RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565379.1

NME3-208, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 911 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-208	ENST00000565379	MICAL3	Q7RTP6	2002 aa		28.81	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	IGKV6-21	A0A0C4DH24	114 aa		28.8	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	ABHD14A-ACY1	A0A1B0GW23	586 aa		28.8	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	TMEM150B	A6NC51	233 aa		28.8	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	DNM2	P50570	870 aa		28.8	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	PLEKHG4	Q58EX7	1191 aa		28.8	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	KCNK18	Q7Z418	384 aa		28.8	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	NME8	Q8N427	588 aa		28.8	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	MCPH1	Q8NEM0	835 aa		28.8	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	TRAPPC12	Q8WVT3	735 aa		28.8	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	MAGEF1	Q9HAY2	307 aa		28.8	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	HPSE	Q9Y251	543 aa		28.8	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	SI	P14410	1827 aa		28.8	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	CHRNA1	P02708	482 aa		28.79	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	PLA2G4B	P0C869	781 aa		28.79	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	PFKFB1	P16118	471 aa		28.79	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	IKBKE	Q14164	716 aa		28.79	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	PADI6	Q6TGC4	694 aa		28.79	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	FSIP1	Q8NA03	581 aa		28.79	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	ARNTL2	Q8WYA1	636 aa		28.79	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	LARP4B	Q92615	738 aa	Known RBP	28.79	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	ASB2	Q96Q27	587 aa		28.79	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	TIPIN	Q9BVW5	301 aa		28.79	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	LRRC27	Q9C0I9	530 aa		28.79	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	ATP6V0A4	Q9HBG4	840 aa		28.79	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	BLOC1S4	Q9NUP1	217 aa		28.79	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	MRPS5	P82675	430 aa	Known RBP	28.78	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	CDC42EP1	Q00587	391 aa		28.78	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	EFCAB12	Q6NXP0	572 aa		28.78	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	MICALL1	Q8N3F8	863 aa		28.78	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	PDILT	Q8N807	584 aa		28.78	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	TCP11	Q8WWU5	503 aa		28.78	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	MTR	Q99707	1265 aa		28.78	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	LOXHD1	Q8IVV2	1947 aa		28.78	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379		A0A087WWV3	80 aa		28.77	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379		A0A1B0GVL5	298 aa		28.77	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	TNFRSF10A	O00220	468 aa		28.77	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	POLR2D	O15514	142 aa	Known RBP	28.77	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	GJB5	O95377	273 aa		28.77	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	CYP11B2	P19099	503 aa		28.77	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	SYK	P43405	635 aa		28.77	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	SLC12A3	P55017	1021 aa		28.77	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	UBE2H	P62256	183 aa		28.77	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	EMC2	Q15006	297 aa		28.77	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	METTL13	Q8N6R0	699 aa		28.77	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	LINC01465	Q8N7H1	131 aa		28.77	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	MAP7D2	Q96T17	732 aa		28.77	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	SH2D3A	Q9BRG2	576 aa		28.77	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	ZBED2	Q9BTP6	218 aa		28.77	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	PANK2	Q9BZ23	570 aa		28.77	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	TSPYL2	Q9H2G4	693 aa	Predicted RBP	28.77	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379		A0A087X0B3	334 aa		28.76	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	E2F4	Q16254	413 aa		28.76	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	NAALADL2	Q58DX5	795 aa		28.76	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	FAM26D	Q5JW98	314 aa		28.76	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	IER5	Q5VY09	327 aa		28.76	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	SV2B	Q7L1I2	683 aa		28.76	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	DNAJB3	Q8WWF6	145 aa		28.76	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	CCDC34	Q96HJ3	373 aa		28.76	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	USO1	O60763	962 aa	Known RBP	28.75	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	SSB	P05455	408 aa	Known RBP eCLIP	28.75	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	GHR	P10912	638 aa		28.75	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	AMPD3	Q01432	767 aa		28.75	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	MGAT3	Q09327	533 aa		28.75	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	RINT1	Q6NUQ1	792 aa		28.75	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	MYOCD	Q8IZQ8	938 aa		28.75	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	DHX58	Q96C10	678 aa		28.75	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	FAM49A	Q9H0Q0	323 aa	Predicted RBP	28.75	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	SUGCT	Q9HAC7	445 aa		28.75	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	LOC101059915	A0A1B0GWI6	518 aa	Predicted RBP	28.74	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	PRPF40A	O75400	957 aa	Known RBP	28.74	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	GUCY2C	P25092	1073 aa		28.74	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	NDUFA8	P51970	172 aa		28.74	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	MCM6	Q14566	821 aa		28.74	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	C1orf186	Q6ZWK4	172 aa		28.74	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	CEP57L1	Q8IYX8	460 aa		28.74	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	KIAA0319L	Q8IZA0	1049 aa		28.74	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	SEPT8	Q92599	483 aa		28.74	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	TNMD	Q9H2S6	317 aa		28.74	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	BMP2K	Q9NSY1	1161 aa	Predicted RBP	28.74	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	MTUS1	Q9ULD2	1270 aa		28.74	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	COL4A4	P53420	1690 aa	Predicted RBP	28.74	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	ASAP2	O43150	1006 aa		28.73	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	SLFN14	P0C7P3	912 aa		28.73	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	POU3F3	P20264	500 aa	Predicted RBP	28.73	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	PSPC1	Q8WXF1	523 aa	Known RBP	28.73	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	RAD9A	Q99638	391 aa		28.73	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	NCOR1	O75376	2440 aa		28.73	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379		M0QZ92	97 aa		28.72	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	EFCAB14	O75071	495 aa		28.72	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	FAM160A1	Q05DH4	1040 aa		28.72	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	MXD4	Q14582	209 aa	Predicted RBP	28.72	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	LPIN1	Q14693	890 aa		28.72	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	LRRC71	Q8N4P6	559 aa		28.72	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	LRRC15	Q8TF66	581 aa		28.72	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	KIFAP3	Q92845	792 aa		28.72	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	XPNPEP1	Q9NQW7	623 aa		28.72	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	KBTBD4	Q9NVX7	518 aa		28.72	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	SUCLA2	Q9P2R7	463 aa	Predicted RBP	28.72	■■■□□ 2.19
NME3-208	ENST00000565379	KCNG1	Q9UIX4	513 aa		28.72	■■■□□ 2.19

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