RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000631023.2

CLN3-240, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,586 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-240ENST00000631023 SMYD3Q9H7B4 428 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 TMLHEQ9NVH6 421 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 MYBPHLA2RUH7 354 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 A8MXQ7 604 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 ZNF197O14709 1029 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 CDH8P55286 799 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 NOP14P78316 857 aaKnown RBP22.12■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 VEPH1Q14D04 833 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 TPD52L1Q16890 204 aaPredicted RBP22.12■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 CT47A1Q5JQC4 288 aaPredicted RBP22.12■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 SCARA5Q6ZMJ2 495 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 FAM200AQ8TCP9 573 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 SLC35C1Q96A29 364 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 FUBP3Q96I24 572 aaKnown RBP eCLIP22.12■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 FAXDC2Q96IV6 333 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 PKMYT1Q99640 499 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 RAB20Q9NX57 234 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 CEP72Q9P209 647 aa22.12■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 MRPS23Q9Y3D9 190 aaKnown RBP22.12■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 HCRTO43612 131 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 N4BP1O75113 896 aaKnown RBP22.11■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 ATP2C2O75185 946 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 ALADP13716 330 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 ERCC5P28715 1186 aaPredicted RBP22.11■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 CDR1P51861 262 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 PSMC1P62191 440 aaKnown RBP22.11■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 DPCR1Q3MIW9 517 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 SPOPLQ6IQ16 392 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 PDZD4Q76G19 769 aaPredicted RBP22.11■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 MYCBPAPQ8TBZ2 947 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 ELMO3Q96BJ8 720 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 CYP3A43Q9HB55 503 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 UTP3Q9NQZ2 479 aaKnown RBP eCLIP22.11■■□□□ 1.136e-9■■■■■ 134.6
CLN3-240ENST00000631023 ASAH2Q9NR71 780 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 MAGEC2Q9UBF1 373 aaPredicted RBP22.11■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 LIMD1Q9UGP4 676 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 PTPN1P18031 435 aaKnown RBP22.1■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 TRIM21P19474 475 aaKnown RBP22.1■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 MARSP56192 900 aaKnown RBP22.1■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 RPL10AP62906 217 aaKnown RBP22.1■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 CETN1Q12798 172 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 TAF12Q16514 161 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 CFAP221Q4G0U5 840 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 CBWD6Q4V339 395 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 CBWD3Q5JTY5 395 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 CBWD5Q5RIA9 395 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 RBM43Q6ZSC3 357 aaKnown RBP22.1■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 TNIP3Q96KP6 325 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 MYADMQ96S97 322 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 NIF3L1Q9GZT8 377 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 EPS15L1Q9UBC2 864 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 COQ4Q9Y3A0 265 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 GREB1Q4ZG55 1949 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 DENND4CQ5VZ89 1909 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 SOAT2O75908 522 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 LAMP2P13473 410 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 ASPAP45381 313 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 RAP1GAPP47736 663 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 FMO5P49326 533 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 CCDC183Q5T5S1 534 aa22.09■■□□□ 1.13
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CLN3-240ENST00000631023 SEMA4DQ92854 862 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 PSMG2Q969U7 264 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 BCO2Q9BYV7 579 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 DNAI2Q9GZS0 605 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 DNAJC25Q9H1X3 360 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 CRTAC1Q9NQ79 661 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 CDH7Q9ULB5 785 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 ZNF638Q14966 1978 aaKnown RBP22.09■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 DCXO43602 365 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 MICAL2O94851 1124 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 CYP2F1P24903 491 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 MAGEA11P43364 429 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 CYP27A1Q02318 531 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 SASS6Q6UVJ0 657 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 UNC93AQ86WB7 457 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 CREBRFQ8IUR6 639 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 B3GALNT2Q8NCR0 500 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 FGF13Q92913 245 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 SDCBP2Q9H190 292 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 APOBEC3GQ9HC16 384 aaKnown RBP22.08■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 MUTYHQ9UIF7 546 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 UTP18Q9Y5J1 556 aaKnown RBP eCLIP22.08■■□□□ 1.13
CLN3-240ENST00000631023 PMM2O15305 246 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-240ENST00000631023 FGF19O95750 216 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-240ENST00000631023 MYL4P12829 197 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-240ENST00000631023 ATF6P18850 670 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-240ENST00000631023 EPHA5P54756 1037 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-240ENST00000631023 MDH1BQ5I0G3 518 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-240ENST00000631023 TRIM59Q8IWR1 403 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-240ENST00000631023 TTC39CQ8N584 583 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-240ENST00000631023 MYLPFQ96A32 169 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-240ENST00000631023 PCED1BQ96HM7 432 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-240ENST00000631023 LPIN3Q9BQK8 851 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-240ENST00000631023 IGSF9Q9P2J2 1179 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-240ENST00000631023 NME7Q9Y5B8 376 aa22.08■■□□□ 1.12
CLN3-240ENST00000631023 PI4K2BG5E9Z4 385 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-240ENST00000631023 P4HA2O15460 535 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-240ENST00000631023 SLC5A9Q2M3M2 681 aa22.07■■□□□ 1.12
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