RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	GLB1L	Q6UWU2	654 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	OTOP3	Q7RTS5	596 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	PPFIBP1	Q86W92	1011 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	ZNF280B	Q86YH2	543 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	KSR1	Q8IVT5	923 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	EXOC8	Q8IYI6	725 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CCDC105	Q8IYK2	499 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	KIAA2013	Q8IYS2	634 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	RNF217	Q8TC41	542 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	SNX29	Q8TEQ0	813 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	RSAD2	Q8WXG1	361 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	RIN2	Q8WYP3	895 aa	Predicted RBP	9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	DYDC2	Q96IM9	177 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	GBP4	Q96PP9	640 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	KLHL5	Q96PQ7	755 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	NACC1	Q96RE7	527 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	EIF2AK1	Q9BQI3	630 aa	Known RBP	9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	NT5C3A	Q9H0P0	336 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	SFXN1	Q9H9B4	322 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	FAM105A	Q9NUU6	356 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CA14	Q9ULX7	337 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	DNM3	Q9UQ16	869 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	PIN4	Q9Y237	131 aa	Known RBP	9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	IRAK3	Q9Y616	596 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520		R4GN57	208 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CACNA1B	Q00975	2339 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	SLC26A4	O43511	780 aa		9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	N4BP1	O75113	896 aa	Known RBP	9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	DDHD2	O94830	711 aa		9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CNP	P09543	421 aa	Known RBP	9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	XRCC6	P12956	609 aa	Known RBP eCLIP	9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	MUT	P22033	750 aa		9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	GBP2	P32456	591 aa	Predicted RBP	9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CLCN4	P51793	760 aa		9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CYP4A11	Q02928	519 aa		9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	PTS	Q03393	145 aa		9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CTTN	Q14247	550 aa	Known RBP	9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	XKR3	Q5GH77	459 aa		9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	SPECC1	Q5M775	1068 aa		9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CATSPER4	Q7RTX7	472 aa		9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	RHPN2	Q8IUC4	686 aa		9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	KCTD17	Q8N5Z5	321 aa		9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	IGSF22	Q8N9C0	903 aa		9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	ST13P5	Q8NFI4	369 aa	Predicted RBP	9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CCDC34	Q96HJ3	373 aa		9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	FAM193B	Q96PV7	902 aa	Predicted RBP	9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	HINFP	Q9BQA5	517 aa		9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	RTP3	Q9BQQ7	232 aa		9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	PYM1	Q9BRP8	204 aa	Known RBP	9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	POLR3C	Q9BUI4	534 aa	Predicted RBP	9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	EMILIN2	Q9BXX0	1053 aa		9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CSRNP2	Q9H175	543 aa		9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	TUFT1	Q9NNX1	390 aa		9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CHST12	Q9NRB3	414 aa		9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	VAV3	Q9UKW4	847 aa		9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	SPTBN2	O15020	2390 aa		9.63	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	KIF26A	Q9ULI4	1882 aa	Predicted RBP	9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CCDC195	A0A1B0GUA6	201 aa		9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	KRBA1	A5PL33	1030 aa		9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	EML1	O00423	815 aa		9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	TRAK2	O60296	914 aa		9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	SLITRK3	O94933	977 aa		9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	POMC	P01189	267 aa		9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	SPATA31D3	P0C874	917 aa		9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	SFPQ	P23246	707 aa	Known RBP eCLIP	9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	RPA1	P27694	616 aa		9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	DNM2	P50570	870 aa		9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	AFF1	P51825	1210 aa	Known RBP	9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	PTPA	Q15257	358 aa		9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	TARBP2	Q15633	366 aa	Known RBP	9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	RRAGB	Q5VZM2	374 aa		9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	ADAL	Q6DHV7	355 aa		9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	SPATA31D4	Q6ZUB0	917 aa		9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	PHTF2	Q8N3S3	785 aa		9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	LEO1	Q8WVC0	666 aa	Predicted RBP	9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	RMDN1	Q96DB5	314 aa		9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	POM121	Q96HA1	1249 aa		9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	NLRP4	Q96MN2	994 aa		9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CLIC6	Q96NY7	704 aa		9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	JPH2	Q9BR39	696 aa	Predicted RBP	9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	PANK2	Q9BZ23	570 aa		9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	MAN1C1	Q9NR34	630 aa		9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	MRPL17	Q9NRX2	175 aa	Known RBP	9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	RGL1	Q9NZL6	768 aa		9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	SUCLA2	Q9P2R7	463 aa	Predicted RBP	9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	PCDHA7	Q9UN72	937 aa		9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	KIAA1024	Q9UPX6	916 aa		9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	FAN1	Q9Y2M0	1017 aa		9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	MORC2	Q9Y6X9	1032 aa	Predicted RBP	9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	TICRR	Q7Z2Z1	1910 aa		9.62	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CIT	O14578	2027 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	ATG2B	Q96BY7	2078 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	MED19	A0JLT2	244 aa	Predicted RBP	9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	NRP1	O14786	923 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	INPPL1	O15357	1258 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	RFPL2	O75678	378 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	LMNA	P02545	664 aa	Known RBP	9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	ALDH2	P05091	517 aa		9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	DCN	P07585	359 aa	Known RBP	9.61	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	SKI	P12755	728 aa		9.61	□□□□□ -0.87

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