RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000542238.5

RTN3-211, Transcript of reticulon 3, humanhuman

TSL 3

Gene RTN3, Length 735 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RTN3-211ENST00000542238 YEATS2Q9ULM3 1422 aa25.54■■□□□ 1.68
RTN3-211ENST00000542238 SCAPERQ9BY12 1400 aa25.53■■□□□ 1.68
RTN3-211ENST00000542238 MYO5CQ9NQX4 1742 aa25.52■■□□□ 1.68
RTN3-211ENST00000542238 PLPPR3Q6T4P5 718 aa25.5■■□□□ 1.67
RTN3-211ENST00000542238 SIGLEC1Q9BZZ2 1709 aa25.49■■□□□ 1.67
RTN3-211ENST00000542238 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa25.49■■□□□ 1.67
RTN3-211ENST00000542238 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa25.48■■□□□ 1.67
RTN3-211ENST00000542238 MLECQ14165 292 aa25.47■■□□□ 1.67
RTN3-211ENST00000542238 FER1L4A9Z1Z3 1794 aa25.46■■□□□ 1.67
RTN3-211ENST00000542238 KIF14Q15058 1648 aa25.45■■□□□ 1.66
RTN3-211ENST00000542238 ATP10AO60312 1499 aa25.43■■□□□ 1.66
RTN3-211ENST00000542238 CLIP1P30622 1438 aa25.41■■□□□ 1.66
RTN3-211ENST00000542238 HSPA2P54652 639 aa25.41■■□□□ 1.66
RTN3-211ENST00000542238 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP25.4■■□□□ 1.66
RTN3-211ENST00000542238 C9orf84Q5VXU9 1444 aa25.4■■□□□ 1.66
RTN3-211ENST00000542238 CHIC1Q5VXU3 224 aa25.4■■□□□ 1.66
RTN3-211ENST00000542238 ARHGAP5Q13017 1502 aa25.39■■□□□ 1.66
RTN3-211ENST00000542238 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa25.38■■□□□ 1.65
RTN3-211ENST00000542238 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa25.36■■□□□ 1.65
RTN3-211ENST00000542238 MYT1LQ9UL68 1186 aa25.35■■□□□ 1.65
RTN3-211ENST00000542238 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa25.35■■□□□ 1.65
RTN3-211ENST00000542238 AFAP1Q8N556 730 aa25.32■■□□□ 1.64
RTN3-211ENST00000542238 KDM5CP41229 1560 aa25.31■■□□□ 1.64
RTN3-211ENST00000542238 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa25.3■■□□□ 1.64
RTN3-211ENST00000542238 PREX1Q8TCU6 1659 aa25.29■■□□□ 1.64
RTN3-211ENST00000542238 CCDC18Q5T9S5 1454 aa25.27■■□□□ 1.64
RTN3-211ENST00000542238 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa25.25■■□□□ 1.63
RTN3-211ENST00000542238 PREX2Q70Z35 1606 aa25.24■■□□□ 1.63
RTN3-211ENST00000542238 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa25.24■■□□□ 1.63
RTN3-211ENST00000542238 CEBPAP49715 358 aaPredicted RBP25.24■■□□□ 1.63
RTN3-211ENST00000542238 REREQ9P2R6 1566 aa25.22■■□□□ 1.63
RTN3-211ENST00000542238 MLH3Q9UHC1 1453 aa25.22■■□□□ 1.63
RTN3-211ENST00000542238 SETD1BQ9UPS6 1966 aaKnown RBP25.22■■□□□ 1.63
RTN3-211ENST00000542238 CERKQ8TCT0 537 aa25.2■■□□□ 1.62
RTN3-211ENST00000542238 ABCA6Q8N139 1617 aa25.19■■□□□ 1.62
RTN3-211ENST00000542238 ABCC1P33527 1531 aa25.19■■□□□ 1.62
RTN3-211ENST00000542238 ITSN2Q9NZM3 1697 aa25.19■■□□□ 1.62
RTN3-211ENST00000542238 ESF1Q9H501 851 aaKnown RBP25.18■■□□□ 1.62
RTN3-211ENST00000542238 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa25.17■■□□□ 1.62
RTN3-211ENST00000542238 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa25.17■■□□□ 1.62
RTN3-211ENST00000542238 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa25.17■■□□□ 1.62
RTN3-211ENST00000542238 DMRT2Q9Y5R5 561 aa25.16■■□□□ 1.62
RTN3-211ENST00000542238 FYCO1Q9BQS8 1478 aa25.15■■□□□ 1.62
RTN3-211ENST00000542238 AGLP35573 1532 aa25.14■■□□□ 1.62
RTN3-211ENST00000542238 C3P01024 1663 aa25.13■■□□□ 1.61
RTN3-211ENST00000542238 STRCQ7RTU9 1775 aa25.11■■□□□ 1.61
RTN3-211ENST00000542238 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa25.11■■□□□ 1.61
RTN3-211ENST00000542238 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP25.09■■□□□ 1.61
RTN3-211ENST00000542238 CNTLNQ9NXG0 1405 aa25.05■■□□□ 1.6
RTN3-211ENST00000542238 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa25.05■■□□□ 1.6
RTN3-211ENST00000542238 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP25.02■■□□□ 1.6
RTN3-211ENST00000542238 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP25.02■■□□□ 1.6
RTN3-211ENST00000542238 SYCP2Q9BX26 1530 aa25.02■■□□□ 1.6
RTN3-211ENST00000542238 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP24.99■■□□□ 1.59
RTN3-211ENST00000542238 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa24.98■■□□□ 1.59
RTN3-211ENST00000542238 PTPRTO14522 1441 aa24.98■■□□□ 1.59
RTN3-211ENST00000542238 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP24.98■■□□□ 1.59
RTN3-211ENST00000542238 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP24.98■■□□□ 1.59
RTN3-211ENST00000542238 MROH2AA6NES4 1674 aa24.97■■□□□ 1.59
RTN3-211ENST00000542238 CCNB3Q8WWL7 1395 aa24.97■■□□□ 1.59
RTN3-211ENST00000542238 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa24.95■■□□□ 1.59
RTN3-211ENST00000542238 ATP7AQ04656 1500 aa24.95■■□□□ 1.58
RTN3-211ENST00000542238 MTUS2Q5JR59 1369 aa24.93■■□□□ 1.58
RTN3-211ENST00000542238 NPATQ14207 1427 aa24.93■■□□□ 1.58
RTN3-211ENST00000542238 ZMYM3Q14202 1370 aa24.92■■□□□ 1.58
RTN3-211ENST00000542238 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP24.91■■□□□ 1.58
RTN3-211ENST00000542238 NCOA1Q15788 1441 aa24.9■■□□□ 1.58
RTN3-211ENST00000542238 A2MP01023 1474 aa24.89■■□□□ 1.58
RTN3-211ENST00000542238 CLTCQ00610 1675 aaKnown RBP24.88■■□□□ 1.57
RTN3-211ENST00000542238 PLXNC1O60486 1568 aa24.88■■□□□ 1.57
RTN3-211ENST00000542238 CAMSAP1Q5T5Y3 1602 aa24.86■■□□□ 1.57
RTN3-211ENST00000542238 ADGBQ8N7X0 1667 aa24.85■■□□□ 1.57
RTN3-211ENST00000542238 GGT6Q6P531 493 aa24.84■■□□□ 1.57
RTN3-211ENST00000542238 TIAM1Q13009 1591 aa24.82■■□□□ 1.56
RTN3-211ENST00000542238 LTBP4Q8N2S1 1624 aa24.82■■□□□ 1.56
RTN3-211ENST00000542238 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa24.81■■□□□ 1.56
RTN3-211ENST00000542238 PPP6R1Q9UPN7 881 aa24.81■■□□□ 1.56
RTN3-211ENST00000542238 MYO3AQ8NEV4 1616 aa24.79■■□□□ 1.56
RTN3-211ENST00000542238 ZNF142P52746 1687 aaPredicted RBP24.79■■□□□ 1.56
RTN3-211ENST00000542238 IQSEC2Q5JU85 1478 aa24.79■■□□□ 1.56
RTN3-211ENST00000542238 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP24.79■■□□□ 1.56
RTN3-211ENST00000542238 PTPRKQ15262 1439 aa24.78■■□□□ 1.56
RTN3-211ENST00000542238 NCKAP5LQ9HCH0 1330 aa24.77■■□□□ 1.56
RTN3-211ENST00000542238 DISP3Q9P2K9 1392 aa24.77■■□□□ 1.56
RTN3-211ENST00000542238 CEP162Q5TB80 1403 aa24.76■■□□□ 1.55
RTN3-211ENST00000542238 MBD5Q9P267 1494 aa24.76■■□□□ 1.55
RTN3-211ENST00000542238 CEP170BQ9Y4F5 1589 aaPredicted RBP24.76■■□□□ 1.55
RTN3-211ENST00000542238 PKD2Q13563 968 aa24.75■■□□□ 1.55
RTN3-211ENST00000542238 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa24.75■■□□□ 1.55
RTN3-211ENST00000542238 PLA2R1Q13018 1463 aa24.74■■□□□ 1.55
RTN3-211ENST00000542238 DHX29Q7Z478 1369 aaKnown RBP24.7■■□□□ 1.55
RTN3-211ENST00000542238 ZNF335Q9H4Z2 1342 aaPredicted RBP24.68■■□□□ 1.54
RTN3-211ENST00000542238 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP24.68■■□□□ 1.54
RTN3-211ENST00000542238 CCDC141Q6ZP82 1450 aa24.67■■□□□ 1.54
RTN3-211ENST00000542238 RSPH4AQ5TD94 716 aa24.67■■□□□ 1.54
RTN3-211ENST00000542238 A2ML1A8K2U0 1454 aa24.65■■□□□ 1.54
RTN3-211ENST00000542238 NCOA2Q15596 1464 aa24.65■■□□□ 1.54
RTN3-211ENST00000542238 KIF3BO15066 747 aa24.65■■□□□ 1.54
RTN3-211ENST00000542238 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa24.64■■□□□ 1.54
RTN3-211ENST00000542238 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP24.63■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 14.6 ms