RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	EDEM1	Q92611	657 aa		6.54	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	CELF1	Q92879	486 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	GTF3C6	Q969F1	213 aa		6.54	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF274	Q96GC6	653 aa	Predicted RBP	6.54	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	PNMA5	Q96PV4	448 aa		6.54	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	STRBP	Q96SI9	672 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	MTA3	Q9BTC8	594 aa		6.54	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	PUS7L	Q9H0K6	701 aa	Known RBP	6.54	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	LMBRD1	Q9NUN5	540 aa		6.54	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	SMC3	Q9UQE7	1217 aa		6.54	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	TAF1L	Q8IZX4	1826 aa		6.54	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	AKAP11	Q9UKA4	1901 aa		6.54	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	C4A	P0C0L4	1744 aa		6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	ELOA3C	A0A087WX78	387 aa	Predicted RBP	6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247		A6NHS1	94 aa		6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	ELOA3D	A6NLF2	546 aa	Predicted RBP	6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	STX6	O43752	255 aa		6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	FZD6	O60353	706 aa		6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	ZSCAN22	P10073	491 aa	Predicted RBP	6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	GYS1	P13807	737 aa		6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	GNAT2	P19087	354 aa		6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	PDC	P20941	246 aa		6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	SYT1	P21579	422 aa		6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	HOXA10	P31260	410 aa	Predicted RBP	6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	RFC4	P35249	363 aa		6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	NT5C2	P49902	561 aa		6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	DNM1	Q05193	864 aa	Known RBP	6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	IMMT	Q16891	758 aa	Known RBP	6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	ELOA3B	Q3SY89	546 aa		6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	CHSY3	Q70JA7	882 aa		6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	MB21D2	Q8IYB1	491 aa	Predicted RBP	6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	ELOA3	Q8NG57	546 aa		6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	PIK3R5	Q8WYR1	880 aa		6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	TNFRSF25	Q93038	417 aa		6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM84B	Q96KN1	310 aa	Predicted RBP	6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	GNL3L	Q9NVN8	582 aa	Known RBP	6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	BRPF3	Q9ULD4	1205 aa		6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	WWC3	Q9ULE0	1092 aa		6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	DENND2A	Q9ULE3	1009 aa		6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	MTMR6	Q9Y217	621 aa		6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	NID2	Q14112	1375 aa		6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	COL1A1	P02452	1464 aa	Predicted RBP	6.53	□□□□□ -1.36
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF532	Q9HCE3	1301 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	SALL1	Q9NSC2	1324 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM177B	A6PVY3	158 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	ADARB2-AS1	A8MUL3	147 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	ZBTB42	B2RXF5	422 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	NDUFB5	O43674	189 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	MBD3	O95983	291 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	EGFR	P00533	1210 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	RARA	P10276	462 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	AMPD1	P23109	780 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	ADH7	P40394	386 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	GRAP	Q13588	217 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	PRR5L	Q6MZQ0	368 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	ALKBH2	Q6NS38	261 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	GIMAP6	Q6P9H5	292 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247		Q6ZUG5	572 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	TMC4	Q7Z404	712 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	NPAS4	Q8IUM7	802 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC83	Q8IWF9	413 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	GRAPL	Q8TC17	118 aa	Predicted RBP	6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	ASB16	Q96NS5	453 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	UBE2O	Q9C0C9	1292 aa	Known RBP	6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	RRAGC	Q9HB90	399 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	DNAJB12	Q9NXW2	375 aa	Known RBP	6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	LEMD3	Q9Y2U8	911 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	STARD13	Q9Y3M8	1113 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	ATP6V1D	Q9Y5K8	247 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	TIAM2	Q8IVF5	1701 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	DOCK2	Q92608	1830 aa		6.52	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	SNAP23	O00161	211 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF213	O14771	459 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	MMP20	O60882	483 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	IDH1	O75874	414 aa	Known RBP	6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	F13A1	P00488	732 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	PDGFA	P04085	211 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	FGR	P09769	529 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	PC	P11498	1178 aa	Known RBP	6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	GJB2	P29033	226 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	MCM5	P33992	734 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	RCAN1	P53805	252 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	ANTXR2	P58335	489 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF445	P59923	1031 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	HMGN5	P82970	282 aa	Known RBP	6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	MLLT1	Q03111	559 aa	Predicted RBP	6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	TXNRD1	Q16881	649 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	CAVIN4	Q5BKX8	364 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	TTLL5	Q6EMB2	1281 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	NAA16	Q6N069	864 aa	Predicted RBP	6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	C8orf86	Q6ZUL3	223 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	TMC7	Q7Z402	723 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	ALYREF	Q86V81	257 aa	Known RBP	6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	SGMS1	Q86VZ5	419 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	ZSCAN29	Q8IWY8	852 aa	Predicted RBP	6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	CNBD1	Q8NA66	436 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	FLAD1	Q8NFF5	587 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	NCOA7	Q8NI08	942 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	CRAMP1	Q96RY5	1269 aa		6.51	□□□□□ -1.37
ATG4A-208	ENST00000489247	RIOK1	Q9BRS2	568 aa	Known RBP	6.51	□□□□□ -1.37

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