RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000412568.6

PTPRF-204, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 5

Gene PTPRF, Length 4,154 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-204	ENST00000412568	DESI2	Q9BSY9	194 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	KIF28P	B7ZC32	967 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	SF3B3	Q15393	1217 aa	Known RBP	12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	NEK11	Q8NG66	645 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	BRIP1	Q9BX63	1249 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	TTLL1	O95922	423 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	FBXO11	Q86XK2	927 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	BBX	Q8WY36	941 aa	Predicted RBP	12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	COA1	Q9GZY4	146 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	GOLPH3L	Q9H4A5	285 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	FAM207A	Q9NSI2	230 aa	Predicted RBP	12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	RPAP1	Q9BWH6	1393 aa	Predicted RBP	12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	CCDC169	A6NNP5	214 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	ANTXR2	P58335	489 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	LRRC8A	Q8IWT6	810 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	STAG2	Q8N3U4	1231 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	CEP95	Q96GE4	821 aa		12.51	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	USP17L5	A8MUK1	530 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	ATP1A3	P13637	1013 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	RBM6	P78332	1123 aa	Known RBP	12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	BMS1	Q14692	1282 aa	Known RBP	12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	CC2D2B	Q6DHV5	1058 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	KRT222	Q8N1A0	295 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	MRFAP1L1	Q96HT8	127 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	GINS2	Q9Y248	185 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	KIF20B	Q96Q89	1820 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	FAM205C	A6NFA0	338 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568		H7C1D1	291 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	KRT13	P13646	458 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	CASP7	P55210	303 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	TSGA10IP	Q3SY00	556 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	EAPP	Q56P03	285 aa	Predicted RBP	12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	PSMB7	Q99436	277 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	POLD4	Q9HCU8	107 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	NLRC4	Q9NPP4	1024 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	ZNF277	Q9NRM2	450 aa	Predicted RBP	12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	IMPACT	Q9P2X3	320 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	PC	P11498	1178 aa	Known RBP	12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	NF2	P35240	595 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	IQCE	Q6IPM2	695 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	CNNM4	Q6P4Q7	775 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	RGS22	Q8NE09	1264 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	CTNNBL1	Q8WYA6	563 aa	Predicted RBP	12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	CRACR2A	Q9BSW2	395 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	CCDC94	Q9BW85	323 aa	Predicted RBP	12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	DNM3	Q9UQ16	869 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	NCOA3	Q9Y6Q9	1424 aa		12.5	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	TESPA1	A2RU30	521 aa	Predicted RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	GH2	P01242	217 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	TERF1	P54274	439 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	HLTF	Q14527	1009 aa	Known RBP eCLIP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	PDLIM2	Q96JY6	352 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	BAZ2B	Q9UIF8	2168 aa	Known RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	FLOT1	O75955	427 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	CRK	P46108	304 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	RNASE9	P60153	205 aa	Known RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	KIF5A	Q12840	1032 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	BARGIN	Q6ZT62	677 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	TMTC3	Q6ZXV5	915 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	TTLL6	Q8N841	843 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	KIAA1524	Q8TCG1	905 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	GBP3	Q9H0R5	595 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	DDX25	Q9UHL0	483 aa	Known RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	PCDHA4	Q9UN74	947 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	PRPF3	O43395	683 aa	Known RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	HOXA13	P31271	388 aa	Predicted RBP	12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	ARID5B	Q14865	1188 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	CCDC122	Q5T0U0	273 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	HAUS3	Q68CZ6	603 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	MYCT1	Q8N699	235 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	TBC1D16	Q8TBP0	767 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	ALS2CR12	Q96Q35	445 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	SLF1	Q9BQI6	1058 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	PAGR1	Q9BTK6	254 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	BCL2L12	Q9HB09	334 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	SHPRH	Q149N8	1683 aa		12.49	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	ARHGEF35	A5YM69	484 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	GCNT3	O95395	438 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	LMAN1	P49257	510 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	LRRC41	Q15345	812 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	PCDHB13	Q9Y5F0	798 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	PXDNL	A1KZ92	1463 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	SIPA1L2	Q9P2F8	1722 aa	Predicted RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	PHACTR2	O75167	634 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	RHOXF2B	P0C7M4	288 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	COL9A3	Q14050	684 aa	Predicted RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	MCM6	Q14566	821 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	CNGA4	Q8IV77	575 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	TIGD1	Q96MW7	591 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	RHOXF2	Q9BQY4	288 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	TMOD4	Q9NZQ9	345 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	GAS7	O60861	476 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	U2AF2	P26368	475 aa	Known RBP eCLIP	12.48	□□□□□ -0.41	9e-12	■■□□□ 11.6
PTPRF-204	ENST00000412568	SEPT2	Q15019	361 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	GPBP1	Q86WP2	473 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	CHURC1	Q8WUH1	139 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	PLCD4	Q9BRC7	762 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	GOPC	Q9HD26	462 aa		12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	SAMSN1	Q9NSI8	373 aa	Known RBP	12.48	□□□□□ -0.41
PTPRF-204	ENST00000412568	PI4KB	Q9UBF8	816 aa		12.48	□□□□□ -0.41

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