RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000491292.5

ERCC3-208, Transcript of ERCC excision repair 3, TFIIH core complex helicase subunit, human

TSL 2

Gene ERCC3, Length 4,018 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ERCC3-208	ENST00000491292	KCNN4	O15554	427 aa		10.26	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	CSDE1	O75534	798 aa	Known RBP	10.26	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	LYPLA1	O75608	230 aa	Predicted RBP	10.26	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	ZBED1	O96006	694 aa		10.26	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	RAG1	P15918	1043 aa		10.26	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	VCP	P55072	806 aa	Known RBP	10.26	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	CDH6	P55285	790 aa		10.26	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	KCTD21	Q4G0X4	260 aa		10.26	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	EFHC1	Q5JVL4	640 aa		10.26	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	ARHGEF16	Q5VV41	709 aa		10.26	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	TRIM74	Q86UV6	250 aa		10.26	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	TRIM73	Q86UV7	250 aa		10.26	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	TRIM42	Q8IWZ5	723 aa		10.26	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	EXD1	Q8NHP7	514 aa		10.26	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	MSTO1	Q9BUK6	570 aa		10.26	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	ACSS2	Q9NR19	701 aa		10.26	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	TBX20	Q9UMR3	447 aa		10.26	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	INPP5F	Q9Y2H2	1132 aa		10.26	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	DTNA	Q9Y4J8	743 aa		10.26	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	LAMB4	A4D0S4	1761 aa		10.26	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	TJP1	Q07157	1748 aa		10.26	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	CLPTM1	O96005	669 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	ENO3	P13929	434 aa	Predicted RBP	10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	IVD	P26440	423 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	PRAME	P78395	509 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	TRMT5	Q32P41	509 aa	Known RBP	10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	RALGPS1	Q5JS13	557 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	TXNRD3NB	Q6F5E7	133 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	RAPH1	Q70E73	1250 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	LDHD	Q86WU2	507 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	C7orf43	Q8WVR3	580 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	CLMN	Q96JQ2	1002 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	MMP19	Q99542	508 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	PRPF18	Q99633	342 aa	Known RBP	10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	MIS12	Q9H081	205 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	SNED1	Q8TER0	1413 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	ROBO3	Q96MS0	1386 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292		E9PBE3	544 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	KLHL41	O60662	606 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	SEC24D	O94855	1032 aa	Predicted RBP	10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	VAV1	P15498	845 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	DSG3	P32926	999 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	SOX11	P35716	441 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	NPTX2	P47972	431 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	GALK1	P51570	392 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	NCOA4	Q13772	614 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	SLC10A5	Q5PT55	438 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	ACBD5	Q5T8D3	534 aa	Predicted RBP	10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	KRT80	Q6KB66	452 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	RHBDF2	Q6PJF5	856 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	RBM44	Q6ZP01	1051 aa	Known RBP	10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	CDR2L	Q86X02	465 aa	Predicted RBP	10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	KBTBD2	Q8IY47	623 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	TMEM35B	Q8NCS4	154 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	OR6Y1	Q8NGX8	325 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	TMEM143	Q96AN5	459 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	LENG9	Q96B70	501 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	ALKBH8	Q96BT7	664 aa	Known RBP	10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	BORCS6	Q96GS4	357 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	RAVER2	Q9HCJ3	691 aa	Known RBP	10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	RBAK	Q9NYW8	714 aa	Predicted RBP	10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	CAPN8	A6NHC0	703 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	KRT38	O76015	456 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	RARRES1	P49788	294 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	SESN2	P58004	480 aa	Predicted RBP	10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	CDC16	Q13042	620 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	MAMLD1	Q13495	774 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	SLC5A9	Q2M3M2	681 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	GPAT2	Q6NUI2	795 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	SWSAP1	Q6NVH7	229 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	THNSL1	Q8IYQ7	743 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	USP13	Q92995	863 aa	Predicted RBP	10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	DTNBP1	Q96EV8	351 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	PPP1R16B	Q96T49	567 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	KLHL4	Q9C0H6	718 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	TAF1	P21675	1872 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		10.25	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	CYP3A7-CYP3A51P	A0A087WV96	503 aa		10.24	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	SMAP	O00193	183 aa		10.24	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	PPEF1	O14829	653 aa	Predicted RBP	10.24	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	P4HA2	O15460	535 aa		10.24	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	PSTPIP1	O43586	416 aa		10.24	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	HSPA4L	O95757	839 aa		10.24	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	SNRPA	P09012	282 aa	Known RBP	10.24	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	FGFR1	P11362	822 aa		10.24	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	KRT3	P12035	628 aa		10.24	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	CYP3A7	P24462	503 aa		10.24	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	PEX2	P28328	305 aa		10.24	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	OCRL	Q01968	901 aa		10.24	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	WDR72	Q3MJ13	1102 aa		10.24	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	TFDP3	Q5H9I0	405 aa		10.24	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	PRR5L	Q6MZQ0	368 aa		10.24	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	CD101	Q93033	1021 aa		10.24	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	SERAC1	Q96JX3	654 aa		10.24	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	MAN1C1	Q9NR34	630 aa		10.24	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	MYOCOS	A0A1B0GUC4	107 aa		10.24	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292		K7ERI5	159 aa		10.24	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	PRPF4	O43172	522 aa	Known RBP eCLIP	10.24	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	PSMD10	O75832	226 aa		10.24	□□□□□ -0.77
ERCC3-208	ENST00000491292	SERPINB5	P36952	375 aa		10.24	□□□□□ -0.77

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 18.1 ms