RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000597172.5

TRIM28-208, Transcript of tripartite motif containing 28, human

TSL 2

Gene TRIM28, Length 577 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRIM28-208	ENST00000597172	PHF20	Q9BVI0	1012 aa		10.84	□□□□□ -0.67
TRIM28-208	ENST00000597172	SH3GLB2	Q9NR46	395 aa		10.84	□□□□□ -0.67
TRIM28-208	ENST00000597172	CHMP5	Q9NZZ3	219 aa		10.84	□□□□□ -0.67
TRIM28-208	ENST00000597172	SEC63	Q9UGP8	760 aa	Known RBP	10.84	□□□□□ -0.67
TRIM28-208	ENST00000597172	KIF3A	Q9Y496	699 aa		10.84	□□□□□ -0.67
TRIM28-208	ENST00000597172	BAZ2B	Q9UIF8	2168 aa	Known RBP	10.84	□□□□□ -0.67
TRIM28-208	ENST00000597172	TECTA	O75443	2155 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	ZBED4	O75132	1171 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	CNMD	O75829	334 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	IGHA2	P01877	340 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	ICAM1	P05362	532 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	MYOG	P15173	224 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	PTPRE	P23469	700 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	TMEM132B	Q14DG7	1078 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	WDR78	Q5VTH9	848 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	FOXD4L5	Q5VV16	416 aa	Predicted RBP	10.83	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	FBXO11	Q86XK2	927 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	OXER1	Q8TDS5	423 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	GTF3C2	Q8WUA4	911 aa	Predicted RBP	10.83	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	FOXD4L4	Q8WXT5	416 aa	Predicted RBP	10.83	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	AGBL1	Q96MI9	1066 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	AMN	Q9BXJ7	453 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	RAVER2	Q9HCJ3	691 aa	Known RBP	10.83	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	TBX21	Q9UL17	535 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	PCDHA1	Q9Y5I3	950 aa		10.83	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	VPS37C	A5D8V6	355 aa	Predicted RBP	10.82	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	SMCO2	A6NFE2	343 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	KIF28P	B7ZC32	967 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172		H3BQV1	296 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	hCG_1984214	I3L0E3	225 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172		M0R2N6	131 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	OPLAH	O14841	1288 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	ATP2A1	O14983	1001 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	RGS20	O76081	388 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	MMP1	P03956	469 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	ZSCAN22	P10073	491 aa	Predicted RBP	10.82	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	FDX1	P10109	184 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	PDIA4	P13667	645 aa	Known RBP	10.82	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	CCNA1	P78396	465 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	NUCB2	P80303	420 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	LBX2	Q6XYB7	198 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	ZNF713	Q8N859	430 aa	Predicted RBP	10.82	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	ZMYND12	Q9H0C1	365 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	CERS4	Q9HA82	394 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	BTBD7	Q9P203	1132 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	PCDHA11	Q9Y5I1	949 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	WDR87	Q6ZQQ6	2873 aa		10.82	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172		A0A1W2PQ45	241 aa	Predicted RBP	10.81	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172		A0A1W2PQY0	241 aa		10.81	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	BTBD18	B2RXH4	712 aa		10.81	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	FGB	P02675	491 aa		10.81	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	XBP1	P17861	261 aa		10.81	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	NAPA	P54920	295 aa		10.81	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	NLRP5	P59047	1200 aa		10.81	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	REST	Q13127	1097 aa		10.81	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	TRIM29	Q14134	588 aa		10.81	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	USH1G	Q495M9	461 aa		10.81	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	FERMT3	Q86UX7	667 aa		10.81	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	CPXCR1	Q8N123	301 aa		10.81	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	FAM177A1	Q8N128	213 aa	Predicted RBP	10.81	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	TBC1D5	Q92609	795 aa		10.81	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	TNFRSF25	Q93038	417 aa		10.81	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	PRRX2	Q99811	253 aa		10.81	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	IL23A	Q9NPF7	189 aa		10.81	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	ZNF214	Q9UL59	606 aa	Predicted RBP	10.81	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	RIPK3	Q9Y572	518 aa		10.81	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	IVNS1ABP	Q9Y6Y0	642 aa		10.81	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	ESYT2	A0FGR8	921 aa		10.8	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	EPOP	A6NHQ4	379 aa		10.8	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	F13A1	P00488	732 aa		10.8	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	U2AF2	P26368	475 aa	Known RBP eCLIP	10.8	□□□□□ -0.68	7e-13	■■■□□ 18.7
TRIM28-208	ENST00000597172	STAT3	P40763	770 aa		10.8	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	OAZ1	P54368	228 aa		10.8	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	NR5A1	Q13285	461 aa		10.8	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	GRB14	Q14449	540 aa		10.8	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	EARS2	Q5JPH6	523 aa	Known RBP	10.8	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	PRAMEF19	Q5SWL8	479 aa		10.8	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	IER5L	Q5T953	404 aa		10.8	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	OLFML2B	Q68BL8	750 aa		10.8	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	PPP1R18	Q6NYC8	613 aa		10.8	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	RNF180	Q86T96	592 aa		10.8	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	DIS3L2	Q8IYB7	885 aa	Known RBP	10.8	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	MB21D1	Q8N884	522 aa		10.8	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	DAGLB	Q8NCG7	672 aa		10.8	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	CLEC4D	Q8WXI8	215 aa		10.8	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	RIC8A	Q9NPQ8	531 aa		10.8	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	XPNPEP3	Q9NQH7	507 aa		10.8	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	CCPG1	Q9ULG6	757 aa		10.8	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	PCDHA4	Q9UN74	947 aa		10.8	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172		A0A0G2JMZ2	1700 aa		10.8	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	MAP1B	P46821	2468 aa	Known RBP	10.8	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	ABCB11	O95342	1321 aa		10.8	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	PARP14	Q460N5	1801 aa		10.79	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	MEIS2	O14770	477 aa		10.79	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	ALAS1	P13196	640 aa		10.79	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	CALML3	P27482	149 aa		10.79	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	KRT2	P35908	639 aa		10.79	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	ID4	P47928	161 aa		10.79	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	CLK2	P49760	499 aa	Known RBP	10.79	□□□□□ -0.68
TRIM28-208	ENST00000597172	TCF15	Q12870	199 aa		10.79	□□□□□ -0.68

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