RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000589857.1

ZNF540-208, Transcript of zinc finger protein 540, humanhuman

TSL 4

Gene ZNF540, Length 575 nt, Biotype processed transcript.

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540-208ENST00000589857 PKD2Q13563 968 aa15.02■□□□□ -0
ZNF540-208ENST00000589857 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP15.02■□□□□ -0
ZNF540-208ENST00000589857 NPATQ14207 1427 aa15.01□□□□□ -0.01
ZNF540-208ENST00000589857 STRCQ7RTU9 1775 aa15.01□□□□□ -0.01
ZNF540-208ENST00000589857 CHIC2Q9UKJ5 165 aa15.01□□□□□ -0.01
ZNF540-208ENST00000589857 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa15.01□□□□□ -0.01
ZNF540-208ENST00000589857 NCOA1Q15788 1441 aa15□□□□□ -0.01
ZNF540-208ENST00000589857 PPP6R1Q9UPN7 881 aa15□□□□□ -0.01
ZNF540-208ENST00000589857 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa15□□□□□ -0.01
ZNF540-208ENST00000589857 SPATA31D1Q6ZQQ2 1576 aa14.99□□□□□ -0.01
ZNF540-208ENST00000589857 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP14.99□□□□□ -0.01
ZNF540-208ENST00000589857 YTHDC1Q96MU7 727 aaKnown RBP14.99□□□□□ -0.01
ZNF540-208ENST00000589857 ADGRL2O95490 1459 aa14.99□□□□□ -0.01
ZNF540-208ENST00000589857 ZMYM3Q14202 1370 aa14.98□□□□□ -0.01
ZNF540-208ENST00000589857 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP14.98□□□□□ -0.01
ZNF540-208ENST00000589857 SHANK2Q9UPX8 1470 aa14.98□□□□□ -0.01
ZNF540-208ENST00000589857 UBAP1LF5GYI3 381 aa14.98□□□□□ -0.01
ZNF540-208ENST00000589857 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP14.98□□□□□ -0.01
ZNF540-208ENST00000589857 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP14.98□□□□□ -0.01
ZNF540-208ENST00000589857 ANKRD30AQ9BXX3 1397 aa14.98□□□□□ -0.01
ZNF540-208ENST00000589857 MPHOSPH9Q99550 1183 aa14.97□□□□□ -0.01
ZNF540-208ENST00000589857 GTF3C3Q9Y5Q9 886 aa14.97□□□□□ -0.01
ZNF540-208ENST00000589857 C3P01024 1663 aa14.96□□□□□ -0.01
ZNF540-208ENST00000589857 ABCC1P33527 1531 aa14.96□□□□□ -0.02
ZNF540-208ENST00000589857 ABCA6Q8N139 1617 aa14.94□□□□□ -0.02
ZNF540-208ENST00000589857 LTBP4Q8N2S1 1624 aa14.94□□□□□ -0.02
ZNF540-208ENST00000589857 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa14.94□□□□□ -0.02
ZNF540-208ENST00000589857 ADGBQ8N7X0 1667 aa14.93□□□□□ -0.02
ZNF540-208ENST00000589857 RSPH4AQ5TD94 716 aa14.93□□□□□ -0.02
ZNF540-208ENST00000589857 NCKAP5LQ9HCH0 1330 aa14.92□□□□□ -0.02
ZNF540-208ENST00000589857 CAMSAP1Q5T5Y3 1602 aa14.92□□□□□ -0.02
ZNF540-208ENST00000589857 PREX2Q70Z35 1606 aa14.92□□□□□ -0.02
ZNF540-208ENST00000589857 PLA2R1Q13018 1463 aa14.91□□□□□ -0.02
ZNF540-208ENST00000589857 TOM1O60784 492 aa14.91□□□□□ -0.02
ZNF540-208ENST00000589857 GGT6Q6P531 493 aa14.91□□□□□ -0.02
ZNF540-208ENST00000589857 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa14.9□□□□□ -0.02
ZNF540-208ENST00000589857 CCER2I3L3R5 266 aa14.9□□□□□ -0.02
ZNF540-208ENST00000589857 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP14.9□□□□□ -0.02
ZNF540-208ENST00000589857 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa14.9□□□□□ -0.02
ZNF540-208ENST00000589857 ZNF335Q9H4Z2 1342 aaPredicted RBP14.9□□□□□ -0.02
ZNF540-208ENST00000589857 RPRD2Q5VT52 1461 aaKnown RBP14.89□□□□□ -0.03
ZNF540-208ENST00000589857 ANKRD30BQ9BXX2 1392 aa14.89□□□□□ -0.03
ZNF540-208ENST00000589857 ANP32CO43423 234 aa14.89□□□□□ -0.03
ZNF540-208ENST00000589857 SLC4A1APQ9BWU0 796 aaKnown RBP14.89□□□□□ -0.03
ZNF540-208ENST00000589857 MROH2AA6NES4 1674 aa14.89□□□□□ -0.03
ZNF540-208ENST00000589857 CROCC2H7BZ55 1655 aa14.88□□□□□ -0.03
ZNF540-208ENST00000589857 TSPY4P0CV99 314 aa14.88□□□□□ -0.03
ZNF540-208ENST00000589857 TSPY10P0CW01 314 aa14.88□□□□□ -0.03
ZNF540-208ENST00000589857 ARHGEF5Q12774 1597 aa14.88□□□□□ -0.03
ZNF540-208ENST00000589857 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP14.88□□□□□ -0.03
ZNF540-208ENST00000589857 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa14.87□□□□□ -0.03
ZNF540-208ENST00000589857 A2MP01023 1474 aa14.87□□□□□ -0.03
ZNF540-208ENST00000589857 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa14.86□□□□□ -0.03
ZNF540-208ENST00000589857 DDX10Q13206 875 aaKnown RBP14.86□□□□□ -0.03
ZNF540-208ENST00000589857 EIF4G2P78344 907 aaKnown RBP eCLIP14.85□□□□□ -0.03
ZNF540-208ENST00000589857 ANKRD50Q9ULJ7 1429 aa14.84□□□□□ -0.03
ZNF540-208ENST00000589857 ATP7AQ04656 1500 aa14.83□□□□□ -0.04
ZNF540-208ENST00000589857 SYCP2Q9BX26 1530 aa14.83□□□□□ -0.04
ZNF540-208ENST00000589857 CCDC141Q6ZP82 1450 aa14.82□□□□□ -0.04
ZNF540-208ENST00000589857 ANKLE2Q86XL3 938 aa14.82□□□□□ -0.04
ZNF540-208ENST00000589857 THEMISQ8N1K5 641 aaPredicted RBP14.82□□□□□ -0.04
ZNF540-208ENST00000589857 PZPP20742 1482 aa14.82□□□□□ -0.04
ZNF540-208ENST00000589857 KDM5DQ9BY66 1539 aa14.82□□□□□ -0.04
ZNF540-208ENST00000589857 CEP170BQ9Y4F5 1589 aaPredicted RBP14.81□□□□□ -0.04
ZNF540-208ENST00000589857 PIP4K2BP78356 416 aa14.81□□□□□ -0.04
ZNF540-208ENST00000589857 A2ML1A8K2U0 1454 aa14.8□□□□□ -0.04
ZNF540-208ENST00000589857 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa14.8□□□□□ -0.04
ZNF540-208ENST00000589857 CPS1P31327 1500 aa14.79□□□□□ -0.04
ZNF540-208ENST00000589857 L3MBTL2Q969R5 705 aa14.79□□□□□ -0.04
ZNF540-208ENST00000589857 ZNF142P52746 1687 aaPredicted RBP14.78□□□□□ -0.04
ZNF540-208ENST00000589857 MYO3AQ8NEV4 1616 aa14.78□□□□□ -0.04
ZNF540-208ENST00000589857 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa14.78□□□□□ -0.04
ZNF540-208ENST00000589857 WASHC2CQ9Y4E1 1318 aa14.78□□□□□ -0.04
ZNF540-208ENST00000589857 CLTCQ00610 1675 aaKnown RBP14.77□□□□□ -0.04
ZNF540-208ENST00000589857 PLXNC1O60486 1568 aa14.77□□□□□ -0.04
ZNF540-208ENST00000589857 DHX29Q7Z478 1369 aaKnown RBP14.77□□□□□ -0.04
ZNF540-208ENST00000589857 KIF15Q9NS87 1388 aa14.77□□□□□ -0.04
ZNF540-208ENST00000589857 HSPA5P11021 654 aaKnown RBP14.77□□□□□ -0.05
ZNF540-208ENST00000589857 HSPA1LP34931 641 aa14.77□□□□□ -0.05
ZNF540-208ENST00000589857 TNRQ92752 1358 aa14.76□□□□□ -0.05
ZNF540-208ENST00000589857 KIF3BO15066 747 aa14.76□□□□□ -0.05
ZNF540-208ENST00000589857 MAST1Q9Y2H9 1570 aa14.76□□□□□ -0.05
ZNF540-208ENST00000589857 MBD5Q9P267 1494 aa14.76□□□□□ -0.05
ZNF540-208ENST00000589857 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP14.75□□□□□ -0.05
ZNF540-208ENST00000589857 NUP155O75694 1391 aa14.74□□□□□ -0.05
ZNF540-208ENST00000589857 FAM135AQ9P2D6 1515 aa14.74□□□□□ -0.05
ZNF540-208ENST00000589857 NLRP1Q9C000 1473 aa14.71□□□□□ -0.05
ZNF540-208ENST00000589857 FBXO31Q5XUX0 539 aaPredicted RBP14.69□□□□□ -0.06
ZNF540-208ENST00000589857 HIRIP3Q9BW71 556 aaPredicted RBP14.69□□□□□ -0.06
ZNF540-208ENST00000589857 CCDC7Q96M83 1385 aa14.68□□□□□ -0.06
ZNF540-208ENST00000589857 WASHC2AQ641Q2 1341 aa14.67□□□□□ -0.06
ZNF540-208ENST00000589857 NPHP4O75161 1426 aaPredicted RBP14.67□□□□□ -0.06
ZNF540-208ENST00000589857 MED1Q15648 1581 aaPredicted RBP14.67□□□□□ -0.06
ZNF540-208ENST00000589857 ERBINQ96RT1 1412 aa14.66□□□□□ -0.06
ZNF540-208ENST00000589857 DUOX2Q9NRD8 1548 aa14.66□□□□□ -0.06
ZNF540-208ENST00000589857 UGGT1Q9NYU2 1555 aa14.65□□□□□ -0.06
ZNF540-208ENST00000589857 MED14O60244 1454 aa14.65□□□□□ -0.06
ZNF540-208ENST00000589857 ROCK2O75116 1388 aaKnown RBP14.65□□□□□ -0.06
ZNF540-208ENST00000589857 SPATA31E1Q6ZUB1 1445 aa14.65□□□□□ -0.06
ZNF540-208ENST00000589857 RALGAPBQ86X10 1494 aa14.64□□□□□ -0.07
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 35.2 ms