RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000427110.6

PTPRC-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type C, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRC, Length 264 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRC-208	ENST00000427110	GORASP1	Q9BQQ3	440 aa		3.59	□□□□□ -1.83
PTPRC-208	ENST00000427110	SPATA9	Q9BWV2	254 aa		3.59	□□□□□ -1.83
PTPRC-208	ENST00000427110	JAM3	Q9BX67	310 aa		3.59	□□□□□ -1.83
PTPRC-208	ENST00000427110	KRTAP4-7	Q9BYR0	210 aa		3.59	□□□□□ -1.83
PTPRC-208	ENST00000427110	RNF38	Q9H0F5	515 aa		3.59	□□□□□ -1.83
PTPRC-208	ENST00000427110	AP5M1	Q9H0R1	490 aa		3.59	□□□□□ -1.83
PTPRC-208	ENST00000427110	ARHGEF4	Q9NR80	690 aa		3.59	□□□□□ -1.83
PTPRC-208	ENST00000427110	TRAV20	A0A0B4J274	112 aa		3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	ZBTB7A	O95365	584 aa		3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	CYP2C8	P10632	490 aa		3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	HSP90AA2P	Q14568	343 aa	Predicted RBP	3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	SLC9A5	Q14940	896 aa		3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	C2orf27A	Q580R0	203 aa		3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	MROH9	Q5TGP6	573 aa		3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	IQCE	Q6IPM2	695 aa		3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	CD300LD	Q6UXZ3	194 aa		3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	ETV3L	Q6ZN32	361 aa		3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	SAPCD2	Q86UD0	394 aa		3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	RBM12B	Q8IXT5	1001 aa	Known RBP	3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110		Q8N1Y9	231 aa		3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	NLGN1	Q8N2Q7	840 aa		3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	ARRDC4	Q8NCT1	418 aa		3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	CPA5	Q8WXQ8	436 aa		3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	KCTD13	Q8WZ19	329 aa		3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	OSBP2	Q969R2	916 aa		3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	ZNF669	Q96BR6	464 aa	Predicted RBP	3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	SGSM3	Q96HU1	749 aa		3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	CDC6	Q99741	560 aa		3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	AARSD1	Q9BTE6	412 aa	Known RBP	3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	PHF20	Q9BVI0	1012 aa		3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	SPATA6	Q9NWH7	488 aa	Predicted RBP	3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	COA3	Q9Y2R0	106 aa	Predicted RBP	3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110		X6R8D5	127 aa		3.58	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	CLSTN1	O94985	981 aa		3.57	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	BUD31	P41223	144 aa	Predicted RBP	3.57	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	MAP4K2	Q12851	820 aa		3.57	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	LSAMP	Q13449	338 aa		3.57	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	NTRK3	Q16288	839 aa		3.57	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	NT5DC1	Q5TFE4	455 aa		3.57	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	STEAP3	Q658P3	488 aa		3.57	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	SDE2	Q6IQ49	451 aa		3.57	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	MIB1	Q86YT6	1006 aa		3.57	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	RIOX2	Q8IUF8	465 aa		3.57	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	SP8	Q8IXZ3	490 aa		3.57	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	LILRB2	Q8N423	598 aa		3.57	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	THAP3	Q8WTV1	239 aa	Predicted RBP	3.57	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	DDX1	Q92499	740 aa	Known RBP	3.57	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	SEC14L1	Q92503	715 aa		3.57	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	APPBP2	Q92624	585 aa		3.57	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	CCDC140	Q96MF4	163 aa		3.57	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	ZSWIM3	Q96MP5	696 aa		3.57	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	KCNJ15	Q99712	375 aa		3.57	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	CDIP1	Q9H305	208 aa		3.57	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	LUC7L	Q9NQ29	371 aa	Known RBP	3.57	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	FANCL	Q9NW38	375 aa		3.57	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	RBPJL	Q9UBG7	517 aa		3.57	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	TBX22	Q9Y458	520 aa		3.57	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	PTCH2	Q9Y6C5	1203 aa		3.57	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	ASXL2	Q76L83	1435 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	TCRBV5S2	A0A599	114 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	ESYT3	A0FGR9	886 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110		B8ZZF3	427 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110		H7BY64	318 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	PRICKLE3	O43900	615 aa	Predicted RBP	3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	FOXD2	O60548	495 aa	Predicted RBP	3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	CDC45	O75419	566 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	PABPC1	P11940	636 aa	Known RBP	3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	COL6A2	P12110	1019 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	SLC6A11	P48066	632 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	KCNC1	P48547	511 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	GTF2A2	P52657	109 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	NFIX	Q14938	502 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	TESK1	Q15569	626 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	CR1L	Q2VPA4	569 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	PHF19	Q5T6S3	580 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	NSMF	Q6X4W1	530 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	FERMT3	Q86UX7	667 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	HOMER1	Q86YM7	354 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	FAM126B	Q8IXS8	530 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	CARF	Q8N187	725 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	ZBTB38	Q8NAP3	1195 aa	Predicted RBP	3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	ZSWIM2	Q8NEG5	633 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	PIP4K2C	Q8TBX8	421 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	PPIL4	Q8WUA2	492 aa	Known RBP eCLIP	3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	RELT	Q969Z4	430 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	RNPC3	Q96LT9	517 aa	Known RBP	3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	YIPF4	Q9BSR8	244 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	C11orf84	Q9BUA3	381 aa	Predicted RBP	3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	KANSL2	Q9H9L4	492 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	PCDHB4	Q9Y5E5	795 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	NPFFR2	Q9Y5X5	522 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	NCAN	O14594	1321 aa		3.55	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	TRBV23-1	A0A0A0MS06	115 aa		3.55	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	PRRG2	O14669	202 aa		3.55	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	HGS	O14964	777 aa	Predicted RBP	3.55	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	SLC27A2	O14975	620 aa		3.55	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	DGKI	O75912	1065 aa		3.55	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	LTF	P02788	710 aa		3.55	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	FAM153B	P0C7A2	387 aa		3.55	□□□□□ -1.84
PTPRC-208	ENST00000427110	THBS2	P35442	1172 aa		3.55	□□□□□ -1.84

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