RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555995.1

CCDC88C-210, Transcript of coiled-coil domain containing 88C, humanhuman

TSL 3

Gene CCDC88C, Length 689 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88C-210ENST00000555995 ZNF687Q8N1G0 1237 aa21.74■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 RBBP8NLQ8NC74 664 aaPredicted RBP21.74■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 LMAN1LQ9HAT1 526 aa21.74■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 SMPD4Q9NXE4 827 aa21.74■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 CFAP97Q9P2B7 532 aa21.74■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 WNT6Q9Y6F9 365 aa21.74■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 O00370 1275 aa21.73■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 CHRNB1P11230 501 aa21.73■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 GRSF1Q12849 480 aaKnown RBP eCLIP21.73■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 EXOC3L4Q17RC7 722 aa21.73■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 ZNF528Q3MIS6 628 aa21.73■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 RAB41Q5JT25 222 aa21.73■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 CCDC183Q5T5S1 534 aa21.73■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 LCLAT1Q6UWP7 414 aa21.73■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 RRAGAQ7L523 313 aa21.73■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 PIGZQ86VD9 579 aa21.73■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 TTC30AQ86WT1 665 aa21.73■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 IRF2BP1Q8IU81 584 aa21.73■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 ARHGEF19Q8IW93 802 aa21.73■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 CCDC26Q8TAB7 109 aa21.73■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 TTC8Q8TAM2 541 aa21.73■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 CCSER2Q9H7U1 834 aa21.73■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 LRRC4Q9HBW1 653 aa21.73■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 ANO10Q9NW15 660 aa21.73■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 NAGPAQ9UK23 515 aa21.73■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 TRDMT1O14717 391 aaKnown RBP21.72■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 ARSAP15289 507 aa21.72■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 EEF1GP26641 437 aaKnown RBP21.72■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 GJA4P35212 333 aa21.72■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 PLA2G4AP47712 749 aa21.72■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 CCR3P51677 355 aa21.72■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 PON2Q15165 354 aa21.72■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 CNGA2Q16280 664 aa21.72■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 MEA1Q16626 185 aa21.72■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 TXNDC11Q6PKC3 985 aa21.72■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 APEX2Q9UBZ4 518 aa21.72■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 LSM7Q9UK45 103 aaKnown RBP21.72■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 WDR3Q9UNX4 943 aaKnown RBP eCLIP21.72■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 CNTN6Q9UQ52 1028 aa21.72■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 MED7O43513 233 aa21.71■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 ADH1CP00326 375 aa21.71■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 TPM2P07951 284 aa21.71■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 RARGP13631 454 aa21.71■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 DRD1P21728 446 aa21.71■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 NBL1P41271 181 aa21.71■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 ZNF132P52740 706 aa21.71■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 PDE4CQ08493 712 aa21.71■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 FZD5Q13467 585 aa21.71■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 STX1AQ16623 288 aa21.71■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 FBXO43Q4G163 708 aa21.71■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 TMEM196Q5HYL7 178 aa21.71■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 SIX6OS1Q8N1H7 587 aa21.71■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 ENOX1Q8TC92 643 aaKnown RBP21.71■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 KCTD13Q8WZ19 329 aa21.71■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 P2RY13Q9BPV8 354 aa21.71■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 TUBGCP2Q9BSJ2 902 aa21.71■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 FAM126AQ9BYI3 521 aaPredicted RBP21.71■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 SEMA4AQ9H3S1 761 aa21.71■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 UBE2TQ9NPD8 197 aaPredicted RBP21.71■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 MTPAPQ9NVV4 582 aaKnown RBP eCLIP21.71■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 DNMT3LQ9UJW3 386 aa21.71■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 WDFY4Q6ZS81 3184 aa21.71■■□□□ 1.07
CCDC88C-210ENST00000555995 A0A1W2PQH9 124 aa21.7■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 ZBED1O96006 694 aa21.7■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 KRT5P13647 590 aa21.7■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 TKTL1P51854 596 aa21.7■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 ZXDBP98169 803 aa21.7■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 CCINQ13939 588 aa21.7■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 C10orf120Q5SQS8 335 aa21.7■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 SCML4Q8N228 414 aa21.7■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 SPEM1Q8N4L4 309 aa21.7■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 KAT5Q92993 513 aa21.7■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 CD101Q93033 1021 aa21.7■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 ZFRQ96KR1 1074 aaKnown RBP21.7■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 KREMEN1Q96MU8 473 aa21.7■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 CRACR2AQ9BSW2 395 aa21.7■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 NDST4Q9H3R1 872 aa21.7■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 PRMT8Q9NR22 394 aaPredicted RBP21.7■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 OLA1Q9NTK5 396 aaKnown RBP21.7■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 NFE2L3Q9Y4A8 694 aa21.7■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 FANCMQ8IYD8 2048 aa21.69■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 KCNJ18B7U540 433 aa21.69■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 PROB1E7EW31 1015 aa21.69■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 M0QYV0 167 aa21.69■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 KCNJ12Q14500 433 aa21.69■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 VWA3BQ502W6 1294 aa21.69■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 PM20D1Q6GTS8 502 aa21.69■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 CACNA1IQ9P0X4 2223 aa21.68■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 SP9P0CG40 484 aa21.68■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 EIF2DP41214 584 aaKnown RBP21.68■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 NRLP54845 237 aa21.68■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 COG7P83436 770 aa21.68■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 MTAPQ13126 283 aa21.68■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 PREPLQ4J6C6 727 aaPredicted RBP21.68■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 PKDCCQ504Y2 493 aa21.68■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 RSRC2Q7L4I2 434 aaKnown RBP21.68■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 KLF16Q9BXK1 252 aaPredicted RBP21.68■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 LINC00597Q9H2U6 94 aa21.68■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 NMUR1Q9HB89 426 aa21.68■■□□□ 1.06
CCDC88C-210ENST00000555995 CNGB3Q9NQW8 809 aa21.68■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 19 ms