RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556339.5

ATXN3-240, Transcript of ataxin 3, human

TSL 1 (best)

Gene ATXN3, Length 525 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATXN3-240	ENST00000556339	MIGA1	Q8NAN2	632 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATXN3-240	ENST00000556339	GPRC5A	Q8NFJ5	357 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATXN3-240	ENST00000556339	U2AF1L4	Q8WU68	220 aa	Known RBP	4.66	□□□□□ -1.66
ATXN3-240	ENST00000556339	NEU4	Q8WWR8	484 aa	Predicted RBP	4.66	□□□□□ -1.66
ATXN3-240	ENST00000556339	CHFR	Q96EP1	664 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATXN3-240	ENST00000556339	ZNF503	Q96F45	646 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATXN3-240	ENST00000556339	P2RX7	Q99572	595 aa	Known RBP	4.66	□□□□□ -1.66
ATXN3-240	ENST00000556339	PAGR1	Q9BTK6	254 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATXN3-240	ENST00000556339	TRIM8	Q9BZR9	551 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATXN3-240	ENST00000556339	GPR108	Q9NPR9	543 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATXN3-240	ENST00000556339	CATSPERZ	Q9NTU4	200 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATXN3-240	ENST00000556339	PUF60	Q9UHX1	559 aa	Known RBP	4.66	□□□□□ -1.66
ATXN3-240	ENST00000556339	MGAM	O43451	1857 aa		4.66	□□□□□ -1.66
ATXN3-240	ENST00000556339	MKI67	P46013	3256 aa	Known RBP	4.66	□□□□□ -1.66
ATXN3-240	ENST00000556339	ACOT7	O00154	380 aa		4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	HMMR	O75330	724 aa		4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	IGHD	P01880	384 aa		4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	IFIT2	P09913	472 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	FGFR1	P11362	822 aa		4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	CAPN2	P17655	700 aa		4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	DNAJA1	P31689	397 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	RPS19	P39019	145 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	ETV4	P43268	484 aa		4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	EPHA5	P54756	1037 aa		4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	BACE1	P56817	501 aa		4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	DYNLL1	P63167	89 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	CCNA1	P78396	465 aa		4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	DGCR2	P98153	550 aa		4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	HHEX	Q03014	270 aa		4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	DBP	Q10586	325 aa	Predicted RBP	4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	TOP3A	Q13472	1001 aa	Predicted RBP	4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	TTF1	Q15361	905 aa	Predicted RBP	4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	SMN1	Q16637	294 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	DDR2	Q16832	855 aa		4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	FAM110C	Q1W6H9	321 aa		4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	CERKL	Q49MI3	558 aa	Predicted RBP	4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	ANKS3	Q6ZW76	656 aa		4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	CERS3	Q8IU89	383 aa		4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	AMOTL1	Q8IY63	956 aa		4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	CLASRP	Q8N2M8	674 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	SSH3	Q8TE77	659 aa		4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	PAWR	Q96IZ0	340 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	PIH1D3	Q9NQM4	214 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	FBXO10	Q9UK96	956 aa		4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	EXOC6B	Q9Y2D4	811 aa		4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	SLC30A1	Q9Y6M5	507 aa		4.65	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	CDK5RAP2	Q96SN8	1893 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	MYH1	P12882	1939 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	PRAMEF25	A6NGN4	478 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	ARHGAP6	O43182	974 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	GH2	P01242	217 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	CAPNS1	P04632	268 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	ADH4	P08319	380 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	ZKSCAN1	P17029	563 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	PTPN1	P18031	435 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	CNGA1	P29973	690 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	MAPK4	P31152	587 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	RGS2	P41220	211 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	MEOX1	P50221	254 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	USP14	P54578	494 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	HERVK_113	P62684	666 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	PAK1	Q13153	545 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	RRP1B	Q14684	758 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	ABCB5	Q2M3G0	1257 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	SLC9C2	Q5TAH2	1124 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	MFSD14C	Q5VZR4	134 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	IGFL4	Q6B9Z1	124 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	ARHGAP36	Q6ZRI8	547 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	SMC5	Q8IY18	1101 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	LRRC47	Q8N1G4	583 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	CELF2-AS1	Q8N7Q2	184 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	ZNF384	Q8TF68	577 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	SNX21	Q969T3	373 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	EAF2	Q96CJ1	260 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	EDC3	Q96F86	508 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	CEP89	Q96ST8	783 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	DNAJC2	Q99543	621 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	CRNKL1	Q9BZJ0	848 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	KIAA1683	Q9H0B3	1180 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	XRN2	Q9H0D6	950 aa	Known RBP eCLIP	4.64	□□□□□ -1.67	1e-11	■■■■□ 25.2
ATXN3-240	ENST00000556339	IL1RAPL2	Q9NP60	686 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	ARHGEF4	Q9NR80	690 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	MCM9	Q9NXL9	1143 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	STAP2	Q9UGK3	403 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	SERPINB13	Q9UIV8	391 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	FAM184B	Q9ULE4	1060 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	ZMYND8	Q9ULU4	1186 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	REXO2	Q9Y3B8	237 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	ATP23	Q9Y6H3	246 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	ZSWIM8	A7E2V4	1837 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	DOCK2	Q92608	1830 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	RPTOR	Q8N122	1335 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	ADGRA2	Q96PE1	1338 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	MYO5A	Q9Y4I1	1855 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	SMCHD1	A6NHR9	2005 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	HTT	P42858	3142 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	LOC107983988	A0A1B0GUW6	1196 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	GOLIM4	O00461	696 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	NARS	O43776	548 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-240	ENST00000556339	IGSF3	O75054	1194 aa		4.63	□□□□□ -1.67

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