RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		14.86	□□□□□ -0.03
USP4-213	ENST00000488520	POTEH	Q6S545	545 aa		14.84	□□□□□ -0.03
USP4-213	ENST00000488520	CLEC11A	Q9Y240	323 aa		14.83	□□□□□ -0.04
USP4-213	ENST00000488520	WDR7	Q9Y4E6	1490 aa		14.82	□□□□□ -0.04
USP4-213	ENST00000488520	KIF21B	O75037	1637 aa		14.81	□□□□□ -0.04
USP4-213	ENST00000488520	KCNH8	Q96L42	1107 aa		14.81	□□□□□ -0.04
USP4-213	ENST00000488520	ABCA8	O94911	1581 aa		14.78	□□□□□ -0.04
USP4-213	ENST00000488520	CD109	Q6YHK3	1445 aa		14.77	□□□□□ -0.04
USP4-213	ENST00000488520	GOLGA3	Q08378	1498 aa		14.76	□□□□□ -0.05
USP4-213	ENST00000488520	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		14.75	□□□□□ -0.05
USP4-213	ENST00000488520	ARID3C	A6NKF2	412 aa		14.73	□□□□□ -0.05
USP4-213	ENST00000488520	PIP4P2	Q8N4L2	257 aa		14.72	□□□□□ -0.05
USP4-213	ENST00000488520	FXR2	P51116	673 aa	Known RBP eCLIP	14.71	□□□□□ -0.05
USP4-213	ENST00000488520	FKBP8	Q14318	412 aa		14.7	□□□□□ -0.06
USP4-213	ENST00000488520	P3H3	Q8IVL6	736 aa		14.7	□□□□□ -0.06
USP4-213	ENST00000488520	PROM2	Q8N271	834 aa		14.68	□□□□□ -0.06
USP4-213	ENST00000488520	ABCA9	Q8IUA7	1624 aa		14.66	□□□□□ -0.06
USP4-213	ENST00000488520	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		14.66	□□□□□ -0.06
USP4-213	ENST00000488520	PRX	Q9BXM0	1461 aa		14.65	□□□□□ -0.06
USP4-213	ENST00000488520	PRR29	P0C7W0	189 aa		14.65	□□□□□ -0.06
USP4-213	ENST00000488520	ARAP3	Q8WWN8	1544 aa		14.65	□□□□□ -0.06
USP4-213	ENST00000488520	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		14.65	□□□□□ -0.06
USP4-213	ENST00000488520	ATP10B	O94823	1461 aa		14.64	□□□□□ -0.07
USP4-213	ENST00000488520	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		14.64	□□□□□ -0.07
USP4-213	ENST00000488520	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		14.62	□□□□□ -0.07
USP4-213	ENST00000488520	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	14.62	□□□□□ -0.07
USP4-213	ENST00000488520	SAMD9	Q5K651	1589 aa		14.6	□□□□□ -0.07
USP4-213	ENST00000488520	MADD	Q8WXG6	1647 aa		14.59	□□□□□ -0.07
USP4-213	ENST00000488520	RAPGEF3	O95398	923 aa		14.59	□□□□□ -0.07
USP4-213	ENST00000488520	RIMS1	Q86UR5	1692 aa	Known RBP	14.58	□□□□□ -0.07
USP4-213	ENST00000488520	PTPRM	P28827	1452 aa		14.58	□□□□□ -0.08
USP4-213	ENST00000488520	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		14.58	□□□□□ -0.08
USP4-213	ENST00000488520	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	14.57	□□□□□ -0.08
USP4-213	ENST00000488520	RICTOR	Q6R327	1708 aa		14.57	□□□□□ -0.08
USP4-213	ENST00000488520	PRKAR2A	P13861	404 aa	Known RBP	14.56	□□□□□ -0.08
USP4-213	ENST00000488520	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	14.54	□□□□□ -0.08
USP4-213	ENST00000488520	NEO1	Q92859	1461 aa		14.54	□□□□□ -0.08
USP4-213	ENST00000488520	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		14.53	□□□□□ -0.08
USP4-213	ENST00000488520	FBXO41	Q8TF61	875 aa		14.51	□□□□□ -0.09
USP4-213	ENST00000488520	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		14.51	□□□□□ -0.09
USP4-213	ENST00000488520	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	14.5	□□□□□ -0.09
USP4-213	ENST00000488520	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	14.5	□□□□□ -0.09
USP4-213	ENST00000488520	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		14.5	□□□□□ -0.09
USP4-213	ENST00000488520	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		14.49	□□□□□ -0.09
USP4-213	ENST00000488520	CFAP74	Q9C0B2	1584 aa		14.49	□□□□□ -0.09
USP4-213	ENST00000488520	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		14.49	□□□□□ -0.09
USP4-213	ENST00000488520	CHADL	Q6NUI6	762 aa		14.48	□□□□□ -0.09
USP4-213	ENST00000488520	TTC37	Q6PGP7	1564 aa		14.47	□□□□□ -0.09
USP4-213	ENST00000488520	LMTK3	Q96Q04	1460 aa		14.46	□□□□□ -0.09
USP4-213	ENST00000488520	GEMIN5	Q8TEQ6	1508 aa	Known RBP eCLIP	14.46	□□□□□ -0.1
USP4-213	ENST00000488520	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	14.45	□□□□□ -0.1
USP4-213	ENST00000488520	AKNA	Q7Z591	1439 aa		14.45	□□□□□ -0.1
USP4-213	ENST00000488520	FANCA	O15360	1455 aa		14.44	□□□□□ -0.1
USP4-213	ENST00000488520	PLEKHD1	A6NEE1	506 aa		14.44	□□□□□ -0.1
USP4-213	ENST00000488520	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		14.42	□□□□□ -0.1
USP4-213	ENST00000488520	HSPA2	P54652	639 aa		14.42	□□□□□ -0.1
USP4-213	ENST00000488520	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		14.41	□□□□□ -0.1
USP4-213	ENST00000488520	HECW1	Q76N89	1606 aa		14.41	□□□□□ -0.1
USP4-213	ENST00000488520	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	14.41	□□□□□ -0.1
USP4-213	ENST00000488520	MLEC	Q14165	292 aa		14.4	□□□□□ -0.1
USP4-213	ENST00000488520	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		14.4	□□□□□ -0.1
USP4-213	ENST00000488520	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		14.4	□□□□□ -0.1
USP4-213	ENST00000488520	CREBZF	Q9NS37	354 aa		14.39	□□□□□ -0.11
USP4-213	ENST00000488520	YEATS2	Q9ULM3	1422 aa		14.39	□□□□□ -0.11
USP4-213	ENST00000488520	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		14.38	□□□□□ -0.11
USP4-213	ENST00000488520	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		14.36	□□□□□ -0.11
USP4-213	ENST00000488520	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		14.36	□□□□□ -0.11
USP4-213	ENST00000488520	EEA1	Q15075	1411 aa		14.36	□□□□□ -0.11
USP4-213	ENST00000488520	SETD1B	Q9UPS6	1966 aa	Known RBP	14.34	□□□□□ -0.11
USP4-213	ENST00000488520	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	14.34	□□□□□ -0.11
USP4-213	ENST00000488520	KIF14	Q15058	1648 aa		14.33	□□□□□ -0.11
USP4-213	ENST00000488520	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		14.33	□□□□□ -0.11
USP4-213	ENST00000488520	HAX1	O00165	279 aa		14.33	□□□□□ -0.12
USP4-213	ENST00000488520	FARP1	Q9Y4F1	1045 aa	Predicted RBP	14.33	□□□□□ -0.12
USP4-213	ENST00000488520	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		14.32	□□□□□ -0.12
USP4-213	ENST00000488520	STRC	Q7RTU9	1775 aa		14.32	□□□□□ -0.12
USP4-213	ENST00000488520	PLCH2	O75038	1416 aa		14.31	□□□□□ -0.12
USP4-213	ENST00000488520	CDC42BPB	Q9Y5S2	1711 aa		14.3	□□□□□ -0.12
USP4-213	ENST00000488520	FBXO3	Q9UK99	471 aa		14.29	□□□□□ -0.12
USP4-213	ENST00000488520	ATP10A	O60312	1499 aa		14.28	□□□□□ -0.12
USP4-213	ENST00000488520	CERK	Q8TCT0	537 aa		14.28	□□□□□ -0.12
USP4-213	ENST00000488520	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		14.28	□□□□□ -0.12
USP4-213	ENST00000488520	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	14.27	□□□□□ -0.13
USP4-213	ENST00000488520	C3	P01024	1663 aa		14.26	□□□□□ -0.13
USP4-213	ENST00000488520	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		14.26	□□□□□ -0.13
USP4-213	ENST00000488520	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	14.26	□□□□□ -0.13
USP4-213	ENST00000488520	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		14.26	□□□□□ -0.13
USP4-213	ENST00000488520	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		14.25	□□□□□ -0.13
USP4-213	ENST00000488520	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		14.25	□□□□□ -0.13
USP4-213	ENST00000488520	ABCA6	Q8N139	1617 aa		14.23	□□□□□ -0.13
USP4-213	ENST00000488520	MIER1	Q8N108	512 aa		14.23	□□□□□ -0.13
USP4-213	ENST00000488520	ARHGAP35	Q9NRY4	1499 aa		14.23	□□□□□ -0.13
USP4-213	ENST00000488520	FMN1	Q68DA7	1419 aa		14.23	□□□□□ -0.13
USP4-213	ENST00000488520	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		14.22	□□□□□ -0.13
USP4-213	ENST00000488520	CDC42BPA	Q5VT25	1732 aa		14.22	□□□□□ -0.13
USP4-213	ENST00000488520	C19orf67	A6NJJ6	358 aa		14.22	□□□□□ -0.13
USP4-213	ENST00000488520	PLEKHG5	O94827	1062 aa		14.22	□□□□□ -0.13
USP4-213	ENST00000488520	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		14.22	□□□□□ -0.13
USP4-213	ENST00000488520	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		14.22	□□□□□ -0.13
USP4-213	ENST00000488520	KDM5C	P41229	1560 aa		14.22	□□□□□ -0.13

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