RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000464956.1

USP40-211, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

TSL 3

Gene USP40, Length 185 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-211ENST00000464956 CLSTN3Q9BQT9 956 aa3.1□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 MRPL9Q9BYD2 267 aaKnown RBP3.1□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 NRSN2Q9GZP1 204 aa3.1□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 FZD8Q9H461 694 aa3.1□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ELAC1Q9H777 363 aaKnown RBP3.1□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 TRPV5Q9NQA5 729 aa3.1□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 MRPL17Q9NRX2 175 aaKnown RBP3.1□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 DNAAF2Q9NVR5 837 aaKnown RBP3.1□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 C2orf42Q9NWW7 574 aa3.1□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 MCM9Q9NXL9 1143 aa3.1□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 FBXO3Q9UK99 471 aa3.1□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ZNF215Q9UL58 517 aaPredicted RBP3.1□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 CCPG1Q9ULG6 757 aa3.1□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 PADI3Q9ULW8 664 aa3.1□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 SLC6A14Q9UN76 642 aa3.1□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 SSX2IPQ9Y2D8 614 aa3.1□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 PCDHB15Q9Y5E8 787 aa3.1□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 MRVI1Q9Y6F6 885 aa3.1□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 MYH3P11055 1940 aa3.1□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ATG2AQ2TAZ0 1938 aa3.1□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 PCNX1Q96RV3 2341 aa3.1□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 MYO10Q9HD67 2058 aa3.1□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 PATJQ8NI35 1801 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 A0A087X0B3 334 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 C9IYK1 514 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 NT5C1B-RDH14C9J2C7 533 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 F6X3S4 739 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ARHGAP33O14559 1287 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 TNFRSF10BO14763 440 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ZNF263O14978 683 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ZC3H11AO75152 810 aaKnown RBP eCLIP3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 CIAO1O76071 339 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 PAPLNO95428 1278 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 APBB3O95704 486 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 SSBP05455 408 aaKnown RBP eCLIP3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 URODP06132 367 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 SERPINF2P08697 491 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ATXN1LP0C7T5 689 aaKnown RBP3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 JUPP14923 745 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 CYP7A1P22680 504 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 IL15P40933 162 aaPredicted RBP3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 KPNA1P52294 538 aaPredicted RBP3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 AK2P54819 239 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 PCBP4P57723 403 aaKnown RBP3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 GNAI1P63096 354 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 MRPS6P82932 125 aaKnown RBP3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 GRM2Q14416 872 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 RTP5Q14D33 572 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 IGFBP7Q16270 282 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 DUOXA1Q1HG43 343 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 TBC1D25Q3MII6 688 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 C1QL3Q5VWW1 255 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 KIAA1614Q5VZ46 1190 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 LMBRD2Q68DH5 695 aaPredicted RBP3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 RNF207Q6ZRF8 634 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 LRRC55Q6ZSA7 311 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 VSIG10LQ86VR7 867 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ATCAYQ86WG3 371 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ANKRD44Q8N8A2 993 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 MIGA1Q8NAN2 632 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ENGASEQ8NFI3 743 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 CSGALNACT1Q8TDX6 532 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 SETD7Q8WTS6 366 aaKnown RBP3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 SSC4DQ8WTU2 575 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 LMBR1Q8WVP7 490 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 DNAJB3Q8WWF6 145 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 CLUAP1Q96AJ1 413 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 XAGE2Q96GT9 111 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 NAF1Q96HR8 494 aaKnown RBP3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 IGSF21Q96ID5 467 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 HHIPQ96QV1 700 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 LPIN3Q9BQK8 851 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 C16orf70Q9BSU1 422 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 SRCIN1Q9C0H9 1055 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 C8orf33Q9H7E9 229 aaPredicted RBP3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 CBX8Q9HC52 389 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ZFP14Q9HCL3 533 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 ZNF334Q9HCZ1 680 aaPredicted RBP3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 SNRKQ9NRH2 765 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 RGS18Q9NS28 235 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 IFT57Q9NWB7 429 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 GDE1Q9NZC3 331 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 EBF1Q9UH73 591 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 PCOLCE2Q9UKZ9 415 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 AKAP2Q9Y2D5 859 aa3.09□□□□□ -1.91
USP40-211ENST00000464956 DOPEY2Q9Y3R5 2298 aa3.08□□□□□ -1.92
USP40-211ENST00000464956 WIPF3A6NGB9 483 aa3.08□□□□□ -1.92
USP40-211ENST00000464956 TMEM232C9JQI7 657 aa3.08□□□□□ -1.92
USP40-211ENST00000464956 K7ENP7 123 aa3.08□□□□□ -1.92
USP40-211ENST00000464956 NOP56O00567 594 aaKnown RBP3.08□□□□□ -1.92
USP40-211ENST00000464956 NFIBO00712 420 aa3.08□□□□□ -1.92
USP40-211ENST00000464956 TEX28O15482 410 aa3.08□□□□□ -1.92
USP40-211ENST00000464956 GAS2O43903 313 aaKnown RBP3.08□□□□□ -1.92
USP40-211ENST00000464956 BRINP1O60477 761 aa3.08□□□□□ -1.92
USP40-211ENST00000464956 CBFA2T3O75081 653 aa3.08□□□□□ -1.92
USP40-211ENST00000464956 XYLBO75191 536 aa3.08□□□□□ -1.92
USP40-211ENST00000464956 PPFIA2O75334 1257 aa3.08□□□□□ -1.92
USP40-211ENST00000464956 DKK1O94907 266 aa3.08□□□□□ -1.92
USP40-211ENST00000464956 C1RP00736 705 aa3.08□□□□□ -1.92
USP40-211ENST00000464956 LGALS2P05162 132 aa3.08□□□□□ -1.92
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 18.6 ms