RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	ADGRF4	Q8IZF3	695 aa		14.02	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	RGS22	Q8NE09	1264 aa		14.02	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	KRT23	Q9C075	422 aa		14.02	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	KAT14	Q9H8E8	782 aa		14.02	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	CNNM2	Q9H8M5	875 aa		14.02	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	SPC25	Q9HBM1	224 aa		14.02	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464		Q9Y3F1	56 aa		14.02	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	DCDC2C	A8MYV0	355 aa		14.01	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	SGSM2	O43147	1006 aa		14.01	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	DYNC1LI2	O43237	492 aa	Predicted RBP	14.01	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	CD4	P01730	458 aa		14.01	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	CALML3	P27482	149 aa		14.01	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	CDC37	Q16543	378 aa	Predicted RBP	14.01	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	FSCN1	Q16658	493 aa	Known RBP	14.01	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC35G1	Q2M3R5	365 aa		14.01	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	DUSP28	Q4G0W2	176 aa		14.01	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	ASPRV1	Q53RT3	343 aa		14.01	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	CXCL17	Q6UXB2	119 aa		14.01	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	RNF207	Q6ZRF8	634 aa		14.01	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	TBC1D5	Q92609	795 aa		14.01	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	JMJD4	Q9H9V9	463 aa		14.01	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM39A	Q9NV64	488 aa		14.01	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	ADD3	Q9UEY8	706 aa	Known RBP	14.01	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	PNMA2	Q9UL42	364 aa		14.01	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	MROH7	Q68CQ1	1323 aa		14	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	OPLAH	O14841	1288 aa		14	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	RAG1	P15918	1043 aa		14	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	QRICH1	Q2TAL8	776 aa		14	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	USH1G	Q495M9	461 aa		14	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	KIAA1211	Q6ZU35	1233 aa		14	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	STOX1	Q6ZVD7	989 aa		14	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	STAG2	Q8N3U4	1231 aa		14	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	DNER	Q8NFT8	737 aa		14	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	MTMR8	Q96EF0	704 aa		14	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	SENP2	Q9HC62	589 aa		14	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	COL20A1	Q9P218	1284 aa		14	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	MCM3AP	O60318	1980 aa		14	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP1R11	O60927	126 aa	Predicted RBP	13.99	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	CABYR	O75952	493 aa		13.99	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	TIMP1	P01033	207 aa		13.99	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	IFIT1B	Q5T764	474 aa	Known RBP	13.99	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	NOL8	Q76FK4	1167 aa	Known RBP	13.99	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	C16orf59	Q7L2K0	433 aa		13.99	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	GUCD1	Q96NT3	240 aa		13.99	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	UBAC1	Q9BSL1	405 aa		13.99	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	WDR11	Q9BZH6	1224 aa		13.99	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	MAF1	Q9H063	256 aa		13.99	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	MAD2L2	Q9UI95	211 aa		13.99	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	ABCB11	O95342	1321 aa		13.98	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	PALM3	A6NDB9	673 aa	Predicted RBP	13.98	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	ARIH2	O95376	493 aa		13.98	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	PARP1	P09874	1014 aa	Known RBP	13.98	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	ANTXR2	P58335	489 aa		13.98	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	PSMC6	P62333	389 aa		13.98	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	GHRHR	Q02643	423 aa		13.98	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	FPGS	Q05932	587 aa		13.98	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	ITGA7	Q13683	1181 aa		13.98	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	MFSD5	Q6N075	450 aa		13.98	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	SYTL5	Q8TDW5	730 aa	Predicted RBP	13.98	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	RUFY2	Q8WXA3	655 aa		13.98	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	AP5M1	Q9H0R1	490 aa		13.98	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	STXBP5L	Q9Y2K9	1186 aa		13.98	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	CDH23	Q9H251	3354 aa		13.98	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464		E7EWF7	191 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	SMAD3	P84022	425 aa	Known RBP	13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	PDE4D	Q08499	809 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	COL9A3	Q14050	684 aa	Predicted RBP	13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC62	Q6P9F0	684 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	COPS5	Q92905	334 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	MAP4K1	Q92918	833 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	TAAR1	Q96RJ0	339 aa		13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464		U3KPZ7	1027 aa	Predicted RBP	13.97	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	UMODL1	Q5DID0	1318 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	KLRF2	D3W0D1	207 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	B4GALT4	O60513	344 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	HSD17B4	P51659	736 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	PURA	Q00577	322 aa	Known RBP	13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	TROAP	Q12815	778 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM240	Q5SV17	173 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	RASIP1	Q5U651	963 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	FBXO11	Q86XK2	927 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	MB21D2	Q8IYB1	491 aa	Predicted RBP	13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	SCFD2	Q8WU76	684 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	VTI1A	Q96AJ9	217 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	VWCE	Q96DN2	955 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	RNPC3	Q96LT9	517 aa	Known RBP	13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	BUD13	Q9BRD0	619 aa	Known RBP eCLIP	13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP1R12C	Q9BZL4	782 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	TRPV6	Q9H1D0	765 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	TTYH1	Q9H313	450 aa	Predicted RBP	13.96	□□□□□ -0.17
PTPRF-211	ENST00000467464	EYS	Q5T1H1	3165 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464		A6NJR5	290 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	NKRF	O15226	690 aa	Known RBP eCLIP	13.95	□□□□□ -0.18	2e-6	■■□□□ 14.5
PTPRF-211	ENST00000467464	CYTH3	O43739	400 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	ZEB2	O60315	1214 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	CSF2RA	P15509	400 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP2C18	P33260	490 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	GRM4	Q14833	912 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	SKAP1	Q86WV1	359 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PTPRF-211	ENST00000467464	OR6J1	Q8NGC5	347 aa		13.95	□□□□□ -0.18

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