RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000617451.4

PTPRF-216, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene PTPRF, Length 1,129 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-216ENST00000617451 TMEM39AQ9NV64 488 aa29.65■■■□□ 2.34
PTPRF-216ENST00000617451 FDX1P10109 184 aa29.64■■■□□ 2.34
PTPRF-216ENST00000617451 EPHB4P54760 987 aa29.64■■■□□ 2.34
PTPRF-216ENST00000617451 ABHD16BQ9H3Z7 469 aa29.64■■■□□ 2.34
PTPRF-216ENST00000617451 MYADML2A6NDP7 307 aa29.63■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 CST5P28325 142 aaPredicted RBP29.63■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 CDX2Q99626 313 aaPredicted RBP29.63■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 DCDC2CA8MYV0 355 aa29.62■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 TMEM232C9JQI7 657 aa29.62■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 ADCY6O43306 1168 aa29.62■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 STAT2P52630 851 aa29.62■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 CCDC144BQ3MJ40 725 aa29.62■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 GMCL1Q96IK5 515 aa29.62■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 IRX5P78411 483 aaPredicted RBP29.61■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 ARMCX2Q7L311 632 aa29.61■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 CHURC1Q8WUH1 139 aa29.61■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 HOMER2Q9NSB8 354 aa29.61■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 PRUNE2Q8WUY3 3088 aa29.61■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 C6orf222P0C671 652 aaPredicted RBP29.6■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 GJA9P57773 515 aa29.6■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 FPGSQ05932 587 aa29.6■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 FAM160B2Q86V87 743 aa29.6■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 PHF6Q8IWS0 365 aaKnown RBP eCLIP29.6■■■□□ 2.334e-6■■■■■ 36.3
PTPRF-216ENST00000617451 CCDC144CPQ8IYA2 1237 aa29.6■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 STAG1Q8WVM7 1258 aa29.6■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 RNPC3Q96LT9 517 aaKnown RBP29.6■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 GLT1D1Q96MS3 346 aa29.6■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 KATNBL1Q9H079 304 aa29.6■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 UPF3AQ9H1J1 476 aaKnown RBP29.6■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 TTYH1Q9H313 450 aaPredicted RBP29.6■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 SPC25Q9HBM1 224 aa29.6■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 MCM3APO60318 1980 aa29.6■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 ELP1O95163 1332 aa29.6■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 VCANP13611 3396 aa29.6■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 FOXP2O15409 715 aa29.59■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 MX1P20591 662 aa29.59■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 SLC1A4P43007 532 aa29.59■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 CNTN2Q02246 1040 aa29.59■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 PPP4R3BQ5MIZ7 849 aa29.59■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 FAM133AQ8N9E0 248 aa29.59■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 PCSK9Q8NBP7 692 aaKnown RBP29.59■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 ACAD9Q9H845 621 aa29.59■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 ISY1Q9ULR0 285 aaKnown RBP29.59■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 DDX52Q9Y2R4 599 aaKnown RBP eCLIP29.59■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 ZNF536O15090 1300 aa29.59■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 PLA2G6O60733 806 aa29.58■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 ASGR1P07306 291 aa29.58■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 MCCP23508 829 aa29.58■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 CDK7P50613 346 aa29.58■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 AGBL1Q96MI9 1066 aa29.58■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 TBX21Q9UL17 535 aa29.58■■■□□ 2.33
PTPRF-216ENST00000617451 MROH7Q68CQ1 1323 aa29.57■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 SALL3Q9BXA9 1300 aa29.57■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 TIMP1P01033 207 aa29.57■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 CCDC129Q6ZRS4 1044 aa29.57■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 A1CFQ9NQ94 594 aaKnown RBP29.57■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 RNF146Q9NTX7 359 aa29.57■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 STX8Q9UNK0 236 aa29.57■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 IKQ13123 557 aaPredicted RBP29.56■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 TKFCQ3LXA3 575 aa29.56■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 GNASQ5JWF2 1037 aa29.56■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 INCENPQ9NQS7 918 aa29.56■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 IL17RBQ9NRM6 502 aa29.56■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 TSPY2A6NKD2 308 aa29.55■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 CTAGE5O15320 804 aa29.55■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 NKX3-2P78367 333 aa29.55■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 CTDSPL2Q05D32 466 aa29.55■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 RCSD1Q6JBY9 416 aa29.55■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 CHMP4CQ96CF2 233 aa29.55■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 SOWAHBA6NEL2 793 aa29.54■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 KCTD1Q719H9 257 aa29.54■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 VTI1AQ96AJ9 217 aa29.54■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 TRERF1Q96PN7 1200 aa29.54■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 TMEM265A0A087WTH1 108 aa29.53■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 A0A0U1RQG5 324 aaPredicted RBP29.53■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 ARVCFO00192 962 aa29.53■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 NMT2O60551 498 aa29.53■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 MFSD5Q6N075 450 aa29.53■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 MYLIPQ8WY64 445 aa29.53■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 COL25A1Q9BXS0 654 aaPredicted RBP29.53■■■□□ 2.32
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PTPRF-216ENST00000617451 ASB14A6NK59 587 aa29.52■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 ALAS1P13196 640 aa29.52■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 NOVP48745 357 aa29.52■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 TNFAIP2Q03169 654 aa29.52■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 VPS53Q5VIR6 699 aa29.52■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 MAFAQ8NHW3 353 aaPredicted RBP29.52■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 PRR12Q9ULL5 1215 aa29.52■■■□□ 2.32
PTPRF-216ENST00000617451 C11orf97A0A1B0GVM6 126 aaPredicted RBP29.51■■■□□ 2.31
PTPRF-216ENST00000617451 CCDC174Q6PII3 467 aa29.51■■■□□ 2.31
PTPRF-216ENST00000617451 ASTN1O14525 1302 aa29.5■■■□□ 2.31
PTPRF-216ENST00000617451 HSFX4A0A1B0GTS1 333 aaPredicted RBP29.5■■■□□ 2.31
PTPRF-216ENST00000617451 HSFX3A0A1B0GWH4 333 aaPredicted RBP29.5■■■□□ 2.31
PTPRF-216ENST00000617451 RANBP6O60518 1105 aaKnown RBP29.5■■■□□ 2.31
PTPRF-216ENST00000617451 SNAP25P60880 206 aa29.5■■■□□ 2.31
PTPRF-216ENST00000617451 RASGRP2Q7LDG7 609 aa29.5■■■□□ 2.31
PTPRF-216ENST00000617451 FAM126BQ8IXS8 530 aa29.5■■■□□ 2.31
PTPRF-216ENST00000617451 EVI5LQ96CN4 794 aa29.5■■■□□ 2.31
PTPRF-216ENST00000617451 BUD13Q9BRD0 619 aaKnown RBP eCLIP29.5■■■□□ 2.318e-15■□□□□ 8.8
PTPRF-216ENST00000617451 GNEQ9Y223 722 aaKnown RBP29.5■■■□□ 2.31
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