RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	ENTPD7	Q9NQZ7	604 aa		13.33	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	PUF60	Q9UHX1	559 aa	Known RBP	13.33	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	NCOR1	O75376	2440 aa		13.33	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	FSD2	A1L4K1	749 aa		13.32	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	INPPL1	O15357	1258 aa		13.32	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	DCX	O43602	365 aa		13.32	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	DGAT1	O75907	488 aa		13.32	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	DDHD2	O94830	711 aa		13.32	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	NCL	P19338	710 aa	Known RBP	13.32	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	ATP2B1	P20020	1258 aa		13.32	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC11A1	P49279	550 aa		13.32	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	KRT17	Q04695	432 aa		13.32	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	ORC2	Q13416	577 aa	Predicted RBP	13.32	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	MXD4	Q14582	209 aa	Predicted RBP	13.32	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	HERC4	Q5GLZ8	1057 aa	Predicted RBP	13.32	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	ANKRD54	Q6NXT1	300 aa		13.32	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	CATSPER3	Q86XQ3	398 aa		13.32	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	IGSF21	Q96ID5	467 aa		13.32	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	ZSCAN31	Q96LW9	406 aa	Predicted RBP	13.32	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	POP1	Q99575	1024 aa	Known RBP	13.32	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	RNF39	Q9H2S5	420 aa		13.32	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	RSAD1	Q9HA92	442 aa		13.32	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	GPRC5C	Q9NQ84	441 aa		13.32	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	SH2B1	Q9NRF2	756 aa	Predicted RBP	13.32	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	INPP5F	Q9Y2H2	1132 aa		13.32	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	CNTNAP2	Q9UHC6	1331 aa		13.32	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	ARID2	Q68CP9	1835 aa		13.32	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	PRR33	A8MZF0	331 aa		13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	B4GALT5	O43286	388 aa		13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	USO1	O60763	962 aa	Known RBP	13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	CLASP2	O75122	1294 aa	Known RBP	13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	EFEMP2	O95967	443 aa		13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	OR52Z1	P0C646	297 aa		13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	XRCC6	P12956	609 aa	Known RBP eCLIP	13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	ALAD	P13716	330 aa		13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	ALDH7A1	P49419	539 aa	Known RBP	13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	HMGN5	P82970	282 aa	Known RBP	13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	NBR1	Q14596	966 aa		13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	SMC1A	Q14683	1233 aa	Known RBP	13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	PCBP1	Q15365	356 aa	Known RBP eCLIP	13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	SAFB	Q15424	915 aa	Known RBP eCLIP	13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF174	Q15697	407 aa		13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	TMC7	Q7Z402	723 aa		13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	DDX53	Q86TM3	631 aa	Known RBP	13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	RNF135	Q8IUD6	432 aa		13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	NOSTRIN	Q8IVI9	506 aa		13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	AUTS2	Q8WXX7	1259 aa		13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	PGBD4	Q96DM1	585 aa		13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	CPB2	Q96IY4	423 aa		13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	POLR3C	Q9BUI4	534 aa	Predicted RBP	13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	POLR3F	Q9H1D9	316 aa	Predicted RBP	13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	TUFT1	Q9NNX1	390 aa		13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	MUTYH	Q9UIF7	546 aa		13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	CDH22	Q9UJ99	828 aa		13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	DBR1	Q9UK59	544 aa	Known RBP	13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	IPP	Q9Y573	584 aa		13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	HCFC2	Q9Y5Z7	792 aa		13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	IRAK3	Q9Y616	596 aa		13.31	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	CTSA	P10619	480 aa		13.3	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	ARF4	P18085	180 aa	Predicted RBP	13.3	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	U2AF2	P26368	475 aa	Known RBP eCLIP	13.3	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	RPA1	P27694	616 aa		13.3	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	AXL	P30530	894 aa		13.3	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	TEC	P42680	631 aa		13.3	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	TOB1	P50616	345 aa	Predicted RBP	13.3	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	ECM1	Q16610	540 aa		13.3	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	TTC38	Q5R3I4	469 aa		13.3	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	CDCA2	Q69YH5	1023 aa	Predicted RBP	13.3	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	LLGL2	Q6P1M3	1020 aa		13.3	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	POTEG	Q6S5H5	508 aa		13.3	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	VPS52	Q8N1B4	723 aa		13.3	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	BSND	Q8WZ55	320 aa		13.3	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC51	Q96ER9	411 aa		13.3	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM169	Q96HH4	297 aa		13.3	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	PHF7	Q9BWX1	381 aa	Predicted RBP	13.3	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	GBP3	Q9H0R5	595 aa		13.3	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	CSRNP2	Q9H175	543 aa		13.3	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	HES2	Q9Y543	173 aa		13.3	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	TTLL13P	A6NNM8	815 aa		13.29	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	INO80B-WBP1	J3KQ70	363 aa		13.29	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	LILRB3	O75022	631 aa		13.29	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	ERLIN2	O94905	339 aa		13.29	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	CD2BP2	O95400	341 aa	Known RBP	13.29	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	TRAPPC10	P48553	1259 aa		13.29	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	DSC1	Q08554	894 aa		13.29	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	TFDP1	Q14186	410 aa		13.29	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	PTPN14	Q15678	1187 aa		13.29	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	NOTUM	Q6P988	496 aa		13.29	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP4R3CP	Q6ZMV5	832 aa		13.29	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	RNF168	Q8IYW5	571 aa	Predicted RBP	13.29	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	GSTCD	Q8NEC7	633 aa		13.29	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	FEZF2	Q8TBJ5	459 aa		13.29	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC22A17	Q8WUG5	538 aa		13.29	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM175	Q9BSA9	504 aa		13.29	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	NXF3	Q9H4D5	531 aa	Known RBP	13.29	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	MARCH5	Q9NX47	278 aa		13.29	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	MIOS	Q9NXC5	875 aa		13.29	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	ZC3H11B	A0A1B0GUI2	810 aa	Predicted RBP	13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	CARNS1	A5YM72	827 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	ARL5C	A6NH57	179 aa		13.28	□□□□□ -0.28

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