RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000552440.5

USP44-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 44, human

TSL 5 BASIC

Gene USP44, Length 1,818 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP44-208	ENST00000552440	PI4KAP2	A4QPH2	592 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	GOLGA6L3	A6NEY3	463 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	DAPK3	O43293	454 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	MYO1B	O43795	1136 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	NDUFS2	O75306	463 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	TGDS	O95455	350 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	SGPL1	O95470	568 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	MT-ND3	P03897	115 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	LSP1	P33241	339 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	HOXD13	P35453	343 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	CD86	P42081	329 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	JAM2	P57087	298 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	IRF9	Q00978	393 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	TRPC3	Q13507	836 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	MOGS	Q13724	837 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	ERV3-1	Q14264	604 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	PDCD1	Q15116	288 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	METTL24	Q5JXM2	366 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	FSTL4	Q6MZW2	842 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	RPUSD3	Q6P087	351 aa	Known RBP	4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	HHIPL2	Q6UWX4	724 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	B3GNT8	Q7Z7M8	397 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	CCDC33	Q8N5R6	958 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	NETO2	Q8NC67	525 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	CPA5	Q8WXQ8	436 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	HERVK_113	Q902F9	699 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	TSPAN17	Q96FV3	270 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	CGRRF1	Q99675	332 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	C22orf23	Q9BZE7	217 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	ZDHHC5	Q9C0B5	715 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	PIH1D1	Q9NWS0	290 aa	Known RBP	4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	SRPK3	Q9UPE1	567 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	ATP6V0A2	Q9Y487	856 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	TIMM13	Q9Y5L4	95 aa	Predicted RBP	4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	4.68	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	C7orf72	A4D263	438 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	LGALS16	A8MUM7	142 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	IPO5	O00410	1097 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	SYT5	O00445	386 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	PLA2G6	O60733	806 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	ADRB2	P07550	413 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	KRT10	P13645	584 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	P4HA1	P13674	534 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	ALOX15	P16050	662 aa	Predicted RBP	4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	ABCD1	P33897	745 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	BCL6	P41182	706 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	PHKA1	P46020	1223 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	LIMS1	P48059	325 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	POLD2	P49005	469 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	MTNR1B	P49286	362 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	MAPK7	Q13164	816 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	RASA2	Q15283	850 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	SURF1	Q15526	300 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	ZNF174	Q15697	407 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	SMAD1	Q15797	465 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	CNST	Q6PJW8	725 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	DNAJB7	Q7Z6W7	309 aa	Predicted RBP	4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	NLRP14	Q86W24	1093 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	TCP11L2	Q8N4U5	519 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	RNF152	Q8N8N0	203 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	OR10H5	Q8NGA6	315 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	STON2	Q8WXE9	905 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	ALG3	Q92685	438 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	CHAMP1	Q96JM3	812 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	TSGA13	Q96PP4	275 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	COLEC11	Q9BWP8	271 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	JAM3	Q9BX67	310 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	AGXT2	Q9BYV1	514 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	XAB2	Q9HCS7	855 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	TOMM22	Q9NS69	142 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	KRT84	Q9NSB2	600 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	KIF17	Q9P2E2	1029 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	AGTPBP1	Q9UPW5	1226 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	SMC3	Q9UQE7	1217 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	CEP83	Q9Y592	693 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	TCRBV5S4A2T	A0A5A2	114 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	LCHN	A4D1U4	455 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	PI4K2B	G5E9Z4	385 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	APOL1	O14791	398 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	NPC1	O15118	1278 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	FSBP	O95073	299 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	RTN3	O95197	1032 aa	Predicted RBP	4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	CLTB	P09497	229 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	THEGL	P0DJG4	465 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	HARS	P12081	509 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	OSM	P13725	252 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	KRT15	P19012	456 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	FBLN1	P23142	703 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	SERPINF1	P36955	418 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	RNASE9	P60153	205 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	RPL11	P62913	178 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	SRSF2	Q01130	221 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	UBXN1	Q04323	297 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	CALD1	Q05682	793 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	IFT88	Q13099	833 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	RTP5	Q14D33	572 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	GPR19	Q15760	415 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP44-208	ENST00000552440	SLC35G1	Q2M3R5	365 aa		4.67	□□□□□ -1.66

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