RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000592790.1

VMP1-216, Transcript of vacuole membrane protein 1, human

Gene VMP1, Length 4,325 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
VMP1-216	ENST00000592790	MRPL11	Q9Y3B7	192 aa	Known RBP	3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	CAPN6	Q9Y6Q1	641 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	PALM3	A6NDB9	673 aa	Predicted RBP	3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	MYMK	A6NI61	221 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	MYO1F	O00160	1098 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	TRAPPC3	O43617	180 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	SETSIP	P0DME0	302 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	UCHL3	P15374	230 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	SCTR	P47872	440 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	PLCB3	Q01970	1234 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	PICALM	Q13492	652 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	MYBPC2	Q14324	1141 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	LRRC41	Q15345	812 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	ARHGAP44	Q17R89	818 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	CCDC14	Q49A88	953 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	ANKRD20A8P	Q5CZ79	823 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	KLHDC7A	Q5VTJ3	777 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	NUGGC	Q68CJ6	796 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	CAPRIN2	Q6IMN6	1127 aa	Known RBP	3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	LRP10	Q7Z4F1	713 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	SPATA21	Q7Z572	469 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	TBC1D1	Q86TI0	1168 aa	Predicted RBP	3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	OGFOD1	Q8N543	542 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	SH2D3C	Q8N5H7	860 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	PROCA1	Q8NCQ7	364 aa	Predicted RBP	3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	UPF1	Q92900	1129 aa	Known RBP eCLIP	3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	TEKT1	Q969V4	418 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	ARL8A	Q96BM9	186 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	SNF8	Q96H20	258 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	NT5C1B	Q96P26	610 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	FNBP1	Q96RU3	617 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	RPS6KC1	Q96S38	1066 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	TSPAN18	Q96SJ8	248 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	DUSP9	Q99956	384 aa	Known RBP	3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	RIOK1	Q9BRS2	568 aa	Known RBP	3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	TEKT3	Q9BXF9	490 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	TLR10	Q9BXR5	811 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	MIS12	Q9H081	205 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	NBPF3	Q9H094	633 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	DDX47	Q9H0S4	455 aa	Known RBP	3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	KANSL2	Q9H9L4	492 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	TFCP2L1	Q9NZI6	479 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	MINPP1	Q9UNW1	487 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	PCDHA1	Q9Y5I3	950 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	SCIN	Q9Y6U3	715 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	LOC102724159	A0A0B4J2E5	919 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	SPDYE2B	A6NHP3	402 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	RASSF10	A6NK89	507 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	ANKRD65	E5RJM6	399 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	IRF6	O14896	467 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	DAPK3	O43293	454 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	RTN2	O75298	545 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	CDH16	O75309	829 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	USP17L8	P0C7I0	530 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	SPDYE6	P0CI01	402 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	ABL2	P42684	1182 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	DRG2	P55039	364 aa	Known RBP	3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	PPP4C	P60510	307 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	HDLBP	Q00341	1268 aa	Known RBP	3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	PTK2	Q05397	1052 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	TRPC3	Q13507	836 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	PWP2	Q15269	919 aa	Known RBP	3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	SLC4A8	Q2Y0W8	1093 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	SPDYE2	Q495Y8	402 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	PRR16	Q569H4	304 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	WDR59	Q6PJI9	974 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	FBXO33	Q7Z6M2	555 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	TPCN2	Q8NHX9	752 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	PIP4K2C	Q8TBX8	421 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	ATXN2L	Q8WWM7	1075 aa	Known RBP	3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	HPS3	Q969F9	1004 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	ITFG2	Q969R8	447 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	TSC22D3	Q99576	134 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	PITPNM3	Q9BZ71	974 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	TRIM4	Q9C037	500 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	ECT2	Q9H8V3	914 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	TUFT1	Q9NNX1	390 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	C1orf112	Q9NSG2	853 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	SLAIN2	Q9P270	581 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	DNAJC12	Q9UKB3	198 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	RPL26L1	Q9UNX3	145 aa	Known RBP	3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	SIK3	Q9Y2K2	1263 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	RGPD8	O14715	1765 aa	Predicted RBP	3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	MYO3B	Q8WXR4	1341 aa		3.8	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	CYP2D7	A0A087X1C5	515 aa		3.79	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	ESYT3	A0FGR9	886 aa		3.79	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	ANKRD33B	A6NCL7	494 aa		3.79	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	PPP1R12A	O14974	1030 aa	Predicted RBP	3.79	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	SMIM24	O75264	130 aa		3.79	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	EYA4	O95677	639 aa		3.79	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	GOLGA8H	P0CJ92	632 aa		3.79	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	KRT5	P13647	590 aa		3.79	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	CHN1	P15882	459 aa		3.79	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	SCP2	P22307	547 aa		3.79	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	KLRC1	P26715	233 aa		3.79	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	MAPK4	P31152	587 aa		3.79	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	NSF	P46459	744 aa	Known RBP	3.79	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	IFNAR2	P48551	515 aa		3.79	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	RIPK1	Q13546	671 aa		3.79	□□□□□ -1.8
VMP1-216	ENST00000592790	MESD	Q14696	234 aa		3.79	□□□□□ -1.8

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