RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000460912.6

SYNE1-215, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 1 (best)

Gene SYNE1, Length 3,664 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-215	ENST00000460912	TTMP	Q5BVD1	217 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	C10orf76	Q5T2E6	689 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	C12orf56	Q8IXR9	622 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	TXLNB	Q8N3L3	684 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	NEK11	Q8NG66	645 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	GOLGA5	Q8TBA6	731 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	LNX1	Q8TBB1	728 aa	Predicted RBP	9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	HES6	Q96HZ4	224 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	AMN	Q9BXJ7	453 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	SMARCAL1	Q9NZC9	954 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	PCDHA3	Q9Y5H8	950 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	MEIS1	O00470	390 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	CTNND1	O60716	968 aa	Known RBP	9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ITGBL1	O95965	494 aa	Predicted RBP	9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	IGHA2	P01877	340 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	IDE	P14735	1019 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	NBPF12	Q5TAG4	269 aa	Predicted RBP	9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	DCAF12L1	Q5VU92	463 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	EIF2AK1	Q9BQI3	630 aa	Known RBP	9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	GBP3	Q9H0R5	595 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	IKZF4	Q9H2S9	585 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	BCR	P11274	1271 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	SLC9A1	P19634	815 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	SPP2	Q13103	211 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ANGEL2	Q5VTE6	544 aa	Known RBP	9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	SFR1	Q86XK3	245 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC65	Q8IXS2	484 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	CLEC4D	Q8WXI8	215 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	MKNK1	Q9BUB5	465 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	NAGPA	Q9UK23	515 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	DAAM1	Q9Y4D1	1078 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	CASP8AP2	Q9UKL3	1982 aa		9.62	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ADGRA2	Q96PE1	1338 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	CLRN2	A0PK11	232 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	DDX3X	O00571	662 aa	Known RBP eCLIP	9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	IRF6	O14896	467 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ACTN2	P35609	894 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	CASP4	P49662	377 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	FOXR1	Q6PIV2	292 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	GSPT2	Q8IYD1	628 aa	Known RBP	9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	CCDC47	Q96A33	483 aa	Known RBP	9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ST6GALNAC4	Q9H4F1	302 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	KCND2	Q9NZV8	630 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	TSKS	Q9UJT2	592 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	MACROD2	A1Z1Q3	448 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	DDX3Y	O15523	660 aa	Known RBP	9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ERLIN1	O75477	346 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	GFPT2	O94808	682 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	HLA-DOA	P06340	250 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ACTN1	P12814	892 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	GUCY2C	P25092	1073 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	MCM3	P25205	808 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	GGCX	P38435	758 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	MYBPC2	Q14324	1141 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	TBC1D10B	Q4KMP7	808 aa	Predicted RBP	9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	LSM14B	Q9BX40	385 aa	Known RBP	9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	STIM2	Q9P246	746 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	TCP10L2	B9ZVM9	353 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	PALM	O75781	387 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	STBD1	O95210	358 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	LYPLA2	O95372	231 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	SFMBT2	Q5VUG0	894 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	LBX2	Q6XYB7	198 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF720	Q7Z2F6	126 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	USP38	Q8NB14	1042 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	MS4A14	Q96JA4	679 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	CSRNP1	Q96S65	589 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	KIAA1683	Q9H0B3	1180 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	EPB41L4B	Q9H329	900 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	LCMT1	Q9UIC8	334 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	KCNH4	Q9UQ05	1017 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	MTMR7	Q9Y216	660 aa		9.61	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	RNF40	O75150	1001 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ICA1	Q05084	483 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	KIF22	Q14807	665 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	NIPA1	Q7RTP0	329 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	TBC1D5	Q92609	795 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	GLIS2	Q9BZE0	524 aa	Predicted RBP	9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ATXN2	Q99700	1313 aa	Known RBP	9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ZNF233	A6NK53	670 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ZEB2	O60315	1214 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM153B	P0C7A2	387 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	MAPT	P10636	758 aa	Known RBP	9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ECE1	P42892	770 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	CACNB1	Q02641	598 aa	Predicted RBP	9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	ADAM9	Q13443	819 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM153C	Q494X1	144 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	EMB	Q6PCB8	327 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	KIAA1328	Q86T90	577 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	FBXO11	Q86XK2	927 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	COL20A1	Q9P218	1284 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	FRMD4A	Q9P2Q2	1039 aa	Predicted RBP	9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	FAM153A	Q9UHL3	310 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	IGSF9B	Q9UPX0	1349 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	TESPA1	A2RU30	521 aa	Predicted RBP	9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912		F8VZ95	297 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	MAPK13	O15264	365 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	POLR3G	O15318	223 aa	Predicted RBP	9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	TP73	O15350	636 aa		9.6	□□□□□ -0.87
SYNE1-215	ENST00000460912	TACC1	O75410	805 aa		9.6	□□□□□ -0.87

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