RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000543658.5

DDB1-223, Transcript of damage specific DNA binding protein 1, human

TSL 4

Gene DDB1, Length 571 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
DDB1-223	ENST00000543658	ERO1A	Q96HE7	468 aa		13.56	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF396	Q96N95	335 aa	Predicted RBP	13.56	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	RMDN3	Q96TC7	470 aa		13.56	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	NUDT12	Q9BQG2	462 aa		13.56	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658		M0R2N6	131 aa		13.55	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	GPR25	O00155	361 aa		13.55	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	FKTN	O75072	461 aa		13.55	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	NCL	P19338	710 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	EIF2AK2	P19525	551 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	ATP2B1	P20020	1258 aa		13.55	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF76	P36508	570 aa		13.55	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	PSMC4	P43686	418 aa		13.55	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	INF2	Q27J81	1249 aa		13.55	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	FOXD4L6	Q3SYB3	417 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	MYSM1	Q5VVJ2	828 aa		13.55	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	FOXD4L3	Q6VB84	417 aa	Predicted RBP	13.55	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	DNER	Q8NFT8	737 aa		13.55	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	NSUN6	Q8TEA1	469 aa	Known RBP	13.55	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	TBCK	Q8TEA7	893 aa		13.55	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	PGK2	P07205	417 aa		13.54	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	HOXD10	P28358	340 aa		13.54	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	CCND2	P30279	289 aa		13.54	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	SREBF1	P36956	1147 aa		13.54	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	RGS2	P41220	211 aa		13.54	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	TRAPPC10	P48553	1259 aa		13.54	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	ALDH5A1	P51649	535 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	UBXN2A	P68543	259 aa		13.54	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	ARHGAP4	P98171	946 aa		13.54	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	GRB14	Q14449	540 aa		13.54	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	LETM2	Q2VYF4	491 aa		13.54	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	TNFRSF25	Q93038	417 aa		13.54	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	TAAR1	Q96RJ0	339 aa		13.54	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	R3HDML	Q9H3Y0	253 aa		13.54	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	PXMP2	Q9NR77	195 aa		13.54	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	CEP131	Q9UPN4	1083 aa		13.54	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	ASB14	A6NK59	587 aa		13.53	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	ADAMTS3	O15072	1205 aa		13.53	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	CCNT1	O60563	726 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	MYCL	P12524	364 aa	Predicted RBP	13.53	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	GCFC2	P16383	781 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	KRT85	P78386	507 aa		13.53	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	CNTN2	Q02246	1040 aa		13.53	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	PDE4D	Q08499	809 aa		13.53	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	MAP2K5	Q13163	448 aa		13.53	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	PGM5	Q15124	567 aa		13.53	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	NOM1	Q5C9Z4	860 aa	Known RBP	13.53	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	TTC38	Q5R3I4	469 aa		13.53	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	CD99L2	Q8TCZ2	262 aa		13.53	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	IWS1	Q96ST2	819 aa		13.53	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	WBP1L	Q9NX94	342 aa		13.53	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	COL20A1	Q9P218	1284 aa		13.53	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	CFAP45	Q9UL16	551 aa		13.53	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	ZDHHC9	Q9Y397	364 aa		13.53	□□□□□ -0.24
DDB1-223	ENST00000543658	LOC102724159	A0A0B4J2E5	919 aa		13.52	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	FAM205C	A6NFA0	338 aa		13.52	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	MARCH6	O60337	910 aa		13.52	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	BMP15	O95972	392 aa		13.52	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	GNRH1	P01148	92 aa		13.52	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	USP11	P51784	963 aa		13.52	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	PWP2	Q15269	919 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	EARS2	Q5JPH6	523 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	PCNX4	Q63HM2	1172 aa		13.52	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	ATL3	Q6DD88	541 aa		13.52	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	XRRA1	Q6P2D8	792 aa		13.52	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	DNAJC5G	Q8N7S2	189 aa		13.52	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	FAM133A	Q8N9E0	248 aa		13.52	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	APBA2	Q99767	749 aa		13.52	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	PDCD2L	Q9BRP1	358 aa		13.52	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	TSKS	Q9UJT2	592 aa		13.52	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	FRMPD4	Q14CM0	1322 aa		13.52	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	RPTOR	Q8N122	1335 aa		13.52	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	DNAJC25-GNG10	A0A024R161	153 aa		13.51	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	STAM2	O75886	525 aa		13.51	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	NR3C2	P08235	984 aa		13.51	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	MCM7	P33993	719 aa		13.51	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	SET	Q01105	290 aa	Predicted RBP	13.51	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	ORC2	Q13416	577 aa	Predicted RBP	13.51	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	STXBP2	Q15833	593 aa		13.51	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	CSPP1	Q1MSJ5	1256 aa		13.51	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	MORN1	Q5T089	497 aa		13.51	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	FAM173B	Q6P4H8	233 aa		13.51	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	MOXD1	Q6UVY6	613 aa		13.51	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	NLRX1	Q86UT6	975 aa		13.51	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF296	Q8WUU4	475 aa	Predicted RBP	13.51	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	GBP4	Q96PP9	640 aa		13.51	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	PURB	Q96QR8	312 aa	Known RBP	13.51	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	ARHGAP39	Q9C0H5	1083 aa		13.51	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	DIS3	Q9Y2L1	958 aa	Known RBP	13.51	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	DOCK5	Q9H7D0	1870 aa		13.5	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	NEMF	O60524	1076 aa		13.5	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	CYP3A4	P08684	503 aa		13.5	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	CYP2B6	P20813	491 aa		13.5	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	CEBPZ	Q03701	1054 aa	Known RBP	13.5	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	DNM1	Q05193	864 aa	Known RBP	13.5	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	STK38	Q15208	465 aa		13.5	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF174	Q15697	407 aa		13.5	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF792	Q3KQV3	632 aa		13.5	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	GNPTAB	Q3T906	1256 aa		13.5	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	ZNF467	Q7Z7K2	595 aa	Predicted RBP	13.5	□□□□□ -0.25
DDB1-223	ENST00000543658	TNPO1	Q92973	898 aa	Known RBP	13.5	□□□□□ -0.25

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 21.7 ms