RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000498751.1

SYNE1-231, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 4

Gene SYNE1, Length 578 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-231	ENST00000498751	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		11.52	□□□□□ -0.57
SYNE1-231	ENST00000498751	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		11.52	□□□□□ -0.57
SYNE1-231	ENST00000498751	MIA2	Q96PC5	1412 aa		11.52	□□□□□ -0.57
SYNE1-231	ENST00000498751	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	11.51	□□□□□ -0.57
SYNE1-231	ENST00000498751	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	11.51	□□□□□ -0.57
SYNE1-231	ENST00000498751	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		11.51	□□□□□ -0.57
SYNE1-231	ENST00000498751	JPH4	Q96JJ6	628 aa		11.51	□□□□□ -0.57
SYNE1-231	ENST00000498751	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		11.51	□□□□□ -0.57
SYNE1-231	ENST00000498751	NCOA2	Q15596	1464 aa		11.51	□□□□□ -0.57
SYNE1-231	ENST00000498751	ABCA8	O94911	1581 aa		11.5	□□□□□ -0.57
SYNE1-231	ENST00000498751	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	11.5	□□□□□ -0.57
SYNE1-231	ENST00000498751	CCER1	Q8TC90	406 aa	Predicted RBP	11.49	□□□□□ -0.57
SYNE1-231	ENST00000498751	PITPNM1	O00562	1244 aa		11.48	□□□□□ -0.57
SYNE1-231	ENST00000498751	ADCY10	Q96PN6	1610 aa		11.47	□□□□□ -0.57
SYNE1-231	ENST00000498751	AKNA	Q7Z591	1439 aa		11.47	□□□□□ -0.57
SYNE1-231	ENST00000498751	CHD1	O14646	1710 aa		11.46	□□□□□ -0.57
SYNE1-231	ENST00000498751	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		11.45	□□□□□ -0.58
SYNE1-231	ENST00000498751	DHX57	Q6P158	1386 aa	Known RBP	11.45	□□□□□ -0.58
SYNE1-231	ENST00000498751	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	11.44	□□□□□ -0.58
SYNE1-231	ENST00000498751	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	11.43	□□□□□ -0.58
SYNE1-231	ENST00000498751	SETD5	Q9C0A6	1442 aa		11.43	□□□□□ -0.58
SYNE1-231	ENST00000498751	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		11.42	□□□□□ -0.58
SYNE1-231	ENST00000498751	ACIN1	Q9UKV3	1341 aa	Known RBP	11.42	□□□□□ -0.58
SYNE1-231	ENST00000498751	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	11.42	□□□□□ -0.58
SYNE1-231	ENST00000498751	HFM1	A2PYH4	1435 aa		11.42	□□□□□ -0.58
SYNE1-231	ENST00000498751	PLB1	Q6P1J6	1458 aa		11.41	□□□□□ -0.58
SYNE1-231	ENST00000498751	PIP4P2	Q8N4L2	257 aa		11.41	□□□□□ -0.58
SYNE1-231	ENST00000498751	SSUH2	Q9Y2M2	353 aa		11.41	□□□□□ -0.58
SYNE1-231	ENST00000498751	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	11.4	□□□□□ -0.58
SYNE1-231	ENST00000498751	ZNF692	Q9BU19	519 aa	Predicted RBP	11.39	□□□□□ -0.59
SYNE1-231	ENST00000498751	RAB3GAP2	Q9H2M9	1393 aa		11.39	□□□□□ -0.59
SYNE1-231	ENST00000498751	ATP10B	O94823	1461 aa		11.38	□□□□□ -0.59
SYNE1-231	ENST00000498751	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	11.38	□□□□□ -0.59
SYNE1-231	ENST00000498751	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		11.38	□□□□□ -0.59
SYNE1-231	ENST00000498751	UHRF1BP1L	A0JNW5	1464 aa		11.38	□□□□□ -0.59
SYNE1-231	ENST00000498751	PTPRG	P23470	1445 aa		11.37	□□□□□ -0.59
SYNE1-231	ENST00000498751	ROCK1	Q13464	1354 aa		11.36	□□□□□ -0.59
SYNE1-231	ENST00000498751	PTPRK	Q15262	1439 aa		11.35	□□□□□ -0.59
SYNE1-231	ENST00000498751	UACA	Q9BZF9	1416 aa		11.35	□□□□□ -0.59
SYNE1-231	ENST00000498751	FXR2	P51116	673 aa	Known RBP eCLIP	11.35	□□□□□ -0.59
SYNE1-231	ENST00000498751	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		11.35	□□□□□ -0.59
SYNE1-231	ENST00000498751	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		11.35	□□□□□ -0.59
SYNE1-231	ENST00000498751	ABCC2	Q92887	1545 aa		11.35	□□□□□ -0.59
SYNE1-231	ENST00000498751	NAIP	Q13075	1403 aa		11.35	□□□□□ -0.59
SYNE1-231	ENST00000498751	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	11.34	□□□□□ -0.59
SYNE1-231	ENST00000498751	MAPKBP1	O60336	1514 aa		11.34	□□□□□ -0.59
SYNE1-231	ENST00000498751	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	11.34	□□□□□ -0.59
SYNE1-231	ENST00000498751	TIMELESS	Q9UNS1	1208 aa		11.33	□□□□□ -0.6
SYNE1-231	ENST00000498751	KIF14	Q15058	1648 aa		11.32	□□□□□ -0.6
SYNE1-231	ENST00000498751	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	11.32	□□□□□ -0.6
SYNE1-231	ENST00000498751	ADGRL2	O95490	1459 aa		11.31	□□□□□ -0.6
SYNE1-231	ENST00000498751	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		11.3	□□□□□ -0.6
SYNE1-231	ENST00000498751	DAPK1	P53355	1430 aa		11.3	□□□□□ -0.6
SYNE1-231	ENST00000498751	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		11.29	□□□□□ -0.6
SYNE1-231	ENST00000498751	ABCC5	O15440	1437 aa		11.28	□□□□□ -0.6
SYNE1-231	ENST00000498751	PLEKHD1	A6NEE1	506 aa		11.28	□□□□□ -0.6
SYNE1-231	ENST00000498751	SPDYE1	Q8NFV5	336 aa	Predicted RBP	11.28	□□□□□ -0.6
SYNE1-231	ENST00000498751	CLEC11A	Q9Y240	323 aa		11.27	□□□□□ -0.61
SYNE1-231	ENST00000498751	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		11.27	□□□□□ -0.61
SYNE1-231	ENST00000498751	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		11.27	□□□□□ -0.61
SYNE1-231	ENST00000498751	CDC42BPA	Q5VT25	1732 aa		11.26	□□□□□ -0.61
SYNE1-231	ENST00000498751	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		11.26	□□□□□ -0.61
SYNE1-231	ENST00000498751	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		11.26	□□□□□ -0.61
SYNE1-231	ENST00000498751	ARAP3	Q8WWN8	1544 aa		11.25	□□□□□ -0.61
SYNE1-231	ENST00000498751	PREX2	Q70Z35	1606 aa		11.25	□□□□□ -0.61
SYNE1-231	ENST00000498751	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		11.23	□□□□□ -0.61
SYNE1-231	ENST00000498751	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		11.23	□□□□□ -0.61
SYNE1-231	ENST00000498751	ITGAE	P38570	1179 aa		11.22	□□□□□ -0.61
SYNE1-231	ENST00000498751	NCOA1	Q15788	1441 aa		11.22	□□□□□ -0.61
SYNE1-231	ENST00000498751	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	11.22	□□□□□ -0.61
SYNE1-231	ENST00000498751	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		11.21	□□□□□ -0.61
SYNE1-231	ENST00000498751	MBD5	Q9P267	1494 aa		11.21	□□□□□ -0.61
SYNE1-231	ENST00000498751	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		11.21	□□□□□ -0.61
SYNE1-231	ENST00000498751	ZCCHC11	Q5TAX3	1644 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
SYNE1-231	ENST00000498751	GEMIN5	Q8TEQ6	1508 aa	Known RBP eCLIP	11.2	□□□□□ -0.62
SYNE1-231	ENST00000498751	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
SYNE1-231	ENST00000498751	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		11.2	□□□□□ -0.62
SYNE1-231	ENST00000498751	ZNF316	A6NFI3	1004 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
SYNE1-231	ENST00000498751	CDC42BPB	Q9Y5S2	1711 aa		11.19	□□□□□ -0.62
SYNE1-231	ENST00000498751	KDM5D	Q9BY66	1539 aa		11.18	□□□□□ -0.62
SYNE1-231	ENST00000498751	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		11.17	□□□□□ -0.62
SYNE1-231	ENST00000498751	PRKAR2A	P13861	404 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
SYNE1-231	ENST00000498751	PLCH2	O75038	1416 aa		11.17	□□□□□ -0.62
SYNE1-231	ENST00000498751	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SYNE1-231	ENST00000498751	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SYNE1-231	ENST00000498751	TTC37	Q6PGP7	1564 aa		11.16	□□□□□ -0.62
SYNE1-231	ENST00000498751	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	11.15	□□□□□ -0.62
SYNE1-231	ENST00000498751	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SYNE1-231	ENST00000498751	KDM6B	O15054	1643 aa		11.15	□□□□□ -0.62
SYNE1-231	ENST00000498751	ARID3C	A6NKF2	412 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SYNE1-231	ENST00000498751	HAX1	O00165	279 aa		11.14	□□□□□ -0.63
SYNE1-231	ENST00000498751	SP7	Q8TDD2	431 aa	Predicted RBP	11.14	□□□□□ -0.63
SYNE1-231	ENST00000498751	PLXNC1	O60486	1568 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SYNE1-231	ENST00000498751	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SYNE1-231	ENST00000498751	ABCA9	Q8IUA7	1624 aa		11.13	□□□□□ -0.63
SYNE1-231	ENST00000498751	WDR7	Q9Y4E6	1490 aa		11.12	□□□□□ -0.63
SYNE1-231	ENST00000498751	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		11.11	□□□□□ -0.63
SYNE1-231	ENST00000498751	PZP	P20742	1482 aa		11.11	□□□□□ -0.63
SYNE1-231	ENST00000498751	ANKRD50	Q9ULJ7	1429 aa		11.1	□□□□□ -0.63
SYNE1-231	ENST00000498751	ABCC1	P33527	1531 aa		11.1	□□□□□ -0.63

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