RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	CDC37	Q16543	378 aa	Predicted RBP	10.02	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	DGKD	Q16760	1214 aa		10.02	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	KIAA0753	Q2KHM9	967 aa		10.02	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	LEXM	Q3ZCV2	418 aa		10.02	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	ASPRV1	Q53RT3	343 aa		10.02	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	VASH1	Q7L8A9	365 aa	Predicted RBP	10.02	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	ZBTB33	Q86T24	672 aa		10.02	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	SESTD1	Q86VW0	696 aa		10.02	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	DHX37	Q8IY37	1157 aa	Known RBP	10.02	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	ZNF654	Q8IZM8	581 aa		10.02	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	MYOCD	Q8IZQ8	938 aa		10.02	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	FANCB	Q8NB91	859 aa		10.02	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	SYTL5	Q8TDW5	730 aa	Predicted RBP	10.02	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	ZSCAN31	Q96LW9	406 aa	Predicted RBP	10.02	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	RMDN3	Q96TC7	470 aa		10.02	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	MAP3K14	Q99558	947 aa		10.02	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	VAT1L	Q9HCJ6	419 aa		10.02	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	RBM28	Q9NW13	759 aa	Known RBP	10.02	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	PNMA2	Q9UL42	364 aa		10.02	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	TTC3	P53804	2025 aa		10.02	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	WDR81	Q562E7	1941 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	GOLGA8A	A7E2F4	631 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	GOLGA8B	A8MQT2	603 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	KLRF2	D3W0D1	207 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520		H3BQ06	376 aa	Predicted RBP	10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	DDAH1	O94760	285 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	UPP2	O95045	317 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	PARN	O95453	639 aa	Known RBP	10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	GRM5	P41594	1212 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	METAP2	P50579	478 aa	Known RBP eCLIP	10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	TRAF1	Q13077	416 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	PTK7	Q13308	1070 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	MBTPS1	Q14703	1052 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	TRIM71	Q2Q1W2	868 aa	Known RBP	10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	ARHGEF16	Q5VV41	709 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	SGMS1	Q86VZ5	419 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	FBXL16	Q8N461	479 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	BANK1	Q8NDB2	785 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	DBF4B	Q8NFT6	615 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	NSUN6	Q8TEA1	469 aa	Known RBP	10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	ZNF274	Q96GC6	653 aa	Predicted RBP	10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	SLK	Q9H2G2	1235 aa	Predicted RBP	10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	DDX41	Q9UJV9	622 aa	Known RBP	10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	INSL6	Q9Y581	213 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	MRVI1	Q9Y6F6	885 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	ABCB11	O95342	1321 aa		10.01	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	FNDC1	Q4ZHG4	1894 aa	Predicted RBP	10	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	KMT2E	Q8IZD2	1858 aa		10	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	TECTA	O75443	2155 aa		10	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	PRR33	A8MZF0	331 aa		10	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	EFCAB14	O75071	495 aa		10	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	LGR5	O75473	907 aa		10	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	CFB	P00751	764 aa		10	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	SNHG28	P0DPA3	235 aa		10	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	MYCL	P12524	364 aa	Predicted RBP	10	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	TIMP2	P16035	220 aa		10	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	FSHR	P23945	695 aa		10	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	THPO	P40225	353 aa		10	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	AK2	P54819	239 aa		10	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	WDR4	P57081	412 aa	Known RBP	10	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	RBL2	Q08999	1139 aa		10	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	STK3	Q13188	491 aa		10	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	RTN1	Q16799	776 aa		10	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	MICU3	Q86XE3	530 aa		10	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	ADGRF4	Q8IZF3	695 aa		10	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	RGS22	Q8NE09	1264 aa		10	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	IL17RA	Q96F46	866 aa		10	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	KATNAL1	Q9BW62	490 aa		10	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	LIMCH1	Q9UPQ0	1083 aa		10	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	MYH9	P35579	1960 aa	Known RBP	10	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	HAS3	O00219	553 aa		9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	CDKL5	O76039	1030 aa		9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	AMH	P03971	560 aa		9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	NR3C2	P08235	984 aa		9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	ALAD	P13716	330 aa		9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	PDIA3	P30101	505 aa	Known RBP	9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	RCAN1	P53805	252 aa		9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	CCT2	P78371	535 aa	Known RBP	9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	TROAP	Q12815	778 aa		9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	GPM6B	Q13491	265 aa		9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	LAMC2	Q13753	1193 aa		9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	GRM4	Q14833	912 aa		9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	QRICH1	Q2TAL8	776 aa		9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	EPC2	Q52LR7	807 aa		9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	APOA5	Q6Q788	366 aa		9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	FBXO11	Q86XK2	927 aa		9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	MCF2L2	Q86YR7	1114 aa		9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	CCDC82	Q8N4S0	544 aa		9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	MRPL38	Q96DV4	380 aa	Known RBP	9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	RRP36	Q96EU6	259 aa	Known RBP	9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	IWS1	Q96ST2	819 aa		9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	OCSTAMP	Q9BR26	566 aa		9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	MYL10	Q9BUA6	226 aa		9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	OSBPL7	Q9BZF2	842 aa		9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	SENP2	Q9HC62	589 aa		9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	PXMP2	Q9NR77	195 aa		9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	SEC63	Q9UGP8	760 aa	Known RBP	9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	CDV3	Q9UKY7	258 aa	Known RBP	9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	BRPF3	Q9ULD4	1205 aa		9.99	□□□□□ -0.81
USP4-213	ENST00000488520	PALM3	A6NDB9	673 aa	Predicted RBP	9.98	□□□□□ -0.81

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