RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000308271.13

USP48-201, Transcript of ubiquitin specific peptidase 48, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene USP48, Length 4,595 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP48-201ENST00000308271 BACH2Q9BYV9 841 aa24.27■■□□□ 1.48
USP48-201ENST00000308271 TIAM1Q13009 1591 aa24.26■■□□□ 1.47
USP48-201ENST00000308271 ZRSR1Q15695 479 aaKnown RBP24.26■■□□□ 1.47
USP48-201ENST00000308271 CALD1Q05682 793 aaKnown RBP24.26■■□□□ 1.47
USP48-201ENST00000308271 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP24.25■■□□□ 1.47
USP48-201ENST00000308271 MIA2Q96PC5 1412 aa24.25■■□□□ 1.47
USP48-201ENST00000308271 IL27Q8NEV9 243 aa24.24■■□□□ 1.47
USP48-201ENST00000308271 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP24.24■■□□□ 1.479e-7■■■□□ 18.2
USP48-201ENST00000308271 CCDC184Q52MB2 194 aa24.24■■□□□ 1.47
USP48-201ENST00000308271 KIAA2012Q0VF49 1180 aa24.23■■□□□ 1.47
USP48-201ENST00000308271 SKOR2Q2VWA4 1001 aaPredicted RBP24.23■■□□□ 1.47
USP48-201ENST00000308271 COG6Q9Y2V7 657 aa24.22■■□□□ 1.47
USP48-201ENST00000308271 TOP2BQ02880 1626 aa24.21■■□□□ 1.47
USP48-201ENST00000308271 SRPK2P78362 688 aaKnown RBP24.21■■□□□ 1.47
USP48-201ENST00000308271 PNISRQ8TF01 805 aaKnown RBP24.21■■□□□ 1.47
USP48-201ENST00000308271 SYAP1Q96A49 352 aaPredicted RBP24.2■■□□□ 1.47
USP48-201ENST00000308271 APAF1O14727 1248 aa24.2■■□□□ 1.46
USP48-201ENST00000308271 ANO8Q9HCE9 1232 aaPredicted RBP24.2■■□□□ 1.46
USP48-201ENST00000308271 CHMP5Q9NZZ3 219 aa24.2■■□□□ 1.46
USP48-201ENST00000308271 FANCD2Q9BXW9 1451 aa24.19■■□□□ 1.46
USP48-201ENST00000308271 BRPF3Q9ULD4 1205 aa24.18■■□□□ 1.46
USP48-201ENST00000308271 GOLGA6L4A6NEF3 574 aa24.15■■□□□ 1.46
USP48-201ENST00000308271 VSIG10Q8N0Z9 540 aa24.15■■□□□ 1.46
USP48-201ENST00000308271 NBPF8Q3BBV2 869 aa24.15■■□□□ 1.46
USP48-201ENST00000308271 GOLGA6L6A8MZA4 724 aa24.15■■□□□ 1.46
USP48-201ENST00000308271 ZKSCAN2Q63HK3 967 aa24.15■■□□□ 1.46
USP48-201ENST00000308271 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa24.14■■□□□ 1.46
USP48-201ENST00000308271 AAMPQ13685 434 aa24.14■■□□□ 1.45
USP48-201ENST00000308271 CDCA7LQ96GN5 454 aa24.14■■□□□ 1.45
USP48-201ENST00000308271 NRDCO43847 1150 aa24.12■■□□□ 1.45
USP48-201ENST00000308271 FOXD4L1Q9NU39 408 aa24.11■■□□□ 1.45
USP48-201ENST00000308271 DDX49Q9Y6V7 483 aaKnown RBP24.11■■□□□ 1.45
USP48-201ENST00000308271 RRP7AQ9Y3A4 280 aaKnown RBP24.11■■□□□ 1.45
USP48-201ENST00000308271 WASHC2CQ9Y4E1 1318 aa24.11■■□□□ 1.45
USP48-201ENST00000308271 FRAT2O75474 233 aaPredicted RBP24.1■■□□□ 1.45
USP48-201ENST00000308271 HDGFL2Q7Z4V5 671 aaPredicted RBP24.1■■□□□ 1.45
USP48-201ENST00000308271 BCL2L13Q9BXK5 485 aa24.1■■□□□ 1.45
USP48-201ENST00000308271 EFCAB5A4FU69 1503 aa24.09■■□□□ 1.45
USP48-201ENST00000308271 KCNJ4P48050 445 aa24.09■■□□□ 1.45
USP48-201ENST00000308271 CDK11BP21127 795 aaKnown RBP24.09■■□□□ 1.45
USP48-201ENST00000308271 FAM43AQ8N2R8 423 aa24.08■■□□□ 1.45
USP48-201ENST00000308271 APBB1O00213 710 aa24.08■■□□□ 1.45
USP48-201ENST00000308271 SAFB2Q14151 953 aaKnown RBP eCLIP24.08■■□□□ 1.441e-6■■■□□ 15.2
USP48-201ENST00000308271 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP24.07■■□□□ 1.44
USP48-201ENST00000308271 ST18O60284 1047 aa24.07■■□□□ 1.44
USP48-201ENST00000308271 NCAPD3P42695 1498 aa24.06■■□□□ 1.44
USP48-201ENST00000308271 OS9Q13438 667 aaPredicted RBP24.06■■□□□ 1.44
USP48-201ENST00000308271 CFTRP13569 1480 aa24.06■■□□□ 1.44
USP48-201ENST00000308271 ADAMTS8Q9UP79 889 aa24.05■■□□□ 1.44
USP48-201ENST00000308271 MAP3K1Q13233 1512 aa24.05■■□□□ 1.44
USP48-201ENST00000308271 MRE11P49959 708 aa24.05■■□□□ 1.44
USP48-201ENST00000308271 DRC7Q8IY82 874 aa24.04■■□□□ 1.44
USP48-201ENST00000308271 NAIPQ13075 1403 aa24.04■■□□□ 1.44
USP48-201ENST00000308271 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa24.04■■□□□ 1.44
USP48-201ENST00000308271 ARID3AQ99856 593 aa24.03■■□□□ 1.44
USP48-201ENST00000308271 DDX19BQ9UMR2 479 aa24.03■■□□□ 1.44
USP48-201ENST00000308271 ANKRD50Q9ULJ7 1429 aa24.03■■□□□ 1.44
USP48-201ENST00000308271 GAPVD1Q14C86 1478 aa24.02■■□□□ 1.44
USP48-201ENST00000308271 PHF14O94880 888 aa24.01■■□□□ 1.43
USP48-201ENST00000308271 C22orf23Q9BZE7 217 aa24.01■■□□□ 1.43
USP48-201ENST00000308271 HMMRO75330 724 aa24■■□□□ 1.43
USP48-201ENST00000308271 FGD1P98174 961 aa24■■□□□ 1.43
USP48-201ENST00000308271 KIAA1211Q6ZU35 1233 aa24■■□□□ 1.43
USP48-201ENST00000308271 DZIP1LQ8IYY4 767 aaKnown RBP24■■□□□ 1.43
USP48-201ENST00000308271 TRHP20396 242 aaPredicted RBP24■■□□□ 1.43
USP48-201ENST00000308271 TERF2IPQ9NYB0 399 aa23.99■■□□□ 1.43
USP48-201ENST00000308271 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa23.99■■□□□ 1.43
USP48-201ENST00000308271 ZBTB7CA1YPR0 619 aa23.98■■□□□ 1.43
USP48-201ENST00000308271 ANKRD45Q5TZF3 282 aa23.98■■□□□ 1.43
USP48-201ENST00000308271 JPH4Q96JJ6 628 aa23.98■■□□□ 1.43
USP48-201ENST00000308271 STK26Q9P289 416 aa23.97■■□□□ 1.43
USP48-201ENST00000308271 C14orf37Q86TY3 774 aa23.97■■□□□ 1.43
USP48-201ENST00000308271 KIF3BO15066 747 aa23.96■■□□□ 1.43
USP48-201ENST00000308271 PANK1Q8TE04 598 aa23.95■■□□□ 1.43
USP48-201ENST00000308271 STAC3Q96MF2 364 aa23.95■■□□□ 1.43
USP48-201ENST00000308271 PDE3AQ14432 1141 aa23.95■■□□□ 1.42
USP48-201ENST00000308271 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP23.95■■□□□ 1.42
USP48-201ENST00000308271 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa23.95■■□□□ 1.42
USP48-201ENST00000308271 RUNDC1Q96C34 613 aa23.95■■□□□ 1.42
USP48-201ENST00000308271 RTF1Q92541 710 aaKnown RBP23.94■■□□□ 1.42
USP48-201ENST00000308271 LMOD3Q0VAK6 560 aa23.93■■□□□ 1.42
USP48-201ENST00000308271 GGT6Q6P531 493 aa23.93■■□□□ 1.42
USP48-201ENST00000308271 PDZRN4Q6ZMN7 1036 aaPredicted RBP23.93■■□□□ 1.42
USP48-201ENST00000308271 TRAK2O60296 914 aa23.93■■□□□ 1.42
USP48-201ENST00000308271 C11orf95C9JLR9 678 aaPredicted RBP23.93■■□□□ 1.42
USP48-201ENST00000308271 CSPP1Q1MSJ5 1256 aa23.92■■□□□ 1.42
USP48-201ENST00000308271 TRAK1Q9UPV9 953 aa23.91■■□□□ 1.42
USP48-201ENST00000308271 PRKCSHP14314 528 aaPredicted RBP23.91■■□□□ 1.42
USP48-201ENST00000308271 PPP2R1AP30153 589 aa23.9■■□□□ 1.42
USP48-201ENST00000308271 NCOA1Q15788 1441 aa23.9■■□□□ 1.42
USP48-201ENST00000308271 MAPKBP1O60336 1514 aa23.89■■□□□ 1.41
USP48-201ENST00000308271 NUCB2P80303 420 aa23.87■■□□□ 1.41
USP48-201ENST00000308271 ISY1Q9ULR0 285 aaKnown RBP23.87■■□□□ 1.41
USP48-201ENST00000308271 HTATSF1O43719 755 aaKnown RBP23.87■■□□□ 1.41
USP48-201ENST00000308271 TRIM6-TRIM34B2RNG4 842 aa23.86■■□□□ 1.41
USP48-201ENST00000308271 KIF16BQ96L93 1317 aa23.84■■□□□ 1.41
USP48-201ENST00000308271 STK31Q9BXU1 1019 aa23.84■■□□□ 1.41
USP48-201ENST00000308271 NINLQ9Y2I6 1382 aa23.83■■□□□ 1.41
USP48-201ENST00000308271 PDZRN3Q9UPQ7 1066 aa23.83■■□□□ 1.41
USP48-201ENST00000308271 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP23.83■■□□□ 1.417e-7■■■□□ 15
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 57.3 ms