RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496332.5

THBS3-208, Transcript of thrombospondin 3, human

TSL 3

Gene THBS3, Length 839 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
THBS3-208	ENST00000496332	TMEM232	C9JQI7	657 aa		14	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	MCC	P23508	829 aa		14	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	CNGA1	P29973	690 aa		14	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	COPB2	P35606	906 aa		14	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	SLC4A3	P48751	1232 aa		14	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	MNX1	P50219	401 aa	Predicted RBP	14	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	KCTD2	Q14681	263 aa		14	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	SNRNP48	Q6IEG0	339 aa	Known RBP	14	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	CPXCR1	Q8N123	301 aa		14	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	GMCL1	Q96IK5	515 aa		14	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	NBPF3	Q9H094	633 aa		14	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	SLC38A10	Q9HBR0	1119 aa		14	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	PGK2	P07205	417 aa		13.99	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	GSPT1	P15170	499 aa	Known RBP	13.99	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	SLC1A4	P43007	532 aa		13.99	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	NOV	P48745	357 aa		13.99	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	AKNAD1	Q5T1N1	836 aa		13.99	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	TTC22	Q5TAA0	569 aa		13.99	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	MFSD6	Q6ZSS7	791 aa		13.99	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	TRPV1	Q8NER1	839 aa		13.99	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	MAML3	Q96JK9	1138 aa		13.99	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	RAVER2	Q9HCJ3	691 aa	Known RBP	13.99	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	RIPK3	Q9Y572	518 aa		13.99	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	ZNF236	Q9UL36	1845 aa		13.99	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	ZNF213	O14771	459 aa		13.98	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	ATP2A1	O14983	1001 aa		13.98	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	PC	P11498	1178 aa	Known RBP	13.98	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	CYBA	P13498	195 aa		13.98	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	STAT2	P52630	851 aa		13.98	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	IK	Q13123	557 aa	Predicted RBP	13.98	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	RCSD1	Q6JBY9	416 aa		13.98	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	KCTD1	Q719H9	257 aa		13.98	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	TBC1D10C	Q8IV04	446 aa		13.98	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	CHURC1	Q8WUH1	139 aa		13.98	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	STAG1	Q8WVM7	1258 aa		13.98	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	C11orf49	Q9H6J7	331 aa		13.98	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	TCP11L1	Q9NUJ3	509 aa		13.98	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	DDX20	Q9UHI6	824 aa	Known RBP	13.98	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	MTMR7	Q9Y216	660 aa		13.98	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	NR2E3	Q9Y5X4	410 aa		13.98	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	MYH4	Q9Y623	1939 aa		13.98	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	COL11A1	P12107	1806 aa	Predicted RBP	13.97	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	EVI5	O60447	810 aa		13.97	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	MSC	O60682	206 aa		13.97	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	FDX1	P10109	184 aa		13.97	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	OAZ1	P54368	228 aa		13.97	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	ZNF792	Q3KQV3	632 aa		13.97	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	PRAMEF19	Q5SWL8	479 aa		13.97	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	RASGRP2	Q7LDG7	609 aa		13.97	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	FAM160B2	Q86V87	743 aa		13.97	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	TMEM47	Q9BQJ4	181 aa		13.97	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	RNF41	Q9H4P4	317 aa	Predicted RBP	13.97	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	PLA2G6	O60733	806 aa		13.96	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	TOP1	P11387	765 aa	Known RBP	13.96	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	DCAF4	Q8WV16	495 aa		13.96	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	DDX11	Q96FC9	970 aa		13.96	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	DSCC1	Q9BVC3	393 aa		13.96	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	DIS3	Q9Y2L1	958 aa	Known RBP	13.96	□□□□□ -0.17
THBS3-208	ENST00000496332	NEDD4	P46934	1319 aa		13.95	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	SEPT4	O43236	478 aa		13.95	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	SNAP25	P60880	206 aa		13.95	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	CCDC96	Q2M329	555 aa		13.95	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	ANKRD35	Q8N283	1001 aa		13.95	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	CHST13	Q8NET6	341 aa		13.95	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	ESR2	Q92731	530 aa		13.95	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	TTC14	Q96N46	770 aa		13.95	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	TINF2	Q9BSI4	451 aa		13.95	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	IL25	Q9H293	177 aa		13.95	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	FBXO40	Q9UH90	709 aa		13.95	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	CTNNA3	Q9UI47	895 aa		13.95	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	PRR12	Q9ULL5	1215 aa		13.95	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	COLQ	Q9Y215	455 aa	Predicted RBP	13.95	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	PFAS	O15067	1338 aa		13.94	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	COL6A1	P12109	1028 aa		13.94	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	IMMT	Q16891	758 aa	Known RBP	13.94	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	HABP4	Q5JVS0	413 aa	Known RBP	13.94	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	ANO1	Q5XXA6	986 aa		13.94	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	TTBK2	Q6IQ55	1244 aa		13.94	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	CCDC174	Q6PII3	467 aa		13.94	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	AGBL1	Q96MI9	1066 aa		13.94	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	ZKSCAN3	Q9BRR0	538 aa		13.94	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	HOMER2	Q9NSB8	354 aa		13.94	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	NRBP1	Q9UHY1	535 aa		13.94	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	ZNF536	O15090	1300 aa		13.93	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	DNAJC25-GNG10	A0A024R161	153 aa		13.93	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	KDM4A	O75164	1064 aa		13.93	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	SLC34A2	O95436	690 aa		13.93	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	CHML	P26374	656 aa		13.93	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	SLC16A2	P36021	539 aa		13.93	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	NT5C2	P49902	561 aa		13.93	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	CHRDL2	Q6WN34	429 aa		13.93	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	DHX30	Q7L2E3	1194 aa	Known RBP eCLIP	13.93	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	C7orf61	Q8IZ16	206 aa		13.93	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	RUFY2	Q8WXA3	655 aa		13.93	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	GPCPD1	Q9NPB8	672 aa		13.93	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	FRMPD2	Q68DX3	1309 aa	Predicted RBP	13.92	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	RAD50	Q92878	1312 aa		13.92	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332		B4E1Z4	1266 aa		13.92	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	PDHB	P11177	359 aa		13.92	□□□□□ -0.18
THBS3-208	ENST00000496332	ALAS1	P13196	640 aa		13.92	□□□□□ -0.18

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