RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000597172.5

TRIM28-208, Transcript of tripartite motif containing 28, humanhuman

TSL 2

Gene TRIM28, Length 577 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28-208ENST00000597172 TMEM209Q96SK2 561 aa10.01□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 PCDHB18PQ96TA0 734 aa10.01□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 AGPAT1Q99943 283 aa10.01□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 NT5C1AQ9BXI3 368 aa10.01□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 OSBPL6Q9BZF3 934 aa10.01□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 NHEJ1Q9H9Q4 299 aaPredicted RBP10.01□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 CHST7Q9NS84 486 aa10.01□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 ZNHIT6Q9NWK9 470 aaKnown RBP10.01□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 DDX43Q9NXZ2 648 aaKnown RBP10.01□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 EPS15L1Q9UBC2 864 aa10.01□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 DSEQ9UL01 958 aa10.01□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 WASF3Q9UPY6 502 aa10.01□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 MTF2Q9Y483 593 aaPredicted RBP10.01□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 BZW2Q9Y6E2 419 aaKnown RBP10.01□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 CACNA1EQ15878 2313 aa10.01□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 SSU72P8A0A1W2PR75 194 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 MYBPHLA2RUH7 354 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 SPDYE4A6NLX3 237 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 DDX3XO00571 662 aaKnown RBP eCLIP10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 MMEP08473 750 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 CCDC172P0C7W6 258 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 VDRP11473 427 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 PTPN1P18031 435 aaKnown RBP10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 BRD2P25440 801 aaKnown RBP10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 GNA15P30679 374 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 PPM1AP35813 382 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 NRLP54845 237 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 FMO1Q01740 532 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 CDR2Q01850 454 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 ELAVL2Q12926 359 aaKnown RBP10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 CCDC142Q17RM4 750 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 RTP2Q5QGT7 225 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 TAF3Q5VWG9 929 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 OVOS1Q6IE37 1185 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 RSPO2Q6UXX9 243 aaPredicted RBP10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 PDZRN4Q6ZMN7 1036 aaPredicted RBP10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 DDX53Q86TM3 631 aaKnown RBP10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 LRRTM3Q86VH5 581 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 METTL23Q86XA0 190 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 CEP57Q86XR8 500 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 PALB2Q86YC2 1186 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 FMNL3Q8IVF7 1028 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 CCDC112Q8NEF3 446 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 OR10T2Q8NGX3 314 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 LNX1Q8TBB1 728 aaPredicted RBP10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 SLC22A17Q8WUG5 538 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 PKMYT1Q99640 499 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 ACBD6Q9BR61 282 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 TTPALQ9BTX7 342 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 DDX23Q9BUQ8 820 aaKnown RBP10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 SFXN1Q9H9B4 322 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 CRTAC1Q9NQ79 661 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 PRMT8Q9NR22 394 aaPredicted RBP10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 KIAA1257Q9ULG3 409 aa10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 IGF2BP2Q9Y6M1 599 aaKnown RBP eCLIP10□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 SF3B1O75533 1304 aaKnown RBP eCLIP10□□□□□ -0.814e-6■■■■■ 27.7
TRIM28-208ENST00000597172 C2orf16Q68DN1 1984 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 A0A087X0T9 212 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 ARHGEF37A1IGU5 675 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 CARNS1A5YM72 827 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 ZNF263O14978 683 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 THAP12O43422 761 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 LILRB3O75022 631 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 TOP3BO95985 862 aaKnown RBP9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 SOD2P04179 222 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 FAM228BP0C875 321 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 TNFAIP3P21580 790 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 PDE6CP51160 858 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 PSMC1P62191 440 aaKnown RBP9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 YWHAHQ04917 246 aaPredicted RBP9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 GFPT1Q06210 699 aaPredicted RBP9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 SIM2Q14190 667 aaPredicted RBP9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 CNGA2Q16280 664 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 USP41Q3LFD5 358 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 HS1BP3Q53T59 392 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 PPP1R26Q5T8A7 1209 aaPredicted RBP9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 STPG1Q5TH74 334 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 ARHGAP17Q68EM7 881 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 FAM171BQ6P995 826 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 PAQR9Q6ZVX9 377 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 ZNF677Q86XU0 584 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 GLYCTKQ8IVS8 523 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 CCDC170Q8IYT3 715 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 WDTC1Q8N5D0 677 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 B3GALNT2Q8NCR0 500 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 CYFIP2Q96F07 1278 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 TMEM169Q96HH4 297 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 BBC3Q96PG8 261 aaPredicted RBP9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 SYT15Q9BQS2 421 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 SCNM1Q9BWG6 230 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 ZCWPW1Q9H0M4 648 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 TMLHEQ9NVH6 421 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 CACNA2D2Q9NY47 1150 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 ADAMTS1Q9UHI8 967 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 CDH9Q9ULB4 789 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 PYCARDQ9ULZ3 195 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 NENFQ9UMX5 172 aa9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 EPN1Q9Y6I3 576 aaPredicted RBP9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 URB1O60287 2271 aaKnown RBP9.99□□□□□ -0.81
TRIM28-208ENST00000597172 KALRNO60229 2985 aa9.99□□□□□ -0.81
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 37.2 ms