RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000544550.5

SNHG1-220, Transcript of small nucleolar RNA host gene 1, human

TSL 2

Gene SNHG1, Length 636 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SNHG1-220	ENST00000544550	TNP2	Q05952	138 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	TFCP2	Q12800	502 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	BFSP2	Q13515	415 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	ENOX2	Q16206	610 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	CCDC158	Q5M9N0	1113 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	TTC39A	Q5SRH9	613 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	ZNF385C	Q66K41	422 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	PDE12	Q6L8Q7	609 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	PI16	Q6UXB8	463 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	RIPOR1	Q6ZS17	1223 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	ARMCX2	Q7L311	632 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	TLK2	Q86UE8	772 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	TRIM22	Q8IYM9	498 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	ANKRD35	Q8N283	1001 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	FBXL6	Q8N531	539 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	PABPC5	Q96DU9	382 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	MRPL38	Q96DV4	380 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	SAMD11	Q96NU1	681 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	RAD9A	Q99638	391 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	NUCKS1	Q9H1E3	243 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	PRKRIP1	Q9H875	184 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	SUGCT	Q9HAC7	445 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	BRD7	Q9NPI1	651 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	NDFIP2	Q9NV92	336 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	SWAP70	Q9UH65	585 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	FBXO40	Q9UH90	709 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	MUTYH	Q9UIF7	546 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	ZNF214	Q9UL59	606 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	PPP1R9A	Q9ULJ8	1098 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	PA2G4	Q9UQ80	394 aa	Known RBP	4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	TMX2	Q9Y320	296 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	CTDP1	Q9Y5B0	961 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	PIEZO1	Q92508	2521 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	DNAJC25-GNG10	A0A024R161	153 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	ASB14	A6NK59	587 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550		H3BQ06	376 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550		K7ELQ4	463 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	ATP2A1	O14983	1001 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	ADCY6	O43306	1168 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	ARHGEF15	O94989	841 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	NEFL	P07196	543 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	CYP7A1	P22680	504 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	MAPK8	P45983	427 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	PTPN11	Q06124	597 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	GABPA	Q06546	454 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	LAMC2	Q13753	1193 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	SMAD2	Q15796	467 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	MCTP2	Q6DN12	878 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	SNRNP48	Q6IEG0	339 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	ADGRA1	Q86SQ6	560 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	CCDC144CP	Q8IYA2	1237 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	SPICE1	Q8N0Z3	855 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	GALNT6	Q8NCL4	622 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	TTC16	Q8NEE8	873 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	CHST13	Q8NET6	341 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	VWCE	Q96DN2	955 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	CNTNAP3B	Q96NU0	1288 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	CNTNAP3	Q9BZ76	1288 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	DNAJC25	Q9H1X3	360 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	NSUN3	Q9H649	340 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	KIAA1522	Q9P206	1035 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	MTUS1	Q9ULD2	1270 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	GRIN2D	O15399	1336 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	CACNA1F	O60840	1977 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	SIPA1L1	O43166	1804 aa		4.9	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	MUC6	Q6W4X9	2439 aa		4.9	□□□□□ -1.62
SNHG1-220	ENST00000544550	C11orf97	A0A1B0GVM6	126 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	ABHD14A-ACY1	A0A1B0GW23	586 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	LCHN	A4D1U4	455 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	LINC01553	A4QN01	128 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	PRR23A	A6NEV1	266 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	DYNC1LI2	O43237	492 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	SRGAP3	O43295	1099 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	BNIP3L	O60238	219 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	ZBED4	O75132	1171 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	XYLB	O75191	536 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	PRPF40A	O75400	957 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	TNFRSF21	O75509	655 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	GJB5	O95377	273 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	CYP2E1	P05181	493 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	MAPT	P10636	758 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	CYP2C9	P11712	490 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	CPT1A	P50416	773 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	PLCD1	P51178	756 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	OAZ1	P54368	228 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	WDR5	P61964	334 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	DYNLL1	P63167	89 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	ZXDA	P98168	799 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	FGD1	P98174	961 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	SFSWAP	Q12872	951 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	ORC1	Q13415	861 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	SMAD4	Q13485	552 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	BRDT	Q58F21	947 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	KIAA1755	Q5JYT7	1200 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	IQSEC1	Q6DN90	963 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	NFRKB	Q6P4R8	1299 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	CNKSR3	Q6P9H4	555 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	EP400NL	Q6ZTU2	488 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	ZNF438	Q7Z4V0	828 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SNHG1-220	ENST00000544550	MIGA1	Q8NAN2	632 aa		4.9	□□□□□ -1.63

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 32 ms