RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000538708.5

PTPRB-204, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type B, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRB, Length 5,839 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRB-204ENST00000538708 WIZO95785 1651 aa12.29□□□□□ -0.44
PTPRB-204ENST00000538708 ANKRD30AQ9BXX3 1397 aa12.29□□□□□ -0.44
PTPRB-204ENST00000538708 FRAT1Q92837 279 aaPredicted RBP12.28□□□□□ -0.44
PTPRB-204ENST00000538708 ISY1Q9ULR0 285 aaKnown RBP12.28□□□□□ -0.44
PTPRB-204ENST00000538708 FANCD2Q9BXW9 1451 aa12.28□□□□□ -0.44
PTPRB-204ENST00000538708 NGDNQ8NEJ9 315 aaKnown RBP12.27□□□□□ -0.45
PTPRB-204ENST00000538708 NUP155O75694 1391 aa12.26□□□□□ -0.45
PTPRB-204ENST00000538708 CHMP4BQ9H444 224 aaKnown RBP12.25□□□□□ -0.45
PTPRB-204ENST00000538708 NAP1L2Q9ULW6 460 aaPredicted RBP12.25□□□□□ -0.45
PTPRB-204ENST00000538708 FOXD1Q16676 465 aa12.24□□□□□ -0.45
PTPRB-204ENST00000538708 FAM69CQ0P6D2 419 aa12.24□□□□□ -0.45
PTPRB-204ENST00000538708 TPRNQ4KMQ1 711 aa12.24□□□□□ -0.45
PTPRB-204ENST00000538708 ZRSR1Q15695 479 aaKnown RBP12.24□□□□□ -0.45
PTPRB-204ENST00000538708 ROCK2O75116 1388 aaKnown RBP12.24□□□□□ -0.45
PTPRB-204ENST00000538708 MYO15BQ96JP2 1530 aa12.24□□□□□ -0.45
PTPRB-204ENST00000538708 EIF3AQ14152 1382 aaKnown RBP12.23□□□□□ -0.45
PTPRB-204ENST00000538708 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa12.23□□□□□ -0.45
PTPRB-204ENST00000538708 FGD1P98174 961 aa12.23□□□□□ -0.45
PTPRB-204ENST00000538708 G3V3G9 751 aa12.23□□□□□ -0.45
PTPRB-204ENST00000538708 DCAF8Q5TAQ9 597 aa12.23□□□□□ -0.45
PTPRB-204ENST00000538708 CCDC18Q5T9S5 1454 aa12.22□□□□□ -0.45
PTPRB-204ENST00000538708 NUTM2FA1L443 756 aa12.22□□□□□ -0.45
PTPRB-204ENST00000538708 KCNJ4P48050 445 aa12.22□□□□□ -0.45
PTPRB-204ENST00000538708 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa12.22□□□□□ -0.45
PTPRB-204ENST00000538708 PTPRGP23470 1445 aa12.22□□□□□ -0.45
PTPRB-204ENST00000538708 EIF5BO60841 1220 aaKnown RBP12.22□□□□□ -0.45
PTPRB-204ENST00000538708 EVA1CP58658 441 aa12.21□□□□□ -0.45
PTPRB-204ENST00000538708 MS4A1P11836 297 aa12.21□□□□□ -0.45
PTPRB-204ENST00000538708 BECN1Q14457 450 aa12.21□□□□□ -0.45
PTPRB-204ENST00000538708 FHOD3Q2V2M9 1422 aa12.21□□□□□ -0.45
PTPRB-204ENST00000538708 PHF23Q9BUL5 403 aaPredicted RBP12.2□□□□□ -0.46
PTPRB-204ENST00000538708 SMARCA4P51532 1647 aa12.2□□□□□ -0.46
PTPRB-204ENST00000538708 SETD5Q9C0A6 1442 aa12.19□□□□□ -0.46
PTPRB-204ENST00000538708 MSH5O43196 834 aa12.19□□□□□ -0.46
PTPRB-204ENST00000538708 MIER1Q8N108 512 aa12.19□□□□□ -0.46
PTPRB-204ENST00000538708 CLSTN1O94985 981 aa12.19□□□□□ -0.46
PTPRB-204ENST00000538708 RSPH4AQ5TD94 716 aa12.18□□□□□ -0.46
PTPRB-204ENST00000538708 LTV1Q96GA3 475 aaPredicted RBP12.18□□□□□ -0.46
PTPRB-204ENST00000538708 AMPHP49418 695 aa12.18□□□□□ -0.46
PTPRB-204ENST00000538708 TERF2IPQ9NYB0 399 aa12.17□□□□□ -0.46
PTPRB-204ENST00000538708 GOLGA6L22H0YM25 854 aa12.15□□□□□ -0.46
PTPRB-204ENST00000538708 SUGP2Q8IX01 1082 aaKnown RBP eCLIP12.15□□□□□ -0.46
PTPRB-204ENST00000538708 MPHOSPH9Q99550 1183 aa12.15□□□□□ -0.46
PTPRB-204ENST00000538708 CHMP3Q9Y3E7 222 aa12.15□□□□□ -0.46
PTPRB-204ENST00000538708 TAF7LQ5H9L4 462 aa12.14□□□□□ -0.47
PTPRB-204ENST00000538708 DDRGK1Q96HY6 314 aa12.14□□□□□ -0.47
PTPRB-204ENST00000538708 KTN1Q86UP2 1357 aaKnown RBP12.14□□□□□ -0.47
PTPRB-204ENST00000538708 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP12.14□□□□□ -0.47
PTPRB-204ENST00000538708 CALD1Q05682 793 aaKnown RBP12.13□□□□□ -0.47
PTPRB-204ENST00000538708 VPS8Q8N3P4 1428 aa12.13□□□□□ -0.47
PTPRB-204ENST00000538708 U2AF1L5P0DN76 240 aaPredicted RBP12.13□□□□□ -0.47
PTPRB-204ENST00000538708 U2AF1Q01081 240 aaKnown RBP eCLIP12.13□□□□□ -0.47
PTPRB-204ENST00000538708 GTF2E1P29083 439 aaPredicted RBP12.12□□□□□ -0.47
PTPRB-204ENST00000538708 NBR1Q14596 966 aa12.12□□□□□ -0.47
PTPRB-204ENST00000538708 HSPA5P11021 654 aaKnown RBP12.11□□□□□ -0.47
PTPRB-204ENST00000538708 PRDM2Q13029 1718 aa12.11□□□□□ -0.47
PTPRB-204ENST00000538708 ZBTB4Q9P1Z0 1013 aaPredicted RBP12.11□□□□□ -0.47
PTPRB-204ENST00000538708 TRAK1Q9UPV9 953 aa12.1□□□□□ -0.47
PTPRB-204ENST00000538708 GORABQ5T7V8 394 aa12.1□□□□□ -0.47
PTPRB-204ENST00000538708 GAPVD1Q14C86 1478 aa12.09□□□□□ -0.47
PTPRB-204ENST00000538708 RGS3P49796 1198 aa12.09□□□□□ -0.47
PTPRB-204ENST00000538708 APBB1O00213 710 aa12.09□□□□□ -0.47
PTPRB-204ENST00000538708 KLHL34Q8N239 644 aa12.09□□□□□ -0.47
PTPRB-204ENST00000538708 STK31Q9BXU1 1019 aa12.08□□□□□ -0.47
PTPRB-204ENST00000538708 UACAQ9BZF9 1416 aa12.08□□□□□ -0.48
PTPRB-204ENST00000538708 NCBP3Q53F19 620 aaKnown RBP12.08□□□□□ -0.48
PTPRB-204ENST00000538708 ATF3P18847 181 aa12.08□□□□□ -0.48
PTPRB-204ENST00000538708 CHMP4AQ9BY43 222 aa12.07□□□□□ -0.48
PTPRB-204ENST00000538708 DCAF8L1A6NGE4 600 aa12.07□□□□□ -0.48
PTPRB-204ENST00000538708 MCCP23508 829 aa12.06□□□□□ -0.48
PTPRB-204ENST00000538708 C1orf141Q5JVX7 400 aa12.06□□□□□ -0.48
PTPRB-204ENST00000538708 PSME1Q06323 249 aa12.06□□□□□ -0.48
PTPRB-204ENST00000538708 IPO8O15397 1037 aaKnown RBP12.06□□□□□ -0.48
PTPRB-204ENST00000538708 GNL2Q13823 731 aaKnown RBP12.06□□□□□ -0.48
PTPRB-204ENST00000538708 VGFO15240 615 aaPredicted RBP12.05□□□□□ -0.48
PTPRB-204ENST00000538708 HSP90AB1P08238 724 aaKnown RBP12.05□□□□□ -0.48
PTPRB-204ENST00000538708 SUPT16HQ9Y5B9 1047 aaKnown RBP12.05□□□□□ -0.48
PTPRB-204ENST00000538708 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa12.05□□□□□ -0.48
PTPRB-204ENST00000538708 FGD5Q6ZNL6 1462 aa12.05□□□□□ -0.48
PTPRB-204ENST00000538708 FRAT2O75474 233 aaPredicted RBP12.04□□□□□ -0.48
PTPRB-204ENST00000538708 ABCF1Q8NE71 845 aaKnown RBP eCLIP12.04□□□□□ -0.48
PTPRB-204ENST00000538708 SYTL4Q96C24 671 aaPredicted RBP12.04□□□□□ -0.48
PTPRB-204ENST00000538708 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP12.04□□□□□ -0.48
PTPRB-204ENST00000538708 COG3Q96JB2 828 aa12.03□□□□□ -0.48
PTPRB-204ENST00000538708 CCDC144AA2RUR9 1427 aa12.03□□□□□ -0.48
PTPRB-204ENST00000538708 ITPRIPQ8IWB1 547 aa12.02□□□□□ -0.49
PTPRB-204ENST00000538708 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa12.02□□□□□ -0.49
PTPRB-204ENST00000538708 PTMAP06454 111 aaKnown RBP12.01□□□□□ -0.49
PTPRB-204ENST00000538708 MINK1Q8N4C8 1332 aaPredicted RBP12.01□□□□□ -0.49
PTPRB-204ENST00000538708 KIAA1211Q6ZU35 1233 aa12.01□□□□□ -0.49
PTPRB-204ENST00000538708 GPATCH3Q96I76 525 aa12.01□□□□□ -0.49
PTPRB-204ENST00000538708 LMOD3Q0VAK6 560 aa12.01□□□□□ -0.49
PTPRB-204ENST00000538708 TIMELESSQ9UNS1 1208 aa12.01□□□□□ -0.49
PTPRB-204ENST00000538708 SLC4A10Q6U841 1118 aa12□□□□□ -0.49
PTPRB-204ENST00000538708 EVC2Q86UK5 1308 aa11.99□□□□□ -0.49
PTPRB-204ENST00000538708 TTC5Q8N0Z6 440 aa11.99□□□□□ -0.49
PTPRB-204ENST00000538708 GOLGA6L6A8MZA4 724 aa11.99□□□□□ -0.49
PTPRB-204ENST00000538708 RALBP1Q15311 655 aa11.99□□□□□ -0.49
PTPRB-204ENST00000538708 MRC2Q9UBG0 1479 aa11.98□□□□□ -0.49
PTPRB-204ENST00000538708 GOLGA6L4A6NEF3 574 aa11.98□□□□□ -0.49
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 13 ms