RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000617451.4

PTPRF-216, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene PTPRF, Length 1,129 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-216ENST00000617451 SEMA4AQ9H3S1 761 aa27.39■■□□□ 1.98
PTPRF-216ENST00000617451 DDX19AQ9NUU7 478 aaKnown RBP27.39■■□□□ 1.98
PTPRF-216ENST00000617451 NOL7Q9UMY1 257 aaKnown RBP27.39■■□□□ 1.98
PTPRF-216ENST00000617451 CDY1Q9Y6F8 540 aa27.39■■□□□ 1.98
PTPRF-216ENST00000617451 SMIM28A0A1B0GU29 152 aa27.38■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 TRAPPC3O43617 180 aa27.38■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 TKTP29401 623 aaKnown RBP27.38■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 XKR4Q5GH76 650 aa27.38■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 ALKAL1Q6UXT8 129 aa27.38■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 ANKS3Q6ZW76 656 aa27.38■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 IGSF22Q8N9C0 903 aa27.38■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 C3orf58Q8NDZ4 430 aa27.38■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 PJA1Q8NG27 643 aa27.38■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 SHDQ96IW2 340 aa27.38■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 ACO2Q99798 780 aaKnown RBP27.38■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 GOLGA2P5Q9HBQ8 144 aa27.38■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 PTPRHQ9HD43 1115 aa27.38■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 HCFC1R1Q9NWW0 138 aa27.38■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 DNMT3BQ9UBC3 853 aaKnown RBP27.38■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 KCNH3Q9ULD8 1083 aa27.38■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 STK24Q9Y6E0 443 aa27.38■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 TRIP11Q15643 1979 aa27.38■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 GRM5P41594 1212 aa27.37■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 NPTX2P47972 431 aa27.37■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 PEX3P56589 373 aa27.37■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 CEP120Q8N960 986 aa27.37■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 DDX27Q96GQ7 796 aaKnown RBP27.37■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 FOXQ1Q9C009 403 aa27.37■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 CDT1Q9H211 546 aa27.37■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 NOTCH4Q99466 2003 aa27.36■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 MYH15Q9Y2K3 1946 aa27.36■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 CCDC169A6NNP5 214 aa27.36■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 I3L4J1 428 aa27.36■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 GLULP15104 373 aa27.36■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 U2AF2P26368 475 aaKnown RBP eCLIP27.36■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 TOB1P50616 345 aaPredicted RBP27.36■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 YARSP54577 528 aaKnown RBP27.36■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 FOXK2Q01167 660 aa27.36■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 SOX4Q06945 474 aaPredicted RBP27.36■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 PTGDRQ13258 359 aa27.36■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 PABPC1LQ4VXU2 614 aaKnown RBP27.36■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 C1orf210Q8IVY1 113 aa27.36■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 NPAS3Q8IXF0 933 aa27.36■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 DAW1Q8N136 415 aa27.36■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 FAM184AQ8NB25 1140 aa27.36■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 SNX29Q8TEQ0 813 aa27.36■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 ZSCAN31Q96LW9 406 aaPredicted RBP27.36■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 CCDC94Q9BW85 323 aaPredicted RBP27.36■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 TMEM134Q9H6X4 195 aa27.36■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 TOPORSQ9NS56 1045 aaPredicted RBP27.36■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 DNM3Q9UQ16 869 aa27.36■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 PHLPP2Q6ZVD8 1323 aa27.36■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 BRCC3P46736 316 aa27.35■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 SNW1Q13573 536 aaKnown RBP27.35■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 RAB34Q9BZG1 259 aa27.35■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 ARHGAP28Q9P2N2 729 aa27.35■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 R4GN57 208 aa27.35■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 CACNA1IQ9P0X4 2223 aa27.35■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 DMXL1Q9Y485 3027 aa27.34■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 E9PMD0 336 aa27.34■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 LMNAP02545 664 aaKnown RBP27.34■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 ZNF568Q3ZCX4 644 aa27.34■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 TAS1R3Q7RTX0 852 aa27.34■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 KCNG4Q8TDN1 519 aa27.34■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 DDX23Q9BUQ8 820 aaKnown RBP27.34■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 MRPL4Q9BYD3 311 aaKnown RBP27.34■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 SLC38A7Q9NVC3 462 aa27.34■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 PCDHB6Q9Y5E3 794 aa27.34■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 KANSL1LA0AUZ9 987 aa27.33■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 HIP1RO75146 1068 aa27.33■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 LRRN2O75325 713 aa27.33■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 SP9P0CG40 484 aa27.33■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 OSTNP61366 133 aa27.33■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 DMP1Q13316 513 aaPredicted RBP27.33■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 SLC44A4Q53GD3 710 aa27.33■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 SLC8B1Q6J4K2 584 aa27.33■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 ZNF461Q8TAF7 563 aa27.33■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 ZMAT2Q96NC0 199 aaKnown RBP27.33■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 KXD1Q9BQD3 176 aa27.33■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 TARS2Q9BW92 718 aaKnown RBP27.33■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 KMT5AQ9NQR1 393 aa27.33■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 SH2B1Q9NRF2 756 aaPredicted RBP27.33■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 MRPS23Q9Y3D9 190 aaKnown RBP27.33■■□□□ 1.97
PTPRF-216ENST00000617451 RBM19Q9Y4C8 960 aaKnown RBP27.33■■□□□ 1.97
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PTPRF-216ENST00000617451 PROZP22891 400 aa27.32■■□□□ 1.96
PTPRF-216ENST00000617451 PFKPQ01813 784 aa27.32■■□□□ 1.96
PTPRF-216ENST00000617451 ROR1Q01973 937 aa27.32■■□□□ 1.96
PTPRF-216ENST00000617451 PRKCQQ04759 706 aa27.32■■□□□ 1.96
PTPRF-216ENST00000617451 MLF2Q15773 248 aaPredicted RBP27.32■■□□□ 1.96
PTPRF-216ENST00000617451 ERICH6BQ5W0A0 696 aa27.32■■□□□ 1.96
PTPRF-216ENST00000617451 KRT79Q5XKE5 535 aa27.32■■□□□ 1.96
PTPRF-216ENST00000617451 ING5Q8WYH8 240 aa27.32■■□□□ 1.96
PTPRF-216ENST00000617451 DRC1Q96MC2 740 aa27.32■■□□□ 1.96
PTPRF-216ENST00000617451 RUSC1Q9BVN2 902 aa27.32■■□□□ 1.96
PTPRF-216ENST00000617451 AVENQ9NQS1 362 aaPredicted RBP27.32■■□□□ 1.96
PTPRF-216ENST00000617451 ARHGEF37A1IGU5 675 aa27.31■■□□□ 1.96
PTPRF-216ENST00000617451 PP2D1A8MPX8 630 aa27.31■■□□□ 1.96
PTPRF-216ENST00000617451 PODXLO00592 558 aa27.31■■□□□ 1.96
PTPRF-216ENST00000617451 ABLIM1O14639 778 aa27.31■■□□□ 1.96
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