aa16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 VIL1P09327 827 aaKnown RBP16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 SUSD6Q92537 303 aa16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 CMTM5Q96DZ9 223 aa16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 BARX2Q9UMQ3 279 aaPredicted RBP16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 GTF2E2P29084 291 aaKnown RBP16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 DET1Q7L5Y6 550 aa16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 ERP27Q96DN0 273 aa16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 GPAMQ9HCL2 828 aa16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 VANGL2Q9ULK5 521 aa16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 ENO2P09104 434 aaPredicted RBP16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 SPATA31D3P0C874 917 aa16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 STIP1P31948 543 aaKnown RBP16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 PREPLQ4J6C6 727 aaPredicted RBP16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 C4orf22Q6V702 233 aa16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 SPATA31D4Q6ZUB0 917 aa16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 SLC13A5Q86YT5 568 aaPredicted RBP16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 RSPH1Q8WYR4 309 aa16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 KIF2CQ99661 725 aa16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 RBBP8Q99708 897 aa16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 YIPF3Q9GZM5 350 aa16.02■□□□□ 0.16
PTPRF-201ENST00000359947 TRDMT1O14717 391 aaKnown RBP16.02■□□□□ 0.15
PTPRF-201ENST00000359947 SETMARQ53H47 684 aaPredicted RBP16.02■□□□□ 0.15
PTPRF-201ENST00000359947 ERMARDQ5T6L9 678 aa16.02■□□□□ 0.15
PTPRF-201ENST00000359947 CCDC60Q8IWA6 550 aaPredicted RBP16.02■□□□□ 0.15
PTPRF-201ENST00000359947 TNIP2Q8NFZ5 429 aa16.02■□□□□ 0.15
PTPRF-201ENST00000359947 UBE2OQ9C0C9 1292 aaKnown RBP16.02■□□□□ 0.15
PTPRF-201ENST00000359947 NDEL1Q9GZM8 345 aa16.02■□□□□ 0.15
PTPRF-201ENST00000359947 B2RBV5 119 aa16.02■□□□□ 0.15
PTPRF-201ENST00000359947 TLL1O43897 1013 aa16.02■□□□□ 0.15
PTPRF-201ENST00000359947 THOP1P52888 689 aa16.02■□□□□ 0.15
PTPRF-201ENST00000359947 TAF2Q6P1X5 1199 aa16.02■□□□□ 0.15
PTPRF-201ENST00000359947 TMEM159Q96B96 161 aa16.02■□□□□ 0.15
PTPRF-201ENST00000359947 SH3BP4Q9P0V3 963 aa16.02■□□□□ 0.15
PTPRF-201ENST00000359947 PRR23D1E9PI22 279 aaPredicted RBP16.01■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 22 ms