RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565236.1

CLN3-215, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 582 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-215ENST00000565236 DNM1Q05193 864 aaKnown RBP24.18■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 ARHGAP15Q53QZ3 475 aa24.18■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 ZNF852Q6ZMS4 543 aa24.18■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 UNC13DQ70J99 1090 aa24.18■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 GAREM2Q75VX8 874 aa24.18■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 CBWD2Q8IUF1 395 aa24.18■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 MFSD6LQ8IWD5 586 aa24.18■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 PDCL2Q8N4E4 241 aa24.18■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 NKD2Q969F2 451 aaPredicted RBP24.18■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 FAM84AQ96KN4 292 aa24.18■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 LPIN3Q9BQK8 851 aa24.18■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 MTMR12Q9C0I1 747 aa24.18■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 BLZF1Q9H2G9 400 aa24.18■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 INTS13Q9NVM9 706 aa24.18■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 ABI2Q9NYB9 513 aaPredicted RBP24.18■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 RCOR1Q9UKL0 485 aa24.18■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 MRPS17Q9Y2R5 130 aaKnown RBP24.18■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 PCDHB5Q9Y5E4 795 aa24.18■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 MIA3Q5JRA6 1907 aa24.18■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 PTPRZ1P23471 2315 aaPredicted RBP24.17■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 ZFP91-CNTFA0A0A6YYC7 529 aaPredicted RBP24.17■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 ZNF263O14978 683 aa24.17■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 NCAM2O15394 837 aa24.17■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 TNNC2P02585 160 aa24.17■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 DUOXA2Q1HG44 320 aa24.17■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 LMBRD2Q68DH5 695 aaPredicted RBP24.17■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 ASCL5Q7RTU5 278 aa24.17■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 YAF2Q8IY57 180 aa24.17■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 TMEM86AQ8N2M4 240 aa24.17■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 CXorf38Q8TB03 319 aa24.17■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 GDAP2Q9NXN4 497 aa24.17■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 L1RE1Q9UN81 338 aa24.17■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 GTF3C3Q9Y5Q9 886 aa24.17■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 SNX9Q9Y5X1 595 aa24.17■■□□□ 1.46
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CLN3-215ENST00000565236 COL4A3Q01955 1670 aa24.16■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 HEPACAM2A8MVW5 462 aa24.16■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 HAPLN1P10915 354 aaPredicted RBP24.16■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 ATF6P18850 670 aa24.16■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 CASP1P29466 404 aa24.16■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 AFMP43652 599 aa24.16■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 MYL7Q01449 175 aa24.16■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 MYO1EQ12965 1108 aa24.16■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 NFE2Q16621 373 aaPredicted RBP24.16■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 STXBP5Q5T5C0 1151 aa24.16■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 SCARA3Q6AZY7 606 aa24.16■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 ARID3BQ8IVW6 561 aaPredicted RBP24.16■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 CEP57L1Q8IYX8 460 aa24.16■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 GIPC2Q8TF65 315 aa24.16■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 ACBD6Q9BR61 282 aa24.16■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 TRPV5Q9NQA5 729 aa24.16■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 DDX43Q9NXZ2 648 aaKnown RBP24.16■■□□□ 1.46
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CLN3-215ENST00000565236 CACNA1IQ9P0X4 2223 aa24.15■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 PVALEFA0A1B0GWK0 134 aa24.15■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 PRR23AA6NEV1 266 aa24.15■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 MAN2B1O00754 1011 aa24.15■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 TGFB1I1O43294 461 aa24.15■■□□□ 1.46
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CLN3-215ENST00000565236 HS2ST1Q7LGA3 356 aa24.15■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 GPIHBP1Q8IV16 184 aa24.15■■□□□ 1.46
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CLN3-215ENST00000565236 RDH13Q8NBN7 331 aa24.15■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 OR5B17Q8NGF7 314 aa24.15■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 GCNAQ96QF7 691 aa24.15■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 AGPAT3Q9NRZ7 376 aa24.15■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 SPATA6Q9NWH7 488 aaPredicted RBP24.15■■□□□ 1.46
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CLN3-215ENST00000565236 UBE4BO95155 1302 aa24.14■■□□□ 1.46
CLN3-215ENST00000565236 DPYSL4O14531 572 aa24.14■■□□□ 1.45
CLN3-215ENST00000565236 CLIC2O15247 247 aa24.14■■□□□ 1.45
CLN3-215ENST00000565236 PRPF40AO75400 957 aaKnown RBP24.14■■□□□ 1.45
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CLN3-215ENST00000565236 CDC25CP30307 473 aa24.14■■□□□ 1.45
CLN3-215ENST00000565236 MAGEA9P43362 315 aa24.14■■□□□ 1.45
CLN3-215ENST00000565236 LHX1P48742 406 aa24.14■■□□□ 1.45
CLN3-215ENST00000565236 EHHADHQ08426 723 aa24.14■■□□□ 1.45
CLN3-215ENST00000565236 CUL4BQ13620 913 aa24.14■■□□□ 1.45
CLN3-215ENST00000565236 SNRNP35Q16560 246 aaKnown RBP24.14■■□□□ 1.45
CLN3-215ENST00000565236 WDR49Q8IV35 697 aa24.14■■□□□ 1.45
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CLN3-215ENST00000565236 SPATA18Q8TC71 538 aa24.14■■□□□ 1.45
CLN3-215ENST00000565236 SCFD1Q8WVM8 642 aa24.14■■□□□ 1.45
CLN3-215ENST00000565236 HPDLQ96IR7 371 aa24.14■■□□□ 1.45
CLN3-215ENST00000565236 PI4K2AQ9BTU6 479 aa24.14■■□□□ 1.45
CLN3-215ENST00000565236 SLC39A2Q9NP94 309 aa24.14■■□□□ 1.45
CLN3-215ENST00000565236 TMLHEQ9NVH6 421 aa24.14■■□□□ 1.45
CLN3-215ENST00000565236 F5P12259 2224 aa24.14■■□□□ 1.45
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CLN3-215ENST00000565236 ACAT1P24752 427 aaKnown RBP24.13■■□□□ 1.45
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CLN3-215ENST00000565236 ADGRF2Q8IZF7 708 aa24.13■■□□□ 1.45
CLN3-215ENST00000565236 CLDN23Q96B33 292 aa24.13■■□□□ 1.45
CLN3-215ENST00000565236 RSPRY1Q96DX4 576 aa24.13■■□□□ 1.45
CLN3-215ENST00000565236 MKNK1Q9BUB5 465 aa24.13■■□□□ 1.45
CLN3-215ENST00000565236 TASP1Q9H6P5 420 aa24.13■■□□□ 1.45
CLN3-215ENST00000565236 SERTAD1Q9UHV2 236 aa24.13■■□□□ 1.45
CLN3-215ENST00000565236 LAMTOR5O43504 91 aa24.12■■□□□ 1.45
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