RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000564574.5

CLN3-212, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,159 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-212ENST00000564574 PHLDB3Q6NSJ2 640 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 LIMS2Q7Z4I7 341 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 TMEM173Q86WV6 379 aaPredicted RBP22.11■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 VSTM4Q8IW00 320 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 TMEM86AQ8N2M4 240 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 PPM1KQ8N3J5 372 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 TTC39CQ8N584 583 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 APPL2Q8NEU8 664 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 BCL7CQ8WUZ0 217 aaPredicted RBP22.11■■□□□ 1.13
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CLN3-212ENST00000564574 BCO2Q9BYV7 579 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 GANQ9H2C0 597 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 NKX2-4Q9H2Z4 354 aa22.11■■□□□ 1.13
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CLN3-212ENST00000564574 VWA8A3KMH1 1905 aa22.11■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 TACC1O75410 805 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 CYP11A1P05108 521 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 IGFBP6P24592 240 aaPredicted RBP22.1■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 MFAP3P55082 362 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 TAP1Q03518 808 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 PDZRN4Q6ZMN7 1036 aaPredicted RBP22.1■■□□□ 1.13
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CLN3-212ENST00000564574 ARHGEF19Q8IW93 802 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 RNF168Q8IYW5 571 aaPredicted RBP22.1■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 MMS19Q96T76 1030 aa22.1■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 UTP3Q9NQZ2 479 aaKnown RBP eCLIP22.1■■□□□ 1.136e-9■■■■■ 134.6
CLN3-212ENST00000564574 FAM207AQ9NSI2 230 aaPredicted RBP22.1■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 POLIQ9UNA4 740 aa22.1■■□□□ 1.13
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CLN3-212ENST00000564574 ADCY5O95622 1261 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 SOD2P04179 222 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 UCHL3P15374 230 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 TRIM21P19474 475 aaKnown RBP22.09■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 CDC25BP30305 580 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 TRIM14Q14142 442 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 PPP2R2DQ66LE6 453 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 SPECC1LQ69YQ0 1117 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 METTL23Q86XA0 190 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 KLHL23Q8NBE8 558 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 C17orf80Q9BSJ5 609 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 C11orf84Q9BUA3 381 aaPredicted RBP22.09■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 HERC2P3Q9BVR0 1158 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 GPR62Q9BZJ7 368 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 EDEM3Q9BZQ6 932 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 SLC28A3Q9HAS3 691 aa22.09■■□□□ 1.13
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CLN3-212ENST00000564574 L1RE1Q9UN81 338 aa22.09■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 LZTS1Q9Y250 596 aa22.09■■□□□ 1.13
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CLN3-212ENST00000564574 ARHGEF15O94989 841 aa22.08■■□□□ 1.13
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CLN3-212ENST00000564574 DNAJB2P25686 324 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 UBE3AQ05086 875 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 SOWAHAQ2M3V2 549 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 USP41Q3LFD5 358 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 FAM171A1Q5VUB5 890 aa22.08■■□□□ 1.13
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CLN3-212ENST00000564574 SCARA5Q6ZMJ2 495 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 RRAGAQ7L523 313 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 ARHGAP30Q7Z6I6 1101 aaPredicted RBP22.08■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 ELMO3Q96BJ8 720 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 TIFAQ96CG3 184 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 NAA15Q9BXJ9 866 aaKnown RBP22.08■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 CEP72Q9P209 647 aa22.08■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 PUF60Q9UHX1 559 aaKnown RBP22.08■■□□□ 1.13
CLN3-212ENST00000564574 I3L4J1 428 aa22.07■■□□□ 1.12
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CLN3-212ENST00000564574 POLR2FP61218 127 aaKnown RBP22.07■■□□□ 1.12
CLN3-212ENST00000564574 APBA1Q02410 837 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-212ENST00000564574 PTPN21Q16825 1174 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-212ENST00000564574 GJB7Q6PEY0 223 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-212ENST00000564574 GPR65Q8IYL9 337 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-212ENST00000564574 ADGRF2Q8IZF7 708 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-212ENST00000564574 PDCL2Q8N4E4 241 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-212ENST00000564574 STK33Q9BYT3 514 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-212ENST00000564574 SMYD3Q9H7B4 428 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-212ENST00000564574 FHOD1Q9Y613 1164 aa22.07■■□□□ 1.12
CLN3-212ENST00000564574 A0A1W2PQJ5 194 aa22.06■■□□□ 1.12
CLN3-212ENST00000564574 LHX1P48742 406 aa22.06■■□□□ 1.12
CLN3-212ENST00000564574 INCA1Q0VD86 236 aa22.06■■□□□ 1.12
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CLN3-212ENST00000564574 PDXDC1Q6P996 788 aa22.06■■□□□ 1.12
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CLN3-212ENST00000564574 FBXO22Q8NEZ5 403 aa22.06■■□□□ 1.12
CLN3-212ENST00000564574 KREMEN1Q96MU8 473 aa22.06■■□□□ 1.12
CLN3-212ENST00000564574 TTPALQ9BTX7 342 aa22.06■■□□□ 1.12
CLN3-212ENST00000564574 VN1R3Q9BXE9 311 aa22.06■■□□□ 1.12
CLN3-212ENST00000564574 OXCT2Q9BYC2 517 aaPredicted RBP22.06■■□□□ 1.12
CLN3-212ENST00000564574 TTYH3Q9C0H2 523 aa22.06■■□□□ 1.12
CLN3-212ENST00000564574 DNAI2Q9GZS0 605 aa22.06■■□□□ 1.12
CLN3-212ENST00000564574 SDCBP2Q9H190 292 aa22.06■■□□□ 1.12
CLN3-212ENST00000564574 SNX25Q9H3E2 840 aa22.06■■□□□ 1.12
CLN3-212ENST00000564574 CHST7Q9NS84 486 aa22.06■■□□□ 1.12
CLN3-212ENST00000564574 GABRDO14764 452 aa22.05■■□□□ 1.12
CLN3-212ENST00000564574 EPHB6O15197 1021 aa22.05■■□□□ 1.12
CLN3-212ENST00000564574 TPM1P09493 284 aa22.05■■□□□ 1.12
CLN3-212ENST00000564574 WEE2P0C1S8 567 aa22.05■■□□□ 1.12
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