RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000471880.5

SSR4-208, Transcript of signal sequence receptor subunit 4, human

TSL 5

Gene SSR4, Length 785 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SSR4-208	ENST00000471880	SPPL3	Q8TCT6	385 aa		16.38	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	SYMPK	Q92797	1274 aa	Known RBP	16.38	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	PPP2R3C	Q969Q6	453 aa		16.38	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	FAM193B	Q96PV7	902 aa	Predicted RBP	16.38	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	CWH43	Q9H720	699 aa		16.38	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	CLDND1	Q9NY35	253 aa		16.38	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	BDP1	A6H8Y1	2624 aa		16.38	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	CCDC169	A6NNP5	214 aa		16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	NT5C1B-RDH14	C9J2C7	533 aa		16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	NPTXR	O95502	500 aa		16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	EYA4	O95677	639 aa		16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	BMP15	O95972	392 aa		16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	DNAJB1	P25685	340 aa		16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	AXL	P30530	894 aa		16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	ALDH7A1	P49419	539 aa	Known RBP	16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	KRT17	Q04695	432 aa		16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	CAMK1	Q14012	370 aa		16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	DHX8	Q14562	1220 aa	Known RBP	16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	CSPP1	Q1MSJ5	1256 aa		16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	NOMO2	Q5JPE7	1267 aa		16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	ARL6IP4	Q66PJ3	421 aa	Known RBP	16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	RBM23	Q86U06	439 aa	Known RBP	16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	HACE1	Q8IYU2	909 aa		16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	BSND	Q8WZ55	320 aa		16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	KIFAP3	Q92845	792 aa		16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	CALML4	Q96GE6	196 aa		16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	KIFC3	Q9BVG8	833 aa		16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	EIF2A	Q9BY44	585 aa	Known RBP	16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	NT5C3A	Q9H0P0	336 aa		16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	C2orf40	Q9H1Z8	148 aa		16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	UBE2Z	Q9H832	354 aa	Predicted RBP	16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	RSAD1	Q9HA92	442 aa		16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	ENTPD7	Q9NQZ7	604 aa		16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	PRMT7	Q9NVM4	692 aa	Predicted RBP	16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	PUF60	Q9UHX1	559 aa	Known RBP	16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	HES2	Q9Y543	173 aa		16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	MUC3A	Q02505	3323 aa		16.37	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	STX6	O43752	255 aa		16.36	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	POMC	P01189	267 aa		16.36	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	PRKCB	P05771	671 aa		16.36	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	ARF4	P18085	180 aa	Predicted RBP	16.36	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	HOXA11	P31270	313 aa	Predicted RBP	16.36	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	IRS1	P35568	1242 aa		16.36	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	NAMPT	P43490	491 aa		16.36	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	POU5F1B	Q06416	359 aa		16.36	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	PRPF4B	Q13523	1007 aa	Known RBP	16.36	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	PCBP1	Q15365	356 aa	Known RBP eCLIP	16.36	■□□□□ 0.21	2e-6	■■■□□ 17.3
SSR4-208	ENST00000471880	MAPK6	Q16659	721 aa		16.36	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	UBXN11	Q5T124	520 aa		16.36	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	PLPP4	Q5VZY2	271 aa		16.36	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	KCNK18	Q7Z418	384 aa		16.36	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	NECAB3	Q96P71	396 aa	Predicted RBP	16.36	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	MMTAG2	Q9BU76	263 aa	Known RBP	16.36	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	TRAIP	Q9BWF2	469 aa		16.36	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	CSRNP2	Q9H175	543 aa		16.36	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	TLR9	Q9NR96	1032 aa		16.36	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	SPG21	Q9NZD8	308 aa		16.36	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	IPP	Q9Y573	584 aa		16.36	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	PCDHGC5	Q9Y5F6	944 aa		16.36	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	CLIC4	Q9Y696	253 aa		16.36	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880		H3BQ06	376 aa	Predicted RBP	16.35	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	HIP1R	O75146	1068 aa		16.35	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	MARCKS	P29966	332 aa	Predicted RBP	16.35	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	PPM1A	P35813	382 aa		16.35	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	PEX3	P56589	373 aa		16.35	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	BCAR1	P56945	870 aa		16.35	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	REST	Q13127	1097 aa		16.35	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	CLUL1	Q15846	466 aa		16.35	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	IFNLR1	Q8IU57	520 aa	Predicted RBP	16.35	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	CNNM3	Q8NE01	707 aa		16.35	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	ADAMTS19	Q8TE59	1207 aa		16.35	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	SNX21	Q969T3	373 aa		16.35	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	CCDC51	Q96ER9	411 aa		16.35	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	TMEM169	Q96HH4	297 aa		16.35	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	AK8	Q96MA6	479 aa		16.35	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	RUSC1	Q9BVN2	902 aa		16.35	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	NFKBIZ	Q9BYH8	718 aa		16.35	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	TBC1D13	Q9NVG8	400 aa		16.35	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	PARP2	Q9UGN5	583 aa		16.35	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	USP20	Q9Y2K6	914 aa		16.35	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	SFI1	A8K8P3	1242 aa		16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	ZNF623	O75123	536 aa		16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	OFD1	O75665	1012 aa		16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	KRT18	P05783	430 aa	Known RBP	16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	PLA2G4B	P0C869	781 aa		16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	BMP1	P13497	986 aa		16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	NCL	P19338	710 aa	Known RBP	16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	GTF2F1	P35269	517 aa	Known RBP eCLIP	16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	MLH1	P40692	756 aa		16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	NRIP1	P48552	1158 aa		16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	UBE3A	Q05086	875 aa		16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	HYAL1	Q12794	435 aa		16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	DMP1	Q13316	513 aa	Predicted RBP	16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	FOXD4L6	Q3SYB3	417 aa	Predicted RBP	16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	SPECC1	Q5M775	1068 aa		16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	SLC27A1	Q6PCB7	646 aa		16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	FOXD4L3	Q6VB84	417 aa	Predicted RBP	16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	AGMO	Q6ZNB7	445 aa		16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	TMC7	Q7Z402	723 aa		16.34	■□□□□ 0.21
SSR4-208	ENST00000471880	ADGRD2	Q7Z7M1	963 aa		16.34	■□□□□ 0.21

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