RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000617451.4

PTPRF-216, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene PTPRF, Length 1,129 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-216ENST00000617451 CCDC136Q96JN2 1154 aa28.16■■■□□ 2.1
PTPRF-216ENST00000617451 CASD1Q96PB1 797 aa28.16■■■□□ 2.1
PTPRF-216ENST00000617451 RIT2Q99578 217 aa28.16■■■□□ 2.1
PTPRF-216ENST00000617451 VPS54Q9P1Q0 977 aa28.16■■■□□ 2.1
PTPRF-216ENST00000617451 ZSCAN20P17040 1043 aaPredicted RBP28.15■■■□□ 2.1
PTPRF-216ENST00000617451 PRKCEQ02156 737 aa28.15■■■□□ 2.1
PTPRF-216ENST00000617451 MRPS27Q92552 414 aaKnown RBP28.15■■■□□ 2.1
PTPRF-216ENST00000617451 SLC5A5Q92911 643 aa28.15■■■□□ 2.1
PTPRF-216ENST00000617451 MFSD14AQ96MC6 490 aa28.15■■■□□ 2.1
PTPRF-216ENST00000617451 FBXL18Q96ME1 805 aa28.15■■■□□ 2.1
PTPRF-216ENST00000617451 WDR81Q562E7 1941 aa28.15■■■□□ 2.1
PTPRF-216ENST00000617451 PDIA3P30101 505 aaKnown RBP28.14■■■□□ 2.1
PTPRF-216ENST00000617451 EVCP57679 992 aa28.14■■■□□ 2.1
PTPRF-216ENST00000617451 UGCGQ16739 394 aa28.14■■■□□ 2.1
PTPRF-216ENST00000617451 ECHDC2Q86YB7 292 aa28.14■■■□□ 2.1
PTPRF-216ENST00000617451 SUSD6Q92537 303 aa28.14■■■□□ 2.1
PTPRF-216ENST00000617451 PHF7Q9BWX1 381 aaPredicted RBP28.14■■■□□ 2.1
PTPRF-216ENST00000617451 SH3GLB2Q9NR46 395 aa28.14■■■□□ 2.1
PTPRF-216ENST00000617451 PUF60Q9UHX1 559 aaKnown RBP28.14■■■□□ 2.1
PTPRF-216ENST00000617451 GAS7O60861 476 aa28.13■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 SFNP31947 248 aa28.13■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 GPC3P51654 580 aa28.13■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 KCNC3Q14003 757 aa28.13■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 KCNT2Q6UVM3 1135 aa28.13■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 TMEM184AQ6ZMB5 413 aa28.13■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 UNC45AQ9H3U1 944 aa28.13■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 NCOA5Q9HCD5 579 aaKnown RBP28.13■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 CHMP2AO43633 222 aa28.12■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 DARSP14868 501 aaKnown RBP28.12■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 ATF7P17544 494 aaPredicted RBP28.12■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 PSMA5P28066 241 aa28.12■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 JAK3P52333 1124 aa28.12■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 CCT2P78371 535 aaKnown RBP28.12■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 LRCH2Q5VUJ6 765 aa28.12■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 PLPP4Q5VZY2 271 aa28.12■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 ALYREFQ86V81 257 aaKnown RBP28.12■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 ABI1Q8IZP0 508 aa28.12■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 LRRC43Q8N309 656 aa28.12■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 ZNF668Q96K58 619 aaPredicted RBP28.12■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 TCF25Q9BQ70 676 aa28.12■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 NHLH1Q02575 133 aa28.11■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 TARBP2Q15633 366 aaKnown RBP28.11■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 BMP8AQ7Z5Y6 402 aa28.11■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 GJA10Q969M2 543 aa28.11■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 ZNF558Q96NG5 402 aa28.11■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 TEKT3Q9BXF9 490 aa28.11■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 NGRNQ9NPE2 291 aaKnown RBP28.11■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 A0A0U1RQF3 1178 aa28.1■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 PSMD10O75832 226 aa28.1■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 PPM1AP35813 382 aa28.1■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 NLRP5P59047 1200 aa28.1■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 TBC1D8BQ0IIM8 1120 aa28.1■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 CLLU1OSQ5K130 101 aa28.1■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 TRIM67Q6ZTA4 783 aa28.1■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 RDM1Q8NG50 284 aa28.1■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 TBCKQ8TEA7 893 aa28.1■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 RPGRIP1Q96KN7 1286 aa28.1■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 S1PR5Q9H228 398 aa28.1■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 ENTPD7Q9NQZ7 604 aa28.1■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 HIDE1A8MVS5 230 aa28.09■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 SRGAP2BP0DMP2 458 aa28.09■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 PBX3P40426 434 aa28.09■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 ZXDAP98168 799 aa28.09■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 KRT17Q04695 432 aa28.09■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 Q4G0T1 1027 aa28.09■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 ZNF598Q86UK7 904 aaKnown RBP28.09■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 RNF169Q8NCN4 708 aa28.09■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 SCLT1Q96NL6 688 aa28.09■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 NIFKQ9BYG3 293 aaKnown RBP28.09■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 SPG21Q9NZD8 308 aa28.09■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 PCDHA4Q9UN74 947 aa28.09■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 CYP3A7-CYP3A51PA0A087WV96 503 aa28.08■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 TMEM221A6NGB7 291 aa28.08■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 M0R296 226 aa28.08■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 REC8O95072 547 aa28.08■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 EOMESO95936 686 aa28.08■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 FGFR4P22455 802 aa28.08■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 CYP3A7P24462 503 aa28.08■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 ANKRD54Q6NXT1 300 aa28.08■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 NLRP7Q8WX94 980 aa28.08■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 C22orf23Q9BZE7 217 aa28.08■■■□□ 2.09
PTPRF-216ENST00000617451 STBD1O95210 358 aa28.07■■■□□ 2.08
PTPRF-216ENST00000617451 TECP42680 631 aa28.07■■■□□ 2.08
PTPRF-216ENST00000617451 DRP2Q13474 957 aa28.07■■■□□ 2.08
PTPRF-216ENST00000617451 TOB2Q14106 344 aaPredicted RBP28.07■■■□□ 2.08
PTPRF-216ENST00000617451 SYCE2Q6PIF2 218 aa28.07■■■□□ 2.08
PTPRF-216ENST00000617451 B3GNT9Q6UX72 402 aa28.07■■■□□ 2.08
PTPRF-216ENST00000617451 MIER3Q7Z3K6 550 aa28.07■■■□□ 2.08
PTPRF-216ENST00000617451 TRIM22Q8IYM9 498 aa28.07■■■□□ 2.08
PTPRF-216ENST00000617451 CEP89Q96ST8 783 aa28.07■■■□□ 2.08
PTPRF-216ENST00000617451 DACT1Q9NYF0 836 aa28.07■■■□□ 2.08
PTPRF-216ENST00000617451 CSDE1O75534 798 aaKnown RBP28.06■■■□□ 2.08
PTPRF-216ENST00000617451 CDC42EP1Q00587 391 aa28.06■■■□□ 2.08
PTPRF-216ENST00000617451 XKR3Q5GH77 459 aa28.06■■■□□ 2.08
PTPRF-216ENST00000617451 RUFY3Q7L099 469 aa28.06■■■□□ 2.08
PTPRF-216ENST00000617451 TMC7Q7Z402 723 aa28.06■■■□□ 2.08
PTPRF-216ENST00000617451 SEPT9Q9UHD8 586 aaPredicted RBP28.06■■■□□ 2.08
PTPRF-216ENST00000617451 IGKV6-21A0A0C4DH24 114 aa28.05■■■□□ 2.08
PTPRF-216ENST00000617451 M0R2N6 131 aa28.05■■■□□ 2.08
PTPRF-216ENST00000617451 TDP2O95551 362 aa28.05■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 15.9 ms