RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000543658.5

DDB1-223, Transcript of damage specific DNA binding protein 1, human

TSL 4

Gene DDB1, Length 571 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
DDB1-223	ENST00000543658	HPS3	Q969F9	1004 aa		13.09	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	BICD1	Q96G01	975 aa		13.09	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF668	Q96K58	619 aa	Predicted RBP	13.09	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	TOX2	Q96NM4	488 aa		13.09	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	FDXACB1	Q9BRP7	624 aa	Predicted RBP	13.09	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	KIFC3	Q9BVG8	833 aa		13.09	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	NAT10	Q9H0A0	1025 aa	Known RBP	13.09	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	CDY2A	Q9Y6F7	541 aa		13.09	□□□□□ -0.31
DDB1-223	ENST00000543658	PRKCB	P05771	671 aa		13.08	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	MYB	P10242	640 aa		13.08	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	SFPQ	P23246	707 aa	Known RBP eCLIP	13.08	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	EHHADH	Q08426	723 aa		13.08	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	NCBP1	Q09161	790 aa	Known RBP	13.08	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	STK4	Q13043	487 aa		13.08	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	SNX17	Q15036	470 aa		13.08	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	MAPK6	Q16659	721 aa		13.08	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	CDCA2	Q69YH5	1023 aa	Predicted RBP	13.08	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	KLHL10	Q6JEL2	608 aa		13.08	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF720	Q7Z2F6	126 aa		13.08	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	ANKRD33	Q7Z3H0	272 aa		13.08	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	RPAIN	Q86UA6	219 aa		13.08	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	SMYD4	Q8IYR2	804 aa	Predicted RBP	13.08	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	KIAA0895	Q8NCT3	520 aa		13.08	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	ACCS	Q96QU6	501 aa		13.08	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	OSMR	Q99650	979 aa		13.08	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	TSG101	Q99816	390 aa		13.08	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	HTATIP2	Q9BUP3	242 aa		13.08	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	CELF4	Q9BZC1	486 aa	Known RBP	13.08	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	ST6GALNAC4	Q9H4F1	302 aa		13.08	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	TMEM206	Q9H813	350 aa		13.08	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	PRMT7	Q9NVM4	692 aa	Predicted RBP	13.08	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	ARHGAP28	Q9P2N2	729 aa		13.08	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	SCN5A	Q14524	2016 aa		13.07	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	PRPF6	O94906	941 aa	Known RBP	13.07	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	CD4	P01730	458 aa		13.07	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	CLTB	P09497	229 aa		13.07	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	MATR3	P43243	847 aa	Known RBP eCLIP	13.07	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	CRYBB1	P53674	252 aa	Predicted RBP	13.07	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	PTEN	P60484	403 aa		13.07	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	TLE2	Q04725	743 aa		13.07	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	LRSAM1	Q6UWE0	723 aa		13.07	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	NELFCD	Q8IXH7	590 aa		13.07	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	GUF1	Q8N442	669 aa	Known RBP	13.07	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	TMEM161B	Q8NDZ6	487 aa		13.07	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	NTPCR	Q9BSD7	190 aa	Known RBP	13.07	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	NFKBIZ	Q9BYH8	718 aa		13.07	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	TSPY26P	Q9H489	355 aa		13.07	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	TMEM134	Q9H6X4	195 aa		13.07	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	PRDM5	Q9NQX1	630 aa	Predicted RBP	13.07	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	PRKAG2	Q9UGJ0	569 aa		13.07	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	CTNND2	Q9UQB3	1225 aa		13.07	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	MAPK8IP1	Q9UQF2	711 aa		13.07	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	ADGRA3	Q8IWK6	1321 aa		13.07	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	BICDL2	A1A5D9	508 aa		13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	CALU	O43852	315 aa	Predicted RBP	13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	GPR32	O75388	356 aa		13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	CKB	P12277	381 aa		13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	PRCP	P42785	496 aa		13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	LIG4	P49917	911 aa		13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	CASP5	P51878	434 aa		13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	GTF2B	Q00403	316 aa		13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	PAK1	Q13153	545 aa		13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	PCBP1	Q15365	356 aa	Known RBP eCLIP	13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	TPD52L1	Q16890	204 aa	Predicted RBP	13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	LRRC26	Q2I0M4	334 aa		13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	DPCR1	Q3MIW9	517 aa		13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	ANO6	Q4KMQ2	910 aa		13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	ZC2HC1C	Q53FD0	456 aa	Predicted RBP	13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	COBLL1	Q53SF7	1204 aa		13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	LRRC8D	Q7L1W4	858 aa		13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	HS2ST1	Q7LGA3	356 aa		13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	CATSPER4	Q7RTX7	472 aa		13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	IFNLR1	Q8IU57	520 aa	Predicted RBP	13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	DHX38	Q92620	1227 aa	Known RBP	13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	WNT8B	Q93098	351 aa		13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	DHTKD1	Q96HY7	919 aa	Predicted RBP	13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	PRIMPOL	Q96LW4	560 aa		13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	FIZ1	Q96SL8	496 aa		13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	MRPL4	Q9BYD3	311 aa	Known RBP	13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	DNAJC25	Q9H1X3	360 aa		13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	ADAMTS10	Q9H324	1103 aa		13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	HIPK3	Q9H422	1215 aa		13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	TMEM39A	Q9NV64	488 aa		13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	TBX20	Q9UMR3	447 aa		13.06	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	PITPNM1	O00562	1244 aa		13.05	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	HNRNPDL	O14979	420 aa	Known RBP	13.05	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	RPS6KA5	O75582	802 aa		13.05	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	CAVIN2	O95810	425 aa		13.05	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	DARS	P14868	501 aa	Known RBP	13.05	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	SELP	P16109	830 aa		13.05	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	EIF4B	P23588	611 aa	Known RBP	13.05	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF445	P59923	1031 aa		13.05	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	MBTD1	Q05BQ5	628 aa		13.05	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	RBL2	Q08999	1139 aa		13.05	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	MGAT3	Q09327	533 aa		13.05	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	FAAP100	Q0VG06	881 aa		13.05	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	PRPF4B	Q13523	1007 aa	Known RBP	13.05	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	KNOP1	Q1ED39	458 aa	Known RBP	13.05	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	TRIM71	Q2Q1W2	868 aa	Known RBP	13.05	□□□□□ -0.32
DDB1-223	ENST00000543658	CT47A1	Q5JQC4	288 aa	Predicted RBP	13.05	□□□□□ -0.32

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