RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000292535.11

CUX1-201, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene CUX1, Length 13,747 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-201ENST00000292535 PPCSQ9HAB8 311 aa9.89□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 FCER1AP12319 257 aa9.89□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 RXRBP28702 533 aa9.89□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 EFNA5P52803 228 aa9.89□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 RMDN3Q96TC7 470 aa9.89□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 UBXN2AP68543 259 aa9.89□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 OTULINQ96BN8 352 aa9.89□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 POLE3Q9NRF9 147 aa9.89□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 APOA4P06727 396 aa9.89□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 IMPDH2P12268 514 aa9.89□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 AASDHQ4L235 1098 aaPredicted RBP9.89□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 BTBD8Q5XKL5 378 aa9.89□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 CCNYL1Q8N7R7 359 aa9.89□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 MMP19Q99542 508 aa9.89□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 SLC38A7Q9NVC3 462 aa9.89□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 CEP72Q9P209 647 aa9.89□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 LGALS16A8MUM7 142 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 AP3M2P53677 418 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 RCAN1P53805 252 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 POLE2P56282 527 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 ZNF235Q14590 738 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 XXYLT1Q8NBI6 393 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 AIPL1Q9NZN9 384 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 VAMP7P51809 220 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 VCPP55072 806 aaKnown RBP9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 CENPPQ6IPU0 288 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 PAGE5Q96GU1 130 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 ADA2Q9NZK5 511 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 STOML1Q9UBI4 398 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 BLVRAP53004 296 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 TRIP13Q15645 432 aaPredicted RBP9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 ZSCAN9O15535 394 aaPredicted RBP9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 SLC9A1P19634 815 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 STXBP2Q15833 593 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 AARS2Q5JTZ9 985 aaKnown RBP9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 NLRP10Q86W26 655 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 ESPL1Q14674 2120 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 WDR62O43379 1518 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 GPC5P78333 572 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 AP1B1Q10567 949 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 GFM2Q969S9 779 aaKnown RBP9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 CFAP99D6REC4 459 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 RAPGEF5Q92565 580 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 GOLPH3LQ9H4A5 285 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 SLC9A2Q9UBY0 812 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 CCDC195A0A1B0GUA6 201 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 KRT16P08779 473 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 SERPINB4P48594 390 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 ABCE1P61221 599 aaKnown RBP9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 SNRNP48Q6IEG0 339 aaKnown RBP9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 TTC17Q96AE7 1141 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 SNF8Q96H20 258 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 ORAI2Q96SN7 254 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 DOLKQ9UPQ8 538 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 KIAA0391O15091 583 aaKnown RBP9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 MIGA2Q7L4E1 593 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 ACRBPQ8NEB7 543 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 GGPS1O95749 300 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 CDH2P19022 906 aaPredicted RBP9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 CHRNA3P32297 505 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 EFHC2Q5JST6 749 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 LINC00301Q8NCQ3 95 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 AP1M1Q9BXS5 423 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 NDFIP2Q9NV92 336 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 LSM7Q9UK45 103 aaKnown RBP9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 PFASO15067 1338 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 UBN2Q6ZU65 1347 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 CACNA1GO43497 2377 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 LRRC41Q15345 812 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 DCAF4L1Q3SXM0 396 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 EAF2Q96CJ1 260 aaPredicted RBP9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 CARD14Q9BXL6 1004 aa9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 LSG1Q9H089 658 aaKnown RBP9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 NFKBIL1Q9UBC1 381 aaPredicted RBP9.88□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 NFX1Q12986 1120 aaKnown RBP9.87□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 EDC3Q96F86 508 aaKnown RBP9.87□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 BRIP1Q9BX63 1249 aa9.87□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 NDST4Q9H3R1 872 aa9.87□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 G3BP2Q9UN86 482 aaKnown RBP9.87□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 STXBP3O00186 592 aa9.87□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 MMP1P03956 469 aa9.87□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 ROR1Q01973 937 aa9.87□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 ADCY1Q08828 1119 aa9.87□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 MTHFD1LQ6UB35 978 aa9.87□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 ENAHQ8N8S7 591 aaPredicted RBP9.87□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 EHD2Q9NZN4 543 aa9.87□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 ADAMTS1Q9UHI8 967 aa9.87□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 NOVA2Q9UNW9 492 aaKnown RBP9.87□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 CFAP69A5D8W1 941 aa9.87□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 TOMM70O94826 608 aa9.87□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 ANXA11P50995 505 aaKnown RBP9.87□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 GRAPQ13588 217 aa9.87□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 GRAPLQ8TC17 118 aaPredicted RBP9.87□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 RMDN1Q96DB5 314 aa9.87□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 EEF2KMTQ96G04 330 aa9.87□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 ZNF302Q9NR11 478 aa9.87□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 TBC1D22BQ9NU19 505 aa9.87□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 CTIFO43310 598 aaKnown RBP9.87□□□□□ -0.83
CUX1-201ENST00000292535 MRPL4Q9BYD3 311 aaKnown RBP9.87□□□□□ -0.83
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 28.3 ms