RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	HEPACAM2	A8MVW5	462 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	ANKRD63	C9JTQ0	380 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	CETN3	O15182	167 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	CLIC2	O15247	247 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	OGT	O15294	1046 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	EXOC3	O60645	756 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	PIGR	P01833	764 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	CLTA	P09496	248 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	CPB1	P15086	417 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	CASP5	P51878	434 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	KPNA1	P52294	538 aa	Predicted RBP	9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	MCL1	Q07820	350 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	EHHADH	Q08426	723 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	ADAM9	Q13443	819 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	SURF1	Q15526	300 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	CSRP2	Q16527	193 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	STX1A	Q16623	288 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	DBN1	Q16643	649 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	BMT2	Q1RMZ1	405 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	COBLL1	Q53SF7	1204 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	IQCE	Q6IPM2	695 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520		Q6ZS52	159 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	CEP68	Q76N32	757 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	EPM2AIP1	Q7L775	607 aa	Predicted RBP	9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	CREBRF	Q8IUR6	639 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	MFSD6L	Q8IWD5	586 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	YAF2	Q8IY57	180 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	SMYD4	Q8IYR2	804 aa	Predicted RBP	9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	DEPDC1B	Q8WUY9	529 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	C18orf25	Q96B23	403 aa	Predicted RBP	9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	RSPRY1	Q96DX4	576 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	ZMAT2	Q96NC0	199 aa	Known RBP	9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	CDT1	Q9H211	546 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	C2orf42	Q9NWW7	574 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	TMEM63C	Q9P1W3	806 aa		9.38	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	BAHCC1	Q9P281	2608 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520		A0A0B4J269	797 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520		H7C4K7	107 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	XPOT	O43592	962 aa	Known RBP	9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	LRP3	O75074	770 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	KRT13	P13646	458 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	CYP2J2	P51589	502 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	TPM4	P67936	248 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	FKBP3	Q00688	224 aa	Known RBP	9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	LRRC63	Q05C16	580 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	KCNA1	Q09470	495 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	PAK1	Q13153	545 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	MRPL58	Q14197	206 aa	Known RBP	9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	MYBPC2	Q14324	1141 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	SF3A2	Q15428	464 aa	Known RBP	9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	AASDH	Q4L235	1098 aa	Predicted RBP	9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	SEZ6	Q53EL9	994 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	CEP135	Q66GS9	1140 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	IL31	Q6EBC2	164 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	FOXR1	Q6PIV2	292 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	ALKAL1	Q6UXT8	129 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	CD302	Q8IX05	232 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	GPD1L	Q8N335	351 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	SPEM1	Q8N4L4	309 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	XXYLT1	Q8NBI6	393 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	KIAA0895	Q8NCT3	520 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	GLIS3	Q8NEA6	775 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	SHKBP1	Q8TBC3	707 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	CACTIN	Q8WUQ7	758 aa	Known RBP	9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	NELFB	Q8WX92	580 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	ZFYVE19	Q96K21	471 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	PGLYRP2	Q96PD5	576 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	FNBP1	Q96RU3	617 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	FAM213A	Q9BRX8	229 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	IER2	Q9BTL4	223 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	PTPRH	Q9HD43	1115 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	ASAH2	Q9NR71	780 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	AGPAT3	Q9NRZ7	376 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	TNRC6B	Q9UPQ9	1833 aa	Known RBP	9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	PCNX2	A6NKB5	2137 aa		9.37	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	SYCE3	A1L190	88 aa		9.36	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	GOLGA8IP	A6NC78	632 aa		9.36	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	GOLGA8J	A6NMD2	632 aa		9.36	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	SMTNL1	A8MU46	457 aa		9.36	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	BECN2	A8MW95	431 aa		9.36	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520		K7ESF4	209 aa		9.36	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	SYN3	O14994	580 aa		9.36	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	EXTL3	O43909	919 aa		9.36	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	MICAL2	O94851	1124 aa		9.36	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	IL18RAP	O95256	599 aa		9.36	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	GNA14	O95837	355 aa		9.36	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	NR3C1	P04150	777 aa		9.36	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	OR4Q2	P0C623	313 aa		9.36	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	EPB41	P11171	864 aa	Known RBP	9.36	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	PROZ	P22891	400 aa		9.36	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	NR2F2	P24468	414 aa		9.36	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	ERCC5	P28715	1186 aa	Predicted RBP	9.36	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	PSMC2	P35998	433 aa	Known RBP	9.36	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	PXN	P49023	591 aa	Predicted RBP	9.36	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	ACOT2	P49753	483 aa		9.36	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	CDR1	P51861	262 aa		9.36	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	STX17	P56962	302 aa		9.36	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	POU5F1	Q01860	360 aa	Known RBP	9.36	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	PPP2R3A	Q06190	1150 aa		9.36	□□□□□ -0.91
USP4-213	ENST00000488520	LRRC32	Q14392	662 aa		9.36	□□□□□ -0.91

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