RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000557654.5

GPHN-215, Transcript of gephyrin, human

TSL 4

Gene GPHN, Length 503 nt, Biotype nonsense mediated decay.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
GPHN-215	ENST00000557654	EIF4ENIF1	Q9NRA8	985 aa	Known RBP	11.53	□□□□□ -0.56
GPHN-215	ENST00000557654	SALL2	Q9Y467	1007 aa	Predicted RBP	11.53	□□□□□ -0.56
GPHN-215	ENST00000557654	PCDHB15	Q9Y5E8	787 aa		11.53	□□□□□ -0.56
GPHN-215	ENST00000557654	CSPP1	Q1MSJ5	1256 aa		11.52	□□□□□ -0.57
GPHN-215	ENST00000557654	RIC3	Q7Z5B4	369 aa		11.52	□□□□□ -0.57
GPHN-215	ENST00000557654	LIMD1	Q9UGP4	676 aa		11.52	□□□□□ -0.57
GPHN-215	ENST00000557654	RNF223	E7ERA6	249 aa		11.51	□□□□□ -0.57
GPHN-215	ENST00000557654	DIXDC1	Q155Q3	683 aa		11.51	□□□□□ -0.57
GPHN-215	ENST00000557654	IL27	Q8NEV9	243 aa		11.51	□□□□□ -0.57
GPHN-215	ENST00000557654	DDRGK1	Q96HY6	314 aa		11.51	□□□□□ -0.57
GPHN-215	ENST00000557654	POLR3E	Q9NVU0	708 aa		11.51	□□□□□ -0.57
GPHN-215	ENST00000557654	C6orf229	H3BNL8	230 aa		11.5	□□□□□ -0.57
GPHN-215	ENST00000557654	SPTLC1	O15269	473 aa		11.5	□□□□□ -0.57
GPHN-215	ENST00000557654	USB1	Q9BQ65	265 aa	Known RBP	11.5	□□□□□ -0.57
GPHN-215	ENST00000557654	GGCX	P38435	758 aa		11.48	□□□□□ -0.57
GPHN-215	ENST00000557654	CABLES1	Q8TDN4	633 aa		11.47	□□□□□ -0.57
GPHN-215	ENST00000557654	CLK2	P49760	499 aa	Known RBP	11.46	□□□□□ -0.57
GPHN-215	ENST00000557654	MSS51	Q4VC12	460 aa		11.46	□□□□□ -0.57
GPHN-215	ENST00000557654	QPCT	Q16769	361 aa		11.45	□□□□□ -0.58
GPHN-215	ENST00000557654	RETREG3	Q86VR2	466 aa		11.45	□□□□□ -0.58
GPHN-215	ENST00000557654	RSPH6A	Q9H0K4	717 aa		11.45	□□□□□ -0.58
GPHN-215	ENST00000557654	HRC	P23327	699 aa		11.44	□□□□□ -0.58
GPHN-215	ENST00000557654	GJA5	P36382	358 aa		11.44	□□□□□ -0.58
GPHN-215	ENST00000557654	MTMR2	Q13614	643 aa		11.44	□□□□□ -0.58
GPHN-215	ENST00000557654	PLA2G2C	Q5R387	149 aa		11.44	□□□□□ -0.58
GPHN-215	ENST00000557654	PROCA1	Q8NCQ7	364 aa	Predicted RBP	11.44	□□□□□ -0.58
GPHN-215	ENST00000557654	SH3D19	Q5HYK7	790 aa		11.43	□□□□□ -0.58
GPHN-215	ENST00000557654	EMID1	Q96A84	441 aa	Predicted RBP	11.43	□□□□□ -0.58
GPHN-215	ENST00000557654	FCF1	Q9Y324	198 aa	Known RBP	11.43	□□□□□ -0.58
GPHN-215	ENST00000557654	FBXO31	Q5XUX0	539 aa	Predicted RBP	11.42	□□□□□ -0.58
GPHN-215	ENST00000557654	ANKLE1	Q8NAG6	615 aa		11.42	□□□□□ -0.58
GPHN-215	ENST00000557654	PRR7	Q8TB68	274 aa		11.42	□□□□□ -0.58
GPHN-215	ENST00000557654	SKIV2L	Q15477	1246 aa	Known RBP	11.41	□□□□□ -0.58
GPHN-215	ENST00000557654	PRKD2	Q9BZL6	878 aa		11.41	□□□□□ -0.58
GPHN-215	ENST00000557654	ZBTB3	Q9H5J0	574 aa		11.41	□□□□□ -0.58
GPHN-215	ENST00000557654	CFAP99	D6REC4	459 aa		11.4	□□□□□ -0.58
GPHN-215	ENST00000557654	DXO	O77932	396 aa	Known RBP	11.4	□□□□□ -0.58
GPHN-215	ENST00000557654	MMP16	P51512	607 aa		11.4	□□□□□ -0.58
GPHN-215	ENST00000557654	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	11.4	□□□□□ -0.58
GPHN-215	ENST00000557654	JUND	P17535	347 aa		11.39	□□□□□ -0.59
GPHN-215	ENST00000557654	RTL5	Q5HYW3	569 aa	Predicted RBP	11.39	□□□□□ -0.59
GPHN-215	ENST00000557654	NUTM2B	A6NNL0	878 aa	Predicted RBP	11.38	□□□□□ -0.59
GPHN-215	ENST00000557654	NUTM2E	B1AL46	878 aa	Predicted RBP	11.38	□□□□□ -0.59
GPHN-215	ENST00000557654	LILRB3	O75022	631 aa		11.38	□□□□□ -0.59
GPHN-215	ENST00000557654	NUTM2D	Q5VT03	806 aa	Predicted RBP	11.38	□□□□□ -0.59
GPHN-215	ENST00000557654	NUTM2A	Q8IVF1	878 aa	Predicted RBP	11.38	□□□□□ -0.59
GPHN-215	ENST00000557654	TUSC1	Q2TAM9	212 aa		11.37	□□□□□ -0.59
GPHN-215	ENST00000557654	PRPF38B	Q5VTL8	546 aa	Known RBP	11.37	□□□□□ -0.59
GPHN-215	ENST00000557654	LIAT1	Q6ZQX7	453 aa		11.37	□□□□□ -0.59
GPHN-215	ENST00000557654	SPDYE5	A6NIY4	337 aa		11.36	□□□□□ -0.59
GPHN-215	ENST00000557654	GNL3	Q9BVP2	549 aa	Known RBP eCLIP	11.36	□□□□□ -0.59
GPHN-215	ENST00000557654	CCDC24	Q8N4L8	307 aa		11.35	□□□□□ -0.59
GPHN-215	ENST00000557654	TSC1	Q92574	1164 aa		11.35	□□□□□ -0.59
GPHN-215	ENST00000557654	RGS20	O76081	388 aa		11.34	□□□□□ -0.59
GPHN-215	ENST00000557654	SLC19A1	P41440	591 aa		11.34	□□□□□ -0.59
GPHN-215	ENST00000557654	NUDT12	Q9BQG2	462 aa		11.32	□□□□□ -0.6
GPHN-215	ENST00000557654	PER1	O15534	1290 aa	Predicted RBP	11.31	□□□□□ -0.6
GPHN-215	ENST00000557654	PCMTD1	Q96MG8	357 aa	Predicted RBP	11.31	□□□□□ -0.6
GPHN-215	ENST00000557654		V9GY48	417 aa	Predicted RBP	11.31	□□□□□ -0.6
GPHN-215	ENST00000557654	SPRYD7	Q5W111	196 aa		11.29	□□□□□ -0.6
GPHN-215	ENST00000557654	DESI1	Q6ICB0	168 aa		11.29	□□□□□ -0.6
GPHN-215	ENST00000557654	PTCRA	Q6ISU1	281 aa	Predicted RBP	11.29	□□□□□ -0.6
GPHN-215	ENST00000557654	GOPC	Q9HD26	462 aa		11.29	□□□□□ -0.6
GPHN-215	ENST00000557654	CCNYL3	P0C7X3	344 aa		11.28	□□□□□ -0.6
GPHN-215	ENST00000557654	PTPRN	Q16849	979 aa		11.28	□□□□□ -0.6
GPHN-215	ENST00000557654	LYPD8	Q6UX82	237 aa		11.27	□□□□□ -0.61
GPHN-215	ENST00000557654	CTDSPL2	Q05D32	466 aa		11.26	□□□□□ -0.61
GPHN-215	ENST00000557654	PPP2R2D	Q66LE6	453 aa		11.26	□□□□□ -0.61
GPHN-215	ENST00000557654	ZBTB24	O43167	697 aa	Predicted RBP	11.25	□□□□□ -0.61
GPHN-215	ENST00000557654	RFC5	P40937	340 aa		11.24	□□□□□ -0.61
GPHN-215	ENST00000557654	RPIA	P49247	311 aa		11.24	□□□□□ -0.61
GPHN-215	ENST00000557654	ZNF697	Q5TEC3	545 aa		11.24	□□□□□ -0.61
GPHN-215	ENST00000557654	HELB	Q8NG08	1087 aa	Predicted RBP	11.24	□□□□□ -0.61
GPHN-215	ENST00000557654	EVA1B	Q9NVM1	165 aa		11.24	□□□□□ -0.61
GPHN-215	ENST00000557654	MAP10	Q9P2G4	905 aa		11.24	□□□□□ -0.61
GPHN-215	ENST00000557654	AP1G2	O75843	785 aa		11.23	□□□□□ -0.61
GPHN-215	ENST00000557654	CTH	P32929	405 aa		11.23	□□□□□ -0.61
GPHN-215	ENST00000557654	TRIM32	Q13049	653 aa		11.23	□□□□□ -0.61
GPHN-215	ENST00000557654	ZNF598	Q86UK7	904 aa	Known RBP	11.23	□□□□□ -0.61
GPHN-215	ENST00000557654	KCNH2	Q12809	1159 aa		11.22	□□□□□ -0.61
GPHN-215	ENST00000557654	F12	P00748	615 aa	Predicted RBP	11.21	□□□□□ -0.61
GPHN-215	ENST00000557654	TRIM67	Q6ZTA4	783 aa		11.21	□□□□□ -0.61
GPHN-215	ENST00000557654	LRRN4	Q8WUT4	740 aa		11.21	□□□□□ -0.61
GPHN-215	ENST00000557654	UNC93B1	Q9H1C4	597 aa		11.21	□□□□□ -0.61
GPHN-215	ENST00000557654	TNFRSF10A	O00220	468 aa		11.19	□□□□□ -0.62
GPHN-215	ENST00000557654	CD2BP2	O95400	341 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
GPHN-215	ENST00000557654	SKOR1	P84550	965 aa		11.19	□□□□□ -0.62
GPHN-215	ENST00000557654	FOXC1	Q12948	553 aa		11.19	□□□□□ -0.62
GPHN-215	ENST00000557654	LINC01559	Q495D7	138 aa		11.19	□□□□□ -0.62
GPHN-215	ENST00000557654	IRX2	Q9BZI1	471 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
GPHN-215	ENST00000557654	PKD2L1	Q9P0L9	805 aa		11.17	□□□□□ -0.62
GPHN-215	ENST00000557654	GDF9	O60383	454 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GPHN-215	ENST00000557654	USP17L8	P0C7I0	530 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GPHN-215	ENST00000557654	BAP1	Q92560	729 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GPHN-215	ENST00000557654	HMX1	Q9NP08	348 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
GPHN-215	ENST00000557654	PDZRN3	Q9UPQ7	1066 aa		11.16	□□□□□ -0.62
GPHN-215	ENST00000557654	GFRA3	O60609	400 aa		11.15	□□□□□ -0.62
GPHN-215	ENST00000557654	EPS8L1	Q8TE68	723 aa		11.14	□□□□□ -0.63
GPHN-215	ENST00000557654	SH3BP2	P78314	561 aa		11.13	□□□□□ -0.63
GPHN-215	ENST00000557654	NR6A1	Q15406	480 aa		11.13	□□□□□ -0.63

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