RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000617451.4

PTPRF-216, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 5 BASIC

Gene PTPRF, Length 1,129 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-216	ENST00000617451	FAM187B	Q17R55	369 aa		27.59	■■■□□ 2.01
PTPRF-216	ENST00000617451	FAM186A	A6NE01	2351 aa		27.58	■■■□□ 2.01
PTPRF-216	ENST00000617451	MED24	O75448	989 aa		27.58	■■■□□ 2.01
PTPRF-216	ENST00000617451	ATP2B1	P20020	1258 aa		27.58	■■■□□ 2.01
PTPRF-216	ENST00000617451	HSP90AA2P	Q14568	343 aa	Predicted RBP	27.58	■■■□□ 2.01
PTPRF-216	ENST00000617451	GLYCTK	Q8IVS8	523 aa		27.58	■■■□□ 2.01
PTPRF-216	ENST00000617451	NXPE3	Q969Y0	559 aa		27.58	■■■□□ 2.01
PTPRF-216	ENST00000617451	NACC1	Q96RE7	527 aa		27.58	■■■□□ 2.01
PTPRF-216	ENST00000617451	RTP3	Q9BQQ7	232 aa		27.58	■■■□□ 2.01
PTPRF-216	ENST00000617451	PAAF1	Q9BRP4	392 aa		27.58	■■■□□ 2.01
PTPRF-216	ENST00000617451	POLR3C	Q9BUI4	534 aa	Predicted RBP	27.58	■■■□□ 2.01
PTPRF-216	ENST00000617451	PRKD2	Q9BZL6	878 aa		27.58	■■■□□ 2.01
PTPRF-216	ENST00000617451	PIDD1	Q9HB75	910 aa		27.58	■■■□□ 2.01
PTPRF-216	ENST00000617451	CACNG4	Q9UBN1	327 aa		27.58	■■■□□ 2.01
PTPRF-216	ENST00000617451	WNT16	Q9UBV4	365 aa		27.58	■■■□□ 2.01
PTPRF-216	ENST00000617451	MTCL1	Q9Y4B5	1905 aa	Known RBP	27.58	■■■□□ 2.01
PTPRF-216	ENST00000617451	WDR87	Q6ZQQ6	2873 aa		27.57	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	DOCK8	Q8NF50	2099 aa		27.57	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	PRR23A	A6NEV1	266 aa		27.57	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	TTLL13P	A6NNM8	815 aa		27.57	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	RPL17	P18621	184 aa	Known RBP	27.57	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	MCM7	P33993	719 aa		27.57	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	NEK4	P51957	841 aa		27.57	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	TUSC3	Q13454	348 aa		27.57	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	RTP2	Q5QGT7	225 aa		27.57	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	ZBTB8OS	Q8IWT0	167 aa		27.57	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	CCDC105	Q8IYK2	499 aa		27.57	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	SLC44A3	Q8N4M1	653 aa		27.57	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	FAM120A	Q9NZB2	1118 aa	Known RBP eCLIP	27.57	■■■□□ 2	1e-6	■■■□□ 16.4
PTPRF-216	ENST00000617451	SF3B1	O75533	1304 aa	Known RBP eCLIP	27.57	■■■□□ 2	8e-8	■■■■■ 126.3
PTPRF-216	ENST00000617451	SPTBN4	Q9H254	2564 aa		27.56	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	C2orf40	Q9H1Z8	148 aa		27.56	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	PDZD7	Q9H5P4	517 aa		27.56	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	PTGES	O14684	152 aa		27.55	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	CFH	P08603	1231 aa		27.55	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	ST3GAL1	Q11201	340 aa		27.55	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	POTEG	Q6S5H5	508 aa		27.55	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	PRSS55	Q6UWB4	352 aa	Predicted RBP	27.55	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	FRMD5	Q7Z6J6	570 aa		27.55	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	BSND	Q8WZ55	320 aa		27.55	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	KRBA1	A5PL33	1030 aa		27.54	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	CASTOR2	A6NHX0	329 aa		27.54	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	N4BP3	O15049	544 aa		27.54	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	ZMYND10	O75800	440 aa		27.54	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	LAMP2	P13473	410 aa		27.54	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	RPA1	P27694	616 aa		27.54	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	PRPF4B	Q13523	1007 aa	Known RBP	27.54	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	SAFB	Q15424	915 aa	Known RBP eCLIP	27.54	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	PADI6	Q6TGC4	694 aa		27.54	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	DTWD2	Q8NBA8	298 aa		27.54	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	SNTG2	Q9NY99	539 aa		27.54	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	KIF4A	O95239	1232 aa		27.53	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	TH	P07101	528 aa		27.53	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	SRF	P11831	508 aa		27.53	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	CYP11B2	P19099	503 aa		27.53	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	GUCY1B3	Q02153	619 aa		27.53	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	NAB2	Q15742	525 aa		27.53	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	MAPK6	Q16659	721 aa		27.53	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	HASPIN	Q8TF76	798 aa		27.53	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	PIK3R5	Q8WYR1	880 aa		27.53	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	CLSTN3	Q9BQT9	956 aa		27.53	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	TTPAL	Q9BTX7	342 aa		27.53	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	CCDC113	Q9H0I3	377 aa		27.53	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	ANHX	E9PGG2	379 aa		27.52	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	ACKR2	O00590	384 aa		27.52	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	RECQL4	O94761	1208 aa		27.52	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	NAMPT	P43490	491 aa		27.52	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	ANGPT1	Q15389	498 aa		27.52	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	FAM171A1	Q5VUB5	890 aa		27.52	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	GET4	Q7L5D6	327 aa	Predicted RBP	27.52	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	NOSTRIN	Q8IVI9	506 aa		27.52	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	ERMN	Q8TAM6	284 aa		27.52	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	LNX1	Q8TBB1	728 aa	Predicted RBP	27.52	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	NKD2	Q969F2	451 aa	Predicted RBP	27.52	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	CXCL16	Q9H2A7	254 aa		27.52	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	FBXW11	Q9UKB1	542 aa		27.52	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	USP20	Q9Y2K6	914 aa		27.52	■■■□□ 2
PTPRF-216	ENST00000617451	ARHGEF35	A5YM69	484 aa		27.51	■■□□□ 1.99
PTPRF-216	ENST00000617451	PRKCB	P05771	671 aa		27.51	■■□□□ 1.99
PTPRF-216	ENST00000617451	ORC2	Q13416	577 aa	Predicted RBP	27.51	■■□□□ 1.99
PTPRF-216	ENST00000617451	TMEM132A	Q24JP5	1023 aa		27.51	■■□□□ 1.99
PTPRF-216	ENST00000617451	ADPGK	Q9BRR6	497 aa		27.51	■■□□□ 1.99
PTPRF-216	ENST00000617451	GVINP1	Q7Z2Y8	2422 aa		27.5	■■□□□ 1.99
PTPRF-216	ENST00000617451	STK25	O00506	426 aa		27.5	■■□□□ 1.99
PTPRF-216	ENST00000617451	EDN1	P05305	212 aa		27.5	■■□□□ 1.99
PTPRF-216	ENST00000617451	OR52Z1	P0C646	297 aa		27.5	■■□□□ 1.99
PTPRF-216	ENST00000617451	HTR4	Q13639	388 aa		27.5	■■□□□ 1.99
PTPRF-216	ENST00000617451	ZNF174	Q15697	407 aa		27.5	■■□□□ 1.99
PTPRF-216	ENST00000617451	PSMD5	Q16401	504 aa		27.5	■■□□□ 1.99
PTPRF-216	ENST00000617451	CEP57	Q86XR8	500 aa		27.5	■■□□□ 1.99
PTPRF-216	ENST00000617451	DEPTOR	Q8TB45	409 aa		27.5	■■□□□ 1.99
PTPRF-216	ENST00000617451	CA14	Q9ULX7	337 aa		27.5	■■□□□ 1.99
PTPRF-216	ENST00000617451	ZFP37	Q9Y6Q3	630 aa	Predicted RBP	27.5	■■□□□ 1.99
PTPRF-216	ENST00000617451	NEFL	P07196	543 aa		27.49	■■□□□ 1.99
PTPRF-216	ENST00000617451	ELAVL2	Q12926	359 aa	Known RBP	27.49	■■□□□ 1.99
PTPRF-216	ENST00000617451	EEF1DP3	Q658K8	133 aa		27.49	■■□□□ 1.99
PTPRF-216	ENST00000617451	GPR152	Q8TDT2	470 aa		27.49	■■□□□ 1.99
PTPRF-216	ENST00000617451	DOCK6	Q96HP0	2047 aa		27.48	■■□□□ 1.99
PTPRF-216	ENST00000617451	HNRNPA1	P09651	372 aa	Known RBP eCLIP	27.48	■■□□□ 1.99
PTPRF-216	ENST00000617451	LIG1	P18858	919 aa		27.48	■■□□□ 1.99

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