RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000431283.1

PTPN4-204, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 3

Gene PTPN4, Length 630 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-204	ENST00000431283	SLAMF7	Q9NQ25	335 aa		6.1	□□□□□ -1.43
PTPN4-204	ENST00000431283	ZNF785	A8K8V0	405 aa		6.09	□□□□□ -1.43
PTPN4-204	ENST00000431283	PCDHGA12	O60330	932 aa		6.09	□□□□□ -1.43
PTPN4-204	ENST00000431283	SOAT2	O75908	522 aa		6.09	□□□□□ -1.43
PTPN4-204	ENST00000431283	CHEK2	O96017	543 aa		6.09	□□□□□ -1.43
PTPN4-204	ENST00000431283	GJB1	P08034	283 aa		6.09	□□□□□ -1.43
PTPN4-204	ENST00000431283	ITGAL	P20701	1170 aa		6.09	□□□□□ -1.43
PTPN4-204	ENST00000431283	EDNRB	P24530	442 aa		6.09	□□□□□ -1.43
PTPN4-204	ENST00000431283	NDUFV1	P49821	464 aa		6.09	□□□□□ -1.43
PTPN4-204	ENST00000431283	FOXF2	Q12947	444 aa		6.09	□□□□□ -1.43
PTPN4-204	ENST00000431283	MTMR1	Q13613	665 aa		6.09	□□□□□ -1.43
PTPN4-204	ENST00000431283	PTPN21	Q16825	1174 aa		6.09	□□□□□ -1.43
PTPN4-204	ENST00000431283	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	6.09	□□□□□ -1.43
PTPN4-204	ENST00000431283	CNPPD1	Q9BV87	410 aa		6.09	□□□□□ -1.43
PTPN4-204	ENST00000431283	RLIM	Q9NVW2	624 aa		6.09	□□□□□ -1.43
PTPN4-204	ENST00000431283	VSX1	Q9NZR4	365 aa	Predicted RBP	6.09	□□□□□ -1.43
PTPN4-204	ENST00000431283	POLH	Q9Y253	713 aa		6.09	□□□□□ -1.43
PTPN4-204	ENST00000431283	PCDHGA9	Q9Y5G4	932 aa	Known RBP	6.09	□□□□□ -1.43
PTPN4-204	ENST00000431283	PCDHGA8	Q9Y5G5	932 aa		6.09	□□□□□ -1.43
PTPN4-204	ENST00000431283	PCDHGA7	Q9Y5G6	932 aa		6.09	□□□□□ -1.43
PTPN4-204	ENST00000431283	PCDHGA6	Q9Y5G7	932 aa		6.09	□□□□□ -1.43
PTPN4-204	ENST00000431283	PCDHGA3	Q9Y5H0	932 aa		6.09	□□□□□ -1.43
PTPN4-204	ENST00000431283	UTP18	Q9Y5J1	556 aa	Known RBP eCLIP	6.09	□□□□□ -1.43
PTPN4-204	ENST00000431283	SPATA31A3	Q5VYP0	1347 aa		6.08	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	MANSC4	A6NHS7	340 aa	Predicted RBP	6.08	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	DTNB	O60941	627 aa		6.08	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	ARIH2	O95376	493 aa		6.08	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	ADK	P55263	362 aa	Known RBP	6.08	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	6.08	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	PCBP2	Q15366	365 aa	Known RBP eCLIP	6.08	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	THEMIS2	Q5TEJ8	643 aa		6.08	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	RASAL3	Q86YV0	1011 aa		6.08	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	C3orf20	Q8ND61	904 aa		6.08	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	NSUN6	Q8TEA1	469 aa	Known RBP	6.08	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	NAF1	Q96HR8	494 aa	Known RBP	6.08	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	PBK	Q96KB5	322 aa		6.08	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	CCDC8	Q9H0W5	538 aa	Predicted RBP	6.08	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	PADI4	Q9UM07	663 aa		6.08	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	6.08	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	ALG1L2	C9J202	215 aa		6.07	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	F2RL2	O00254	374 aa		6.07	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	KATNA1	O75449	491 aa		6.07	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	GNAI2	P04899	355 aa		6.07	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	FTH1P19	P0C7X4	201 aa		6.07	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	NR2F6	P10588	404 aa		6.07	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	PIK3CG	P48736	1102 aa		6.07	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	ZNF135	P52742	658 aa	Predicted RBP	6.07	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	FCRLB	Q6BAA4	426 aa		6.07	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	SUMO4	Q6EEV6	95 aa		6.07	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		6.07	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	POC1B	Q8TC44	478 aa		6.07	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	FBXO41	Q8TF61	875 aa		6.07	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	FKBP10	Q96AY3	582 aa		6.07	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	PUS7	Q96PZ0	661 aa	Known RBP	6.07	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	ACTRT3	Q9BYD9	372 aa		6.07	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	RNF7	Q9UBF6	113 aa		6.07	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	6.07	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	IFT140	Q96RY7	1462 aa		6.07	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	DNAJC9-AS1	A6NH13	148 aa		6.06	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283		E9PLN8	166 aa		6.06	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	GABRD	O14764	452 aa		6.06	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	PRKCG	P05129	697 aa		6.06	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	EBLN1	P0CF75	366 aa		6.06	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	PROK1	P58294	105 aa		6.06	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	SNAPC2	Q13487	334 aa		6.06	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	SRSF7	Q16629	238 aa	Known RBP eCLIP	6.06	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	SH2D3C	Q8N5H7	860 aa		6.06	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	CAMKK1	Q8N5S9	505 aa		6.06	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	LRIG1	Q96JA1	1093 aa		6.06	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	OSBPL9	Q96SU4	736 aa		6.06	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	VKORC1	Q9BQB6	163 aa		6.06	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	EHD3	Q9NZN3	535 aa		6.06	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	ADGRA2	Q96PE1	1338 aa		6.05	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	VPS4B	O75351	444 aa		6.05	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	RHO	P08100	348 aa		6.05	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	RARB	P10826	455 aa		6.05	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	ZFX	P17010	805 aa	Predicted RBP	6.05	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	NDUFB7	P17568	137 aa		6.05	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	CD6	P30203	668 aa		6.05	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	CCT8	P50990	548 aa		6.05	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	6.05	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	HABP2	Q14520	560 aa	Predicted RBP	6.05	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	EZH2	Q15910	746 aa	Known RBP	6.05	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	TEDDM1	Q5T9Z0	273 aa		6.05	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	TMPRSS9	Q7Z410	1059 aa		6.05	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	PSD4	Q8NDX1	1056 aa		6.05	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	TNPO1	Q92973	898 aa	Known RBP	6.05	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	DMRTA2	Q96SC8	542 aa		6.05	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	FEZ2	Q9UHY8	353 aa	Predicted RBP	6.05	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	SERPINB13	Q9UIV8	391 aa		6.05	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	RAD54B	Q9Y620	910 aa		6.05	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	NXPH3	O95157	252 aa		6.04	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	ELFN1	P0C7U0	828 aa		6.04	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	SLC10A2	Q12908	348 aa	Predicted RBP	6.04	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	GRM1	Q13255	1194 aa		6.04	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	BMPR2	Q13873	1038 aa		6.04	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	TBCC	Q15814	346 aa		6.04	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	RBM20	Q5T481	1227 aa	Known RBP	6.04	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	PAPD7	Q5XG87	772 aa	Known RBP	6.04	□□□□□ -1.44
PTPN4-204	ENST00000431283	ATRIP	Q8WXE1	791 aa		6.04	□□□□□ -1.44

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