RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555995.1

CCDC88C-210, Transcript of coiled-coil domain containing 88C, humanhuman

TSL 3

Gene CCDC88C, Length 689 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88C-210ENST00000555995 TBC1D22BQ9NU19 505 aa23.46■■□□□ 1.35
CCDC88C-210ENST00000555995 IGLV3-22A0A075B6J6 115 aa23.45■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 FAM86B1E9PN63 330 aa23.45■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 CAND2O75155 1236 aa23.45■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 FGBP02675 491 aa23.45■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 FAM86B2P0C5J1 330 aa23.45■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 ARP10275 920 aa23.45■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 ACTN1P12814 892 aa23.45■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 SELPP16109 830 aa23.45■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 ME3Q16798 604 aa23.45■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 CYP2W1Q8TAV3 490 aa23.45■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 RASGRP4Q8TDF6 673 aa23.45■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 PPP1R13LQ8WUF5 828 aa23.45■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 HERVK_113Q902F9 699 aa23.45■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 GLG1Q92896 1179 aa23.45■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 ORC3Q9UBD5 711 aaPredicted RBP23.45■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 NRCAMQ92823 1304 aa23.44■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 GSTTP1A0A1W2PQM5 241 aa23.44■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 IPO5O00410 1097 aaKnown RBP23.44■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 IQCF3P0C7M6 154 aa23.44■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 RBM25P49756 843 aaKnown RBP23.44■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 SLC26A2P50443 739 aa23.44■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 ZNF365Q70YC5 407 aa23.44■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 KRT25Q7Z3Z0 450 aa23.44■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 TRIM50Q86XT4 487 aa23.44■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 ATP6V0A1Q93050 837 aa23.44■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 SCLYQ96I15 445 aa23.44■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 CTAGE1Q96RT6 745 aa23.44■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 ZNF577Q9BSK1 485 aa23.44■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 BRMS1Q9HCU9 246 aa23.44■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 LIMCH1Q9UPQ0 1083 aa23.44■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 HSFX4A0A1B0GTS1 333 aaPredicted RBP23.43■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 HSFX3A0A1B0GWH4 333 aaPredicted RBP23.43■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 LGR5O75473 907 aa23.43■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 RPLP2P05387 115 aaKnown RBP23.43■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 ACRP10323 421 aa23.43■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 ACTR2P61160 394 aa23.43■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 ITGB3BPQ13352 177 aaPredicted RBP23.43■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 NONOQ15233 471 aaKnown RBP eCLIP23.43■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 LRRC8DQ7L1W4 858 aa23.43■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 SERINC5Q86VE9 423 aa23.43■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 PHF20Q9BVI0 1012 aa23.43■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 SCN5AQ14524 2016 aa23.43■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 TMEM265A0A087WTH1 108 aa23.42■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 KRT76Q01546 638 aa23.42■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 PRR16Q569H4 304 aa23.42■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 RASIP1Q5U651 963 aa23.42■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 FAM109BQ6ICB4 259 aaPredicted RBP23.42■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 MOXD1Q6UVY6 613 aa23.42■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 C16orf59Q7L2K0 433 aa23.42■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 TBCKQ8TEA7 893 aa23.42■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 ZSCAN31Q96LW9 406 aaPredicted RBP23.42■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 RNPEPQ9H4A4 650 aa23.42■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 SH2B1Q9NRF2 756 aaPredicted RBP23.42■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 CCDC194A0A1B0GVG4 234 aa23.41■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 CKBP12277 381 aa23.41■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 FAM160B1Q5W0V3 765 aa23.41■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 ZNF746Q6NUN9 644 aaPredicted RBP23.41■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 PLPPR4Q7Z2D5 763 aa23.41■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 SMAP1Q8IYB5 467 aaPredicted RBP23.41■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 NECAB1Q8N987 351 aa23.41■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 DHX38Q92620 1227 aaKnown RBP23.41■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 AIFM3Q96NN9 605 aa23.41■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 NAP1L4Q99733 375 aaKnown RBP23.41■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 RRN3P2A6NIE6 340 aa23.4■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 M0R2N6 131 aa23.4■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 ATG7O95352 703 aa23.4■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 LARGE1O95461 756 aa23.4■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 CTDNEP1O95476 244 aa23.4■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 PPFIA1Q13136 1202 aa23.4■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 TRIM29Q14134 588 aa23.4■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 RABEP1Q15276 862 aa23.4■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 MIS18BP1Q6P0N0 1132 aa23.4■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 TAF2Q6P1X5 1199 aa23.4■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 DEFB128Q7Z7B8 93 aa23.4■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 NSUN7Q8NE18 718 aaKnown RBP23.4■■□□□ 1.34
CCDC88C-210ENST00000555995 ADAMTS3O15072 1205 aa23.39■■□□□ 1.33
CCDC88C-210ENST00000555995 BAIAP3O94812 1187 aa23.39■■□□□ 1.33
CCDC88C-210ENST00000555995 STAT5BP51692 787 aa23.39■■□□□ 1.33
CCDC88C-210ENST00000555995 NPY5RQ15761 445 aa23.39■■□□□ 1.33
CCDC88C-210ENST00000555995 TRIM71Q2Q1W2 868 aaKnown RBP23.39■■□□□ 1.33
CCDC88C-210ENST00000555995 ZNF697Q5TEC3 545 aa23.39■■□□□ 1.33
CCDC88C-210ENST00000555995 LMBR1Q8WVP7 490 aa23.39■■□□□ 1.33
CCDC88C-210ENST00000555995 LLPHQ9BRT6 129 aaKnown RBP23.39■■□□□ 1.33
CCDC88C-210ENST00000555995 FTOQ9C0B1 505 aaKnown RBP eCLIP23.39■■□□□ 1.33
CCDC88C-210ENST00000555995 SETD4Q9NVD3 440 aa23.39■■□□□ 1.33
CCDC88C-210ENST00000555995 MYH9P35579 1960 aaKnown RBP23.39■■□□□ 1.33
CCDC88C-210ENST00000555995 ZBBXA8MT70 800 aa23.38■■□□□ 1.33
CCDC88C-210ENST00000555995 BACH1O14867 736 aa23.38■■□□□ 1.33
CCDC88C-210ENST00000555995 ST18O60284 1047 aa23.38■■□□□ 1.33
CCDC88C-210ENST00000555995 GCFC2P16383 781 aaKnown RBP23.38■■□□□ 1.33
CCDC88C-210ENST00000555995 ZNF200P98182 395 aaPredicted RBP23.38■■□□□ 1.33
CCDC88C-210ENST00000555995 Q4G0T1 1027 aa23.38■■□□□ 1.33
CCDC88C-210ENST00000555995 OTOP2Q7RTS6 562 aa23.38■■□□□ 1.33
CCDC88C-210ENST00000555995 RSPH3Q86UC2 560 aa23.38■■□□□ 1.33
CCDC88C-210ENST00000555995 RIT2Q99578 217 aa23.38■■□□□ 1.33
CCDC88C-210ENST00000555995 KCNJ14Q9UNX9 436 aa23.38■■□□□ 1.33
CCDC88C-210ENST00000555995 TELO2Q9Y4R8 837 aa23.38■■□□□ 1.33
CCDC88C-210ENST00000555995 SLC4A7Q9Y6M7 1214 aa23.38■■□□□ 1.33
CCDC88C-210ENST00000555995 LAMA3Q16787 3333 aa23.38■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 39.2 ms