RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000544989.1

HDAC4-216, Transcript of histone deacetylase 4, human

TSL 5

Gene HDAC4, Length 342 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
HDAC4-216	ENST00000544989	ALDH8A1	Q9H2A2	487 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	BARHL2	Q9NY43	387 aa		13.56	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989		V9GY48	417 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	CDH23	Q9H251	3354 aa		13.55	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	MAFG	O15525	162 aa		13.55	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	PPFIA4	O75335	1185 aa		13.55	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	RGS20	O76081	388 aa		13.55	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	ADCY7	P51828	1080 aa		13.55	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	WWC2	Q6AWC2	1192 aa		13.55	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	MFSD5	Q6N075	450 aa		13.55	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	IL31RA	Q8NI17	732 aa		13.55	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	GPRASP2	Q96D09	838 aa		13.55	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	SENP7	Q9BQF6	1050 aa		13.55	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	MLXIP	Q9HAP2	919 aa		13.55	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	RIC8A	Q9NPQ8	531 aa		13.55	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	SPATA31C2	B4DYI2	1134 aa		13.54	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	PRPF3	O43395	683 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	GGPS1	O95749	300 aa		13.54	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	HOXD8	P13378	290 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	SCG2	P13521	617 aa		13.54	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	CPA1	P15085	419 aa		13.54	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	PTGS1	P23219	599 aa		13.54	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	CDC27	P30260	824 aa		13.54	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	PSMC6	P62333	389 aa		13.54	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	AP3B2	Q13367	1082 aa		13.54	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	PFKFB3	Q16875	520 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	NBPF20	Q3BBV1	942 aa		13.54	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	MYSM1	Q5VVJ2	828 aa		13.54	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	CPLX2	Q6PUV4	134 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	SESTD1	Q86VW0	696 aa		13.54	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	GPKOW	Q92917	476 aa	Predicted RBP eCLIP	13.54	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	ZNF274	Q96GC6	653 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	SPATA33	Q96N06	139 aa		13.54	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	HIPK3	Q9H422	1215 aa		13.54	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	FAM217B	Q9NTX9	383 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	LTBP2	Q14767	1821 aa		13.54	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	GRIN2D	O15399	1336 aa		13.54	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	SCN10A	Q9Y5Y9	1956 aa		13.54	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	hCG_1642624	A0A1W2PR95	340 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	ESYT2	A0FGR8	921 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	STXBP3	O00186	592 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	NOP56	O00567	594 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	B4GALT4	O60513	344 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	UBA1	P22314	1058 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	GNA11	P29992	359 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	ADD1	P35611	737 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	MRPS9	P82933	396 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	ANKRD1	Q15327	319 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	FAM47C	Q5HY64	1035 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	METTL7B	Q6UX53	244 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	TRIM22	Q8IYM9	498 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	FAM177A1	Q8N128	213 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	CCDC155	Q8N6L0	562 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	CCDC148	Q8NFR7	591 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	BICD2	Q8TD16	824 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	RNF26	Q9BY78	433 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	PDRG1	Q9NUG6	133 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	MTMR10	Q9NXD2	777 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	PCDHA6	Q9UN73	950 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	NOD1	Q9Y239	953 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	PCDHA8	Q9Y5H6	950 aa		13.53	□□□□□ -0.24
HDAC4-216	ENST00000544989	SMCO2	A6NFE2	343 aa		13.52	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	CPLX1	O14810	134 aa		13.52	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	F2	P00734	622 aa		13.52	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	IFNAR1	P17181	557 aa		13.52	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	ITGB8	P26012	769 aa		13.52	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	PDIA3	P30101	505 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	BFSP2	Q13515	415 aa		13.52	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	PSRC1	Q6PGN9	363 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	RPUSD2	Q8IZ73	545 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	NOC4L	Q9BVI4	516 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	COL25A1	Q9BXS0	654 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	TRPV6	Q9H1D0	765 aa		13.52	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	MTIF3	Q9H2K0	278 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	C6orf50	Q9HD87	102 aa		13.52	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	NCOR1	O75376	2440 aa		13.51	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	PITPNM1	O00562	1244 aa		13.51	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	CDKL5	O76039	1030 aa		13.51	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	PFKM	P08237	780 aa		13.51	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	TOB2	Q14106	344 aa	Predicted RBP	13.51	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	MFSD10	Q14728	455 aa		13.51	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	UBE2S	Q16763	222 aa		13.51	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	C7orf31	Q8N865	590 aa		13.51	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	CAGE1	Q8TC20	777 aa		13.51	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	RNPC3	Q96LT9	517 aa	Known RBP	13.51	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	SH3GLB2	Q9NR46	395 aa		13.51	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	RTEL1	Q9NZ71	1219 aa		13.51	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	PARN	O95453	639 aa	Known RBP	13.5	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	RFC2	P35250	354 aa		13.5	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	PSEN2	P49810	448 aa		13.5	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	SP2	Q02086	613 aa		13.5	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	SSRP1	Q08945	709 aa	Known RBP	13.5	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	MTMR1	Q13613	665 aa		13.5	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	SHH	Q15465	462 aa		13.5	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	HSDL1	Q3SXM5	330 aa		13.5	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	CYFIP1	Q7L576	1253 aa		13.5	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	DEFB123	Q8N688	67 aa		13.5	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	RETREG2	Q8NC44	543 aa		13.5	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	KAT2B	Q92831	832 aa		13.5	□□□□□ -0.25
HDAC4-216	ENST00000544989	IL17RA	Q96F46	866 aa		13.5	□□□□□ -0.25

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 24.5 ms