RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000438120.5

PTPRF-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRF, Length 6,377 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-209ENST00000438120 RPGRIP1Q96KN7 1286 aa18.76■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 RPS6KC1Q96S38 1066 aa18.76■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 TTC36A6NLP5 189 aa18.76■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 TLR3O15455 904 aaKnown RBP18.76■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 TROVE2P10155 538 aaKnown RBP eCLIP18.76■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 GUCY2DQ02846 1103 aa18.76■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 ADCY1Q08828 1119 aa18.76■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 TSTA3Q13630 321 aaPredicted RBP18.76■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 ARHGEF25Q86VW2 580 aa18.76■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 ARHGAP24Q8N264 748 aa18.76■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 GNL3Q9BVP2 549 aaKnown RBP eCLIP18.76■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 PTK2Q05397 1052 aa18.75■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 GPATCH4Q5T3I0 446 aaKnown RBP18.75■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 PPP4R1Q8TF05 950 aa18.75■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 SKA2Q8WVK7 121 aaPredicted RBP18.75■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 HAUS4Q9H6D7 363 aa18.75■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 STAP2Q9UGK3 403 aa18.75■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 ADGRL2O95490 1459 aa18.75■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 FOXP1Q9H334 677 aaPredicted RBP18.75■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 USP17L3A6NCW0 530 aa18.75■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 USP17L4A6NCW7 530 aa18.75■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 OSTNP61366 133 aa18.75■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 RBL2Q08999 1139 aa18.75■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 USP17L1Q7RTZ2 530 aa18.75■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 RFX6Q8HWS3 928 aa18.75■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 PYCARDQ9ULZ3 195 aa18.75■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 EFCC1Q9HA90 598 aa18.75■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 A6NNZ2 444 aa18.75■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 CASQ2O14958 399 aaPredicted RBP18.75■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 GSTA1P08263 222 aa18.75■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 GSTA2P09210 222 aa18.75■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 MFAP3P55082 362 aa18.75■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 TUBB8Q3ZCM7 444 aa18.75■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 C11orf57Q6ZUT1 292 aaPredicted RBP18.75■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 RNF26Q9BY78 433 aaPredicted RBP18.75■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 ARHGAP25P42331 645 aa18.74■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 CCDC17Q96LX7 622 aa18.74■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 KMT5AQ9NQR1 393 aa18.74■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 SMYD2Q9NRG4 433 aa18.74■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 TRPC5Q9UL62 973 aaPredicted RBP18.74■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 SNX1Q13596 522 aa18.74■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 BRD3Q15059 726 aa18.74■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 ZBTB33Q86T24 672 aa18.74■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 NT5C1BQ96P26 610 aa18.74■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 RPL17-C18orf32A0A0A6YYL6 228 aaKnown RBP18.74■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 A6NJR5 290 aa18.74■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 ATXN8OSP0DMR3 200 aa18.74■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 POLR2BP30876 1174 aaKnown RBP18.74■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 YWHAGP61981 247 aaKnown RBP eCLIP18.74■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 NLRP10Q86W26 655 aa18.74■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 GADD45GIP1Q8TAE8 222 aaPredicted RBP18.74■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 HAUS1Q96CS2 278 aa18.74■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 POC1B-GALNT4F8VUJ3 575 aa18.74■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 ZMYND10O75800 440 aa18.74■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 PI4K2BQ8TCG2 481 aa18.74■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 SLC7A3Q8WY07 619 aa18.74■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 CLNS1AP54105 237 aaKnown RBP18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 ETF1P62495 437 aaKnown RBP18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 KCTD16Q68DU8 428 aa18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 MRFAP1L1Q96HT8 127 aa18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 CEP170P1Q96L14 293 aa18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 SERPINB13Q9UIV8 391 aa18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 GOLGA8SH3BPF8 625 aa18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 PCP11498 1178 aaKnown RBP18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 TCP1P17987 556 aaKnown RBP18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 TFDP1Q14186 410 aa18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 AIFM3Q96NN9 605 aa18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 SGK1O00141 431 aa18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 PPFIA4O75335 1185 aa18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 TSNAXIP1Q2TAA8 658 aa18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 GAS2L3Q86XJ1 694 aa18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 SLC35F6Q8N357 371 aa18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 MAGI2Q86UL8 1455 aa18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 FAM149B1Q96BN6 582 aa18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 ZSWIM5Q9P217 1185 aa18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 PPP6R2O75170 966 aa18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 BMP3P12645 472 aa18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 HOXA13P31271 388 aaPredicted RBP18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 FAM186BQ8IYM0 893 aa18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 MIPOL1Q8TD10 442 aa18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 ATP6V0A1Q93050 837 aa18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 NBPF3Q9H094 633 aa18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 GPR108Q9NPR9 543 aa18.73■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 ZFYVE16Q7Z3T8 1539 aa18.72■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 AOC3Q16853 763 aa18.72■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 MYO1FO00160 1098 aa18.72■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 ZBTB24O43167 697 aaPredicted RBP18.72■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 PSMC2P35998 433 aaKnown RBP18.72■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 PDZD4Q76G19 769 aaPredicted RBP18.72■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 P2RX5Q93086 422 aa18.72■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 KLHL14Q9P2G3 628 aa18.72■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 ATF5Q9Y2D1 282 aaPredicted RBP18.72■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 PLCB4Q15147 1175 aa18.72■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 ZNF277Q9NRM2 450 aaPredicted RBP18.72■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 KIF23Q02241 960 aaPredicted RBP18.72■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 GSDMAQ96QA5 445 aa18.72■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 PIH1D3Q9NQM4 214 aaKnown RBP18.72■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 IGSF1Q8N6C5 1336 aa18.72■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 SLC4A1P02730 911 aa18.72■□□□□ 0.59
PTPRF-209ENST00000438120 TFAMQ00059 246 aaKnown RBP18.72■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 14 ms