RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000466048.6

USP54-210, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

TSL 5

Gene USP54, Length 4,674 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-210ENST00000466048 CPVLQ9H3G5 476 aa8.41□□□□□ -1.06
USP54-210ENST00000466048 MAP3K20Q9NYL2 800 aaKnown RBP8.41□□□□□ -1.06
USP54-210ENST00000466048 NOL12Q9UGY1 213 aaKnown RBP eCLIP8.41□□□□□ -1.06
USP54-210ENST00000466048 SLC35G1Q2M3R5 365 aa8.4□□□□□ -1.06
USP54-210ENST00000466048 TTBK2Q6IQ55 1244 aa8.4□□□□□ -1.06
USP54-210ENST00000466048 SYT10Q6XYQ8 523 aa8.4□□□□□ -1.06
USP54-210ENST00000466048 FAM20AQ96MK3 541 aa8.4□□□□□ -1.06
USP54-210ENST00000466048 MMP19Q99542 508 aa8.4□□□□□ -1.06
USP54-210ENST00000466048 GREB1LQ9C091 1923 aaPredicted RBP8.4□□□□□ -1.06
USP54-210ENST00000466048 NDUFAB1O14561 156 aa8.4□□□□□ -1.06
USP54-210ENST00000466048 FOXN1O15353 648 aa8.4□□□□□ -1.06
USP54-210ENST00000466048 PLCG1P19174 1290 aa8.4□□□□□ -1.06
USP54-210ENST00000466048 EEF1GP26641 437 aaKnown RBP8.4□□□□□ -1.06
USP54-210ENST00000466048 SH3BP5LQ7L8J4 393 aa8.4□□□□□ -1.06
USP54-210ENST00000466048 GRAMD1CQ8IYS0 662 aa8.4□□□□□ -1.06
USP54-210ENST00000466048 GPR161Q8N6U8 529 aaKnown RBP8.4□□□□□ -1.06
USP54-210ENST00000466048 GPRC5AQ8NFJ5 357 aa8.4□□□□□ -1.06
USP54-210ENST00000466048 CCDC113Q9H0I3 377 aa8.4□□□□□ -1.06
USP54-210ENST00000466048 TMEM60Q9H2L4 133 aa8.4□□□□□ -1.06
USP54-210ENST00000466048 THAP9Q9H5L6 903 aa8.4□□□□□ -1.06
USP54-210ENST00000466048 KBTBD4Q9NVX7 518 aa8.4□□□□□ -1.06
USP54-210ENST00000466048 STIM2Q9P246 746 aa8.4□□□□□ -1.06
USP54-210ENST00000466048 BCCIPQ9P287 314 aaKnown RBP eCLIP8.4□□□□□ -1.06
USP54-210ENST00000466048 PCDHA12Q9UN75 941 aa8.4□□□□□ -1.06
USP54-210ENST00000466048 KIF1CO43896 1103 aaKnown RBP8.4□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 RHOBTB3O94955 611 aa8.4□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 RPLP2P05387 115 aaKnown RBP8.4□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 IGSF22Q8N9C0 903 aa8.4□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 CEP63Q96MT8 703 aa8.4□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 MTMR9Q96QG7 549 aa8.4□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 DNAJC18Q9H819 358 aa8.4□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 RNF146Q9NTX7 359 aa8.4□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 MYH4Q9Y623 1939 aa8.4□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 ARHGEF37A1IGU5 675 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 MAPK4P31152 587 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 CAP2P40123 477 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 PPATQ06203 517 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 PPFIA1Q13136 1202 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 TTLL4Q14679 1199 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 SNRNP48Q6IEG0 339 aaKnown RBP8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 EFCAB13Q8IY85 973 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 NEK9Q8TD19 979 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 TRIM47Q96LD4 638 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 TMEM260Q9NX78 707 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 GINS2Q9Y248 185 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 CYP3A7-CYP3A51PA0A087WV96 503 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 KRT86O43790 486 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 TACC1O75410 805 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 CYP3A7P24462 503 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 OAS2P29728 719 aaKnown RBP8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 CLK2P49760 499 aaKnown RBP8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 TSNAXIP1Q2TAA8 658 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 CACNA2D4Q7Z3S7 1137 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 CPLX4Q7Z7G2 160 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 CNGA4Q8IV77 575 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 LARP4BQ92615 738 aaKnown RBP8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 TACO1Q9BSH4 297 aaKnown RBP8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 BLZF1Q9H2G9 400 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 RPAP3Q9H6T3 665 aaPredicted RBP8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 KCND1Q9NSA2 647 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 SAMD15Q9P1V8 674 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 FEZ2Q9UHY8 353 aaPredicted RBP8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 TRPC6Q9Y210 931 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 TLR3O15455 904 aaKnown RBP8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 PHACTR2O75167 634 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 ZNF18P17022 549 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 CUL4BQ13620 913 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 FAM83BQ5T0W9 1011 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 NCAPH2Q6IBW4 605 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 CACTINQ8WUQ7 758 aaKnown RBP8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 NUDT12Q9BQG2 462 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 ADPGKQ9BRR6 497 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 MROH8Q9H579 483 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 N4BP3O15049 544 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 ZNF280AP59817 542 aaPredicted RBP8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 IL17AQ16552 155 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 COBLL1Q53SF7 1204 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 ELMSAN1Q6PJG2 1045 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 UNC13DQ70J99 1090 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 CACNA2D3Q8IZS8 1091 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 DDX55Q8NHQ9 600 aaKnown RBP eCLIP8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 RAD54LQ92698 747 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 RPGRIP1Q96KN7 1286 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 TRIM6Q9C030 488 aaPredicted RBP8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 KCNF1Q9H3M0 494 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 MED4Q9NPJ6 270 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 JADE2Q9NQC1 790 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 TBC1D22BQ9NU19 505 aa8.39□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 A0A087WWV3 80 aa8.38□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 A0A087X0B3 334 aa8.38□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 PPP1R3GB7ZBB8 358 aa8.38□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 PIK3CDO00329 1044 aa8.38□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 ARHGAP6O43182 974 aa8.38□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 XPOTO43592 962 aaKnown RBP8.38□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 CHMP2AO43633 222 aa8.38□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 JAK3P52333 1124 aa8.38□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 HMGCS2P54868 508 aa8.38□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 ATP11AP98196 1134 aa8.38□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 ELF2Q15723 593 aa8.38□□□□□ -1.07
USP54-210ENST00000466048 UBE2SQ16763 222 aa8.38□□□□□ -1.07
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 21.5 ms