RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	PDE4B	Q07343	736 aa		10.24	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ALX1	Q15699	326 aa		10.24	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	IMMT	Q16891	758 aa	Known RBP	10.24	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	PSRC1	Q6PGN9	363 aa	Predicted RBP	10.24	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	CXCL17	Q6UXB2	119 aa		10.24	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	CCDC144CP	Q8IYA2	1237 aa		10.24	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	IL27	Q8NEV9	243 aa		10.24	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	NECAB3	Q96P71	396 aa	Predicted RBP	10.24	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	UHRF1	Q96T88	793 aa	Predicted RBP	10.24	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	DSCC1	Q9BVC3	393 aa		10.24	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	UPF3A	Q9H1J1	476 aa	Known RBP	10.24	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	SLC28A3	Q9HAS3	691 aa		10.24	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	IL23A	Q9NPF7	189 aa		10.24	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	NYAP2	Q9P242	653 aa		10.24	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ARPP21	Q9UBL0	812 aa	Predicted RBP	10.24	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	YBX2	Q9Y2T7	364 aa	Known RBP	10.24	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	DDX49	Q9Y6V7	483 aa	Known RBP	10.24	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	SCN10A	Q9Y5Y9	1956 aa		10.24	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	CTAGE5	O15320	804 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	PRDM1	O75626	825 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	AVP	P01185	164 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	CD4	P01730	458 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	FGA	P02671	866 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	MYOG	P15173	224 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	MCC	P23508	829 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	TNFAIP2	Q03169	654 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	RAB30	Q15771	203 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	SBK1	Q52WX2	424 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	RNF20	Q5VTR2	975 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ZNF444	Q8N0Y2	327 aa	Predicted RBP	10.23	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	LRRC47	Q8N1G4	583 aa	Known RBP	10.23	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	HERVK_113	Q902F9	699 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	PCMTD1	Q96MG8	357 aa	Predicted RBP	10.23	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	HIPK3	Q9H422	1215 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	UPF2	Q9HAU5	1272 aa	Known RBP	10.23	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	SLC38A10	Q9HBR0	1119 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	TOMM22	Q9NS69	142 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ASTN1	O14525	1302 aa		10.23	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	SI	P14410	1827 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	NLRC5	Q86WI3	1866 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ATP2A1	O14983	1001 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	DYNC1LI2	O43237	492 aa	Predicted RBP	10.22	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	SMPD1	P17405	629 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	TFF2	Q03403	129 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	CTDSPL2	Q05D32	466 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	TRDN	Q13061	729 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ITGA7	Q13683	1181 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	EEPD1	Q7L9B9	569 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	TLK2	Q86UE8	772 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ZNF589	Q86UQ0	364 aa	Predicted RBP	10.22	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	CHST13	Q8NET6	341 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	SCLY	Q96I15	445 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	KATNBL1	Q9H079	304 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	TRPV6	Q9H1D0	765 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	MTIF3	Q9H2K0	278 aa	Known RBP	10.22	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	RNF41	Q9H4P4	317 aa	Predicted RBP	10.22	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	FBXO40	Q9UH90	709 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	FEM1B	Q9UK73	627 aa		10.22	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	KAT6A	Q92794	2004 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ZBBX	A8MT70	800 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520		J3QL48	77 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	RFXAP	O00287	272 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	SIAH2	O43255	324 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	SNAP25	P60880	206 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	PSMC6	P62333	389 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	IK	Q13123	557 aa	Predicted RBP	10.21	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	TMEM63B	Q5T3F8	832 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	VPS53	Q5VIR6	699 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	SLFN13	Q68D06	897 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	MFSD6	Q6ZSS7	791 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	ARMC2	Q8NEN0	867 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	MAP4K1	Q92918	833 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	CEP95	Q96GE4	821 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	AGBL1	Q96MI9	1066 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	AP5M1	Q9H0R1	490 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	CERS4	Q9HA82	394 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	PDGFC	Q9NRA1	345 aa		10.21	□□□□□ -0.77
USP4-213	ENST00000488520	GRIN2D	O15399	1336 aa		10.21	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	IGKV6D-41	A0A0C4DH26	115 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	TMEM232	C9JQI7	657 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	B4GALT4	O60513	344 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	BMP3	P12645	472 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	ALAS1	P13196	640 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	VARS	P26640	1264 aa	Known RBP	10.2	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	KCNQ1	P51787	676 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	PPARA	Q07869	468 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	FSCN1	Q16658	493 aa	Known RBP	10.2	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	DEFB128	Q7Z7B8	93 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	FAM133A	Q8N9E0	248 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	NOC4L	Q9BVI4	516 aa	Known RBP	10.2	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	WNT8A	Q9H1J5	351 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	ACAD9	Q9H845	621 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	EPB41L4A	Q9HCS5	686 aa	Predicted RBP	10.2	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	A1CF	Q9NQ94	594 aa	Known RBP	10.2	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	RNF146	Q9NTX7	359 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	MTMR4	Q9NYA4	1195 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	MTMR7	Q9Y216	660 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	GNE	Q9Y223	722 aa	Known RBP	10.2	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	SLC4A7	Q9Y6M7	1214 aa		10.2	□□□□□ -0.78
USP4-213	ENST00000488520	MICAL3	Q7RTP6	2002 aa		10.19	□□□□□ -0.78

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