RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000542033.5

USP28-210, Transcript of ubiquitin specific peptidase 28, human

TSL 2

Gene USP28, Length 852 nt, Biotype processed transcript.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP28-210	ENST00000542033	ERVK13-1	Q9NX77	482 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	GPR55	Q9Y2T6	319 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	YBX2	Q9Y2T7	364 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	EMC9	Q9Y3B6	208 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033		A0A1W2PQ45	241 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033		A0A1W2PQY0	241 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	IQCJ-SCHIP1	C9J366	451 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	STXBP3	O00186	592 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	TBC1D8	O95759	1140 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	ITGAV	P06756	1048 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	IFNGR1	P15260	489 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	ARL4A	P40617	200 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	SEPHS1	P49903	392 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	SERINC3	Q13530	473 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	RASGRF1	Q13972	1273 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	RTP2	Q5QGT7	225 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	ZPBP2	Q6X784	338 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	LRP10	Q7Z4F1	713 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	ZNF227	Q86WZ6	799 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	TRIM59	Q8IWR1	403 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	ZNF513	Q8N8E2	541 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	FBXO15	Q8NCQ5	510 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	INTS4	Q96HW7	963 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	FCRL3	Q96P31	734 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	DEPDC7	Q96QD5	511 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	PPP1R16B	Q96T49	567 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	NSUN3	Q9H649	340 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	CRTAC1	Q9NQ79	661 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	FAM120A	Q9NZB2	1118 aa	Known RBP eCLIP	4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	EBF1	Q9UH73	591 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	MSRB2	Q9Y3D2	182 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	BACE2	Q9Y5Z0	518 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033		A0A1W2PQ27	194 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033		A0A1W2PQ64	194 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033		A0A1W2PQC6	194 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033		A0A1W2PQD8	194 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	FADS2P1	A8MWK0	482 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	AURKA	O14965	403 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	PSPN	O60542	156 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	NFE2L2	Q16236	605 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	TIGD5	Q53EQ6	642 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	EEF1DP3	Q658K8	133 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	GTF2IRD2B	Q6EKJ0	949 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	PRR23B	Q6ZRT6	265 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	GTF2IRD2	Q86UP8	949 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	NLRX1	Q86UT6	975 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	JAML	Q86YT9	394 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	LRRC47	Q8N1G4	583 aa	Known RBP	4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	BHLHE22	Q8NFJ8	381 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	MKL1	Q969V6	931 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	ZNF669	Q96BR6	464 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	SGSM3	Q96HU1	749 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	MRGPRX3	Q96LB0	322 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	DIRC2	Q96SL1	478 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	LGR4	Q9BXB1	951 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	KRTAP4-9	Q9BYQ8	210 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	ZSWIM4	Q9H7M6	989 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	DCP1A	Q9NPI6	582 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	SNTG2	Q9NY99	539 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	TRBV23OR9-2	A0A075B6M9	112 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	OR14I1	A6ND48	311 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	C2orf71	A6NGG8	1288 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	FGF10	O15520	208 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	PNLIP	P16233	465 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	PDE6B	P35913	854 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	KCNJ6	P48051	423 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	SSRP1	Q08945	709 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	TMEM62	Q0P6H9	643 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	LAPTM5	Q13571	262 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	HSP90AA2P	Q14568	343 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	BMS1	Q14692	1282 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	HSF5	Q4G112	596 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	OLFML2B	Q68BL8	750 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	RCSD1	Q6JBY9	416 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	SLCO6A1	Q86UG4	719 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	BTN2A2	Q8WVV5	523 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	MRFAP1L1	Q96HT8	127 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	KRTAP4-2	Q9BYR5	136 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	LNPK	Q9C0E8	428 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	PFDN2	Q9UHV9	154 aa		4.85	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033		A0A1W2PQU0	124 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	SNRPB2	P08579	225 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	HOXC12	P31275	282 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	PPP2R2A	P63151	447 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	SCRN1	Q12765	414 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	FZD5	Q13467	585 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	RASA3	Q14644	834 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	CCDC144B	Q3MJ40	725 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	ADGRF1	Q5T601	910 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	ZNF648	Q5T619	568 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	SPATC1	Q76KD6	591 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	NUP43	Q8NFH3	380 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	CCDC140	Q96MF4	163 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	PTCHD1	Q96NR3	888 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	SLC26A8	Q96RN1	970 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	MCMBP	Q9BTE3	642 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	NKX2-4	Q9H2Z4	354 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	CYP26B1	Q9NR63	512 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
USP28-210	ENST00000542033		A0A1W2PQJ5	194 aa		4.83	□□□□□ -1.64

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