RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568422.6

CLN3-231, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,168 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-231	ENST00000568422	F11	P03951	625 aa		18.12	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	HMGA1	P17096	107 aa	Known RBP	18.12	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	RPL10A	P62906	217 aa	Known RBP	18.12	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	RBP5	P82980	135 aa		18.12	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	SATB1	Q01826	763 aa		18.12	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	RSPO4	Q2I0M5	234 aa	Predicted RBP	18.12	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	LAIR1	Q6GTX8	287 aa		18.12	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	FAM173B	Q6P4H8	233 aa		18.12	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	CCDC65	Q8IXS2	484 aa		18.12	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	CSGALNACT2	Q8N6G5	542 aa		18.12	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	USP28	Q96RU2	1077 aa		18.12	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	LRRC27	Q9C0I9	530 aa		18.12	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	KIF9	Q9HAQ2	790 aa		18.12	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	DDX43	Q9NXZ2	648 aa	Known RBP	18.12	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	L1RE1	Q9UN81	338 aa		18.12	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	R3HCC1	Q9Y3T6	440 aa	Known RBP	18.12	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	PRPF40A	O75400	957 aa	Known RBP	18.11	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	HOXA6	P31267	233 aa		18.11	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	LHX1	P48742	406 aa		18.11	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	AMPD2	Q01433	879 aa		18.11	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	BFSP1	Q12934	665 aa		18.11	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	CCIN	Q13939	588 aa		18.11	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	PON2	Q15165	354 aa		18.11	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	INTS6L	Q5JSJ4	861 aa	Known RBP	18.11	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	TXNDC11	Q6PKC3	985 aa		18.11	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	TMEM150A	Q86TG1	271 aa		18.11	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	GPD1L	Q8N335	351 aa		18.11	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	TOP6BL	Q8N6T0	577 aa		18.11	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	CXorf38	Q8TB03	319 aa		18.11	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	MRPS31	Q92665	395 aa	Known RBP	18.11	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	CBWD1	Q9BRT8	395 aa		18.11	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	PI4K2A	Q9BTU6	479 aa		18.11	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	PANK2	Q9BZ23	570 aa		18.11	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	TNMD	Q9H2S6	317 aa		18.11	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	TDP1	Q9NUW8	608 aa		18.11	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	TMLHE	Q9NVH6	421 aa		18.11	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422		A0A087X0B3	334 aa		18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	TULP1	O00294	542 aa	Predicted RBP	18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	LRP3	O75074	770 aa		18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	KRT19	P08727	400 aa		18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	TMEM191B	P0C7N4	346 aa		18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	PCSK1	P29120	753 aa		18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	NASP	P49321	788 aa	Predicted RBP	18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	CDR1	P51861	262 aa		18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	WNT7B	P56706	349 aa		18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	TNK2	Q07912	1038 aa		18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	MYO1E	Q12965	1108 aa		18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF268	Q14587	947 aa	Predicted RBP	18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	SURF1	Q15526	300 aa		18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	CFAP221	Q4G0U5	840 aa		18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	DPH6	Q7L8W6	267 aa		18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	MON1A	Q86VX9	555 aa		18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	LONP2	Q86WA8	852 aa		18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	MAB21L3	Q8N8X9	362 aa		18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	ZSWIM2	Q8NEG5	633 aa		18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	TTC8	Q8TAM2	541 aa		18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	TRMT2B	Q96GJ1	504 aa	Known RBP	18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	MYRFL	Q96LU7	910 aa		18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	FAM83C	Q9BQN1	747 aa		18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	CUEDC2	Q9H467	287 aa		18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	GKN1	Q9NS71	199 aa		18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	RBM12	Q9NTZ6	932 aa	Known RBP	18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	MTMR6	Q9Y217	621 aa		18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	SNX9	Q9Y5X1	595 aa		18.1	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	GOLGA8IP	A6NC78	632 aa		18.09	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	GOLGA8J	A6NMD2	632 aa		18.09	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422		K7ESF4	209 aa		18.09	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	GABRD	O14764	452 aa		18.09	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	STX6	O43752	255 aa		18.09	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	RET	P07949	1114 aa		18.09	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	AMPD3	Q01432	767 aa		18.09	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	RUNX3	Q13761	415 aa		18.09	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	STK38	Q15208	465 aa		18.09	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	WDR44	Q5JSH3	913 aa		18.09	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	CC2D1A	Q6P1N0	951 aa	Predicted RBP	18.09	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422		Q6ZS52	159 aa		18.09	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	USP13	Q92995	863 aa	Predicted RBP	18.09	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	FUBP3	Q96I24	572 aa	Known RBP eCLIP	18.09	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	ANKRD36BP1	Q96IX9	119 aa		18.09	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	PKMYT1	Q99640	499 aa		18.09	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	SMG9	Q9H0W8	520 aa	Known RBP	18.09	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	PCIF1	Q9H4Z3	704 aa		18.09	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	KIAA1586	Q9HCI6	787 aa		18.09	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	PDE11A	Q9HCR9	933 aa		18.09	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	USP18	Q9UMW8	372 aa		18.09	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	MAGED2	Q9UNF1	606 aa	Predicted RBP	18.09	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	RALGAPA1	Q6GYQ0	2036 aa		18.09	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	GREB1	Q4ZG55	1949 aa		18.08	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	ANAPC1	Q9H1A4	1944 aa		18.08	■□□□□ 0.49
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF233	A6NK53	670 aa		18.08	■□□□□ 0.48
CLN3-231	ENST00000568422	CHURC1-FNTB	B4DL54	471 aa		18.08	■□□□□ 0.48
CLN3-231	ENST00000568422	NOL4	O94818	638 aa		18.08	■□□□□ 0.48
CLN3-231	ENST00000568422	PRPF6	O94906	941 aa	Known RBP	18.08	■□□□□ 0.48
CLN3-231	ENST00000568422	TGM1	P22735	817 aa		18.08	■□□□□ 0.48
CLN3-231	ENST00000568422	CYP2F1	P24903	491 aa		18.08	■□□□□ 0.48
CLN3-231	ENST00000568422	FNTB	P49356	437 aa		18.08	■□□□□ 0.48
CLN3-231	ENST00000568422	GRSF1	Q12849	480 aa	Known RBP eCLIP	18.08	■□□□□ 0.48
CLN3-231	ENST00000568422	SIM2	Q14190	667 aa	Predicted RBP	18.08	■□□□□ 0.48
CLN3-231	ENST00000568422	PRR23B	Q6ZRT6	265 aa		18.08	■□□□□ 0.48
CLN3-231	ENST00000568422	SPATA2L	Q8IUW3	424 aa	Predicted RBP	18.08	■□□□□ 0.48

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 27.2 ms